Никона с его свитой поместили вблизи Никольских ворот на Архангельском подворье, которое окружили стражей; а самые ворота не только наглухо заперли, но и разобрали перед ними мост, чем отрезали ему всякое сообщение с городом. На следующий день, 1 декабря, происходило торжественное заседание собора в Столовой палате с участием самого государя и Боярской думы. Государю были уже известны все подробности Никонова путешествия. Он сообщил патриархам, как тот перед отъездом из монастыря исповедался, приобщался и освящал себя елеем и как теперь за арест поддьяка поносит царя, называя его своим мучителем. Епископ Мстиславский Мефодий и два архимандрита посланы были от собора за Никоном. Сей последний и тут не преминул войти в пререкания. Он велел одному из своих монахов нести перед собой крест; напрасно посланные лица противились такому предписанию, как латинскому обычаю; Никон настаивал. Те запросили собор; патриархи разрешили. Никон сел в сани; на его пути толпился народ, привлеченный чрезвычайным событием: судом над патриархом. Проезжая мимо Успенского собора, где совершалась литургия, Никон вышел из саней и хотел войти в церковь, но двери ее перед ним затворились; он направился в Благовещенский храм; там повторилось то же самое. Когда Никон вошел в Столовую палату, все присутствующие при виде предносимого креста встали, что и было, вероятно, им предусмотрено. Он стал подле царского места и прочел молитву о здравии государя, его семейства, патриархов и прочее; после чего трижды поклонился в землю царю и дважды патриархам. На приглашение сесть на скамью рядом с патриархами он отказался, так как не видел особо для себя приготовленного места; а затем спросил, зачем его звали.
Тут Алексей Михайлович сошел со своего возвышения, стал пред патриархами и со слезами начал говорить о том, какое бесчестие учинил российской церкви Никон своим внезапным и самовольным удалением, после чего сия церковь уже девятый год вдовствует, оставаясь без пастыря и подвергаясь многим смутам и мятежам. Свою речь царь заключил просьбой к патриархам, чтобы они допросили Никона, зачем он оставил свой престол и отъехал в Воскресенский монастырь. Когда патриархи через толмача предложили этот вопрос, Никон сам спросил, есть ли у них согласие судить его от патриархов Константинопольского и Иерусалимского. Ему указали на тут же лежавшие грамоты о его деле, подписанные всеми четырьмя патриархами. Тогда он потребовал удаления из собора митрополитов Новгородского Питирима и Сарского Павла, как его заведомых врагов, покушавшихся будто бы на его жизнь. Разумеется, этого требования не исполнили. Наконец, Никон решился ответить прямо на повторяемый вопрос о причине его удаления и указал на известную обиду от Богдана Хитрово, на неполучение за нее удовлетворения, непосещение царем патриарших служб и объявление царского гнева за именование себя «великим государем», почему он якобы устрашился и уехал из Москвы в свой монастырь. После такого ответа Алексей Михайлович снова сошел с трона и стоя опровергал все взводимые на него обвинения. Смысл сих опровержений был следующий: жалобу на Хитрово он не мог разбирать в то же самое время, когда угощал Теймураза; к службам не пришел, занятый важными государственными делами; о гневе своем говорить не приказывал; в Воскресенский монастырь посылал бояр с увещанием патриарху воротиться на свой престол и тому подобное. Бояре и архиереи подтвердили справедливость царских слов и беспричинность Никонова отречения и ухода. Никон стоял на своем; прибавляя, что он вообще от патриаршего сана будто бы не отрекался, а только от московского патриаршества, что поэтому он взял с собою святительскую одежду; приводил в пример Афанасия Александрийского и Григория Богослова, которые также удалялись вследствие царского гнева.