Затем царь приказал читать перехваченную грамоту к цареградскому патриарху, в которой Никон взводил на него разные обвинения. На каждом пункте чтение прерывалось, и от Никона требовали объяснений. Он пытался, конечно, все объяснять со своей точки зрения; причем сам государь увлекался прениями с ним, уличал его в недобросовестной передаче фактов или в их лжетолкованиях. Иногда, припертый к стене, Никон ссылался на запамятование или просто отделывался молчанием. Например, в грамоте он писал, что царь сначала был благочестив и милостив, а потом возгордился и начал вступаться в архиерейские дела. Алексей Михайлович обратился к патриархам со словами: «Допросите Никона, в какие архиерейские дела я вступался». На их вопрос тот отвечал: «Не упомню, про что я писал». В грамоте Никон с ненавистью отзывался об Уложенной книге, особенно об учреждении Монастырского приказа, и сообщал, будто его не раз хотели убить за намерение уничтожить эту книгу. Когда же ему указали на его рукоприкладство к ней в числе двух духовных лиц, он ответил, что руку приложил поневоле; а на вопросы, почему, будучи на патриаршестве, он не озаботился дать Монастырскому приказу церковный характер и кто хотел его убить, Никон ничего не ответил. В той же грамоте приводились в виде жалобы почти все известные нам случаи: столкновение с Хитрово, дело Зюзина, действия митрополитов Питирима и Паисия Лигарида, собачка Стрешнева и так далее. На все эти жалобы даны были оправдательные объяснения или самим царем, или боярами и духовными сановниками. Между прочим, Никон назвал беззаконным и еретическим бывший перед тем на него церковный собор (1660 г.), в котором участвовал сам царь со своим синклитом или с Боярской думой. На такое тяжкое обвинение горячо восстали и бояре и духовенство; а царь, за название его еретиком, просил патриархов учинить указ по правилам апостольским и свв. отцов. Никон на это позволил себе укоризненно сказать: «Только бы ты Бога боялся, ты бы так со мною не делал».
Чтение Никоновой грамоты и обсуждение ее затянулись до позднего вечера. Государь, подобно Никону, все время оставался на ногах, несмотря на свое утомление.
Следующее соборное заседание, 3 декабря, продолжало разбирать до мелочей все деяния Никона, которого на сей раз не пригласили. На заседание 5 декабря опять позвали Никона и тут главным образом занялись его клятвенным отречением от патриаршества. Никон продолжал уверять, будто он такого отречения не произносил, а просто удалился от государева гнева. Но многие духовные лица присутствовали тогда в Успенском соборе и слышали это клятвенное отречение; бояре, приходившие от царя увещевать патриарха, подтвердили их показание. Никон спорил, пытался даже говорить, что присутствовавшие патриархи не истинные, так как в их отсутствие на их места уже назначены другие лица; возражал даже против некоторых церковных правил, на которые ему указывали. В заключение патриархи обратились к собору с вопросом: какое наказание следует Никону по церковным канонам? «Извержение от священнаго сана», – единодушно отвечал собор.
Приговор этот потом был изложен письменно по-гречески и по-русски с исчислением всех вин. 12 декабря происходило последнее соборное заседание, в Пудовом монастыре, где помещались восточные патриархи. Государь на этот раз сам не присутствовал, а прислал вместо себя некоторых бояр и дворян. Члены собора перешли в небольшую церковь Благовещения над монастырскими воротами и призвали сюда Никона. После краткого молебствия началось чтение соборного приговора с обстоятельным изложением всех пунктов обвинения. Окончательное решение состояло в том, что Никон лишался не только архиерейского сана, но и самого священства, а оставался простым монахом и подвергался ссылке в какую-либо обитель, чтобы там замаливать свои грехи. Бывший патриарх и тут не изменил своему характеру. Во время чтения он то бормотал что-то про себя, то саркастично улыбался. А когда патриархи велели ему снять с себя черный клобук с жемчужным изображением серафима, Никон отказался исполнить их приказание, говорил, что они находятся в турецком рабстве, что его осудили несправедливо и тому подобное. Тогда александрийский патриарх Паисий подошел и собственноручно снял клобук и панагию, так же украшенную жемчугом и драгоценными камнями. Никон при этом не утерпел, чтобы не прибавить: «Бедные пришельцы, возьмите этот жемчуг и разделите его между собою». На голову его надели простой монашеский клобук; но архиерейскую мантию пока не сняли, будто бы из опасения народного неудовольствия, если верить помянутому выше его жизнеописанию (т. е. Шушере). А когда он вышел и садился в сани, то проговорил как бы про себя, но вслух: «Все это тебе, Никон, за то, – не говори правды, не теряй дружбы; если бы готовил им трапезы дорогие да вечерял с ними, то сего тебе бы не приключилось». Не сумев оправдать свои поступки на соборе, очевидно, он был не прочь возбудить народное чувство против своих судей.