Неронов, постригшийся в иноки с именем Григория, хотя наружно раскаялся и получил разрешение от Никона, но теперь, находясь в Игнатьевской пустыни, в Вологодском крае, принялся писать тетради против исправленных книг, подавал челобитные государю в защиту двуперстия и сугубой аллилуии и насаждал раскол в окрестных селениях, в то же время усердно возбуждал Алексея Михайловича низложить Никона и поставить другого патриарха. Пользуясь своими московскими связями и расположением самого государя, он имел возможность успешно хлопотать об облегчении участи бывших своих товарищей по расколу; между прочим, он ходатайствовал перед царем о возвращении из сибирской ссылки протопопа Аввакума. Усердная к расколу деятельность Неронова наконец обратила на себя внимание духовных властей, и этого беспокойного человека послали под начало в Иосифов Волоколамский монастырь.
Протопоп Аввакум, сосланный в 1653 году в Сибирь, рассказывает в своей автобиографии о многих мытарствах и чрезвычайных страданиях, которые он там претерпел. За свой сварливый нрав и за брань на Никона он, по царскому указу, был удален из Тобольска и отправлен на Лену; а отсюда, опять по указу, послан в далекую Даурию священником при отряде ратных людей, которых повел туда енисейский воевода Пашков, чтобы поставить там новые крепостцы или остроги. Воевода действительно основал остроги Нерчинский, Иркутский, Албазинский и прочие и начальствовал в том краю около пяти лет. В течение этих лет Аввакум перенес много обид и всяких мучений от сего жестокого и алчного воеводы, который нередко держал его в тюрьме, морил голодом, подвергал побоям, угнетал работами. Очевидно, коса нашла на камень; строптивый и необузданный на язык протопоп своими укоризнами и всякими обличениями часто навлекал на себя воеводскую злобу. Любопытные подробности дает нам иногда рассказ Аввакума о действиях воеводы, о русских насельниках в этой неприютной стране, об их сношениях и столкновениях с туземными племенами. Для примера приведем следующий случай. Воевода Пашков вздумал послать своего сына Еремея в соседние мунгальские владения для добычи, то есть попросту для грабежа, и дал ему 72 казака да 20 человек туземных инородцев. Перед началом похода невежественный и суеверный воевода, вместо обращения к священнику за молитвой, заставил местного языческого шамана гадать о том, будет ли поход успешен. При наступлении вечера шаман взял барана и начал вертеть ему голову; баран жалобно мычит, а он все вертит, пока не оторвал совсем головы, которую и отбросил прочь. Потом принялся прыгать, плясать и кричать, призывая бесов, и, выбившись из сил, упал на землю; изо рта пошла пена. В заключение объявил, что духи предсказали возвращение людей назад с победой и великой добычей. Конечно, все возрадовались. Аввакум сильно вознегодовал на такую веру в варварское языческое гадание и начал молить Бога о том, чтобы ни один человек не воротился назад. Вообще в своей автобиографии он любит сильно прихвастнуть, так что нередко повествует о бывших ему явлениях святых или Богородицы и даже самого Спасителя, а также о чудодейственной силе его молитвы. Она оправдала себя и на этот раз. Выступление в поход сопровождалось зловещими признаками; лошади заржали, коровы взревели, овцы и козы заблеяли, собаки и сами инородцы завыли, так что на всех напал ужас. Только один Еремей, оказавший почтение Аввакуму и иногда заступавшийся за него перед отцом, просил молиться о нем, что тот и исполнил с усердием. (По словам автобиографии, «стал Владыке докучать, чтоб его пощадил».) Прошел назначенный срок, а люди не возвращаются. Так как Аввакум не только не таил своего злого желания, но громко его высказывал и заранее грозил гибелью всему отряду, то воевода озлился на него и решил его пытать. Уже был приготовлен застенок и разложен огонь. Зная, что после того огня люди недолго живут, Аввакум прощался со своей плачущей женой и детьми. Уже шли за ним два палача; как вдруг мимо его избы едет Еремей, раненый и возвратившийся только сам-друг; он вернул назад палачей. Явясь к отцу, Еремей подробно рассказал ему, как мунгальские люди побили весь его отряд, как один туземец спас его, уведя в пустынное место, где они целую неделю блуждали по горам и лесам, питаясь одной белкой, и как ему наконец во сне явился человек в образе протопопа Аввакума, благословил и указал настоящую дорогу. Если верить сему последнему, то для воеводы не оставалось сомнения, что по молитве протопопа, с одной стороны, погиб отряд, а с другой – спасен сын Еремей, и как ни злобился он, но по просьбам сына на сей раз не тронул Аввакума. Вообще, судя по его собственным рассказам, это был человек не только неукротимого духа, но и железного здоровья, легко переносивший всякие бедствия и телесные страдания.