Меж тем государственные дела велись так, как это было установлено при Алексее Михайловиче, и царствование Федора по наружности казалось продолжением царствования его отца. Те же четыре ближних боярина стояли во главе управления, то есть князья Никита Иванович Одоевский и Юрий Алексеевич Долгорукий, Богдан Матвеевич Хитрово и Артамон Сергеевич Матвеев. Последний по-прежнему был «великих посольских дел сберегатель», то есть ведал иностранными сношениями. Федор очень почтительно относился к своей мачехе Наталье Кирилловне, оставил ей весь ее придворный штат и даже велел выстроить для нее и ее детей особые деревянные хоромы с зимним садом. Но недолго длились мир и согласие при дворе Федора; вскоре ясно обозначились две стороны или партии: Милославские и Нарышкины; первая начала враждебно относиться ко второй. Дочери Марьи Ильиничны и ее родственники с тревогой смотрели на болезненное состояние Федора и таковое же следующего затем единоутробного брата Ивана; потому, естественно, опасались, что престол перейдет к маленькому царевичу Петру, а за его малолетством управление может очутиться в руках его матери.
Среди сестер юного царя наиболее выдавалась Софья, которая года на четыре была его старше. Нестройная и некрасивая, она обладала большим умом и еще большим честолюбием. Наряду с братом она пользовалась уроками Симеона Полоцкого, пристрастилась к чтению и литературным упражнениям. Вообще, дочери Алексея Михайловича имели более свободы и получили более широкое образование в сравнении с прежними московскими царевнами, которые ограничивались церковнославянской грамотой и чтением святых житий. Дочери Алексея вместе с мачехой присутствовали на вошедших в моду при дворе театральных представлениях, которые вносили новую, сильную струю в их умственное развитие и мировоззрение. Софья так увлеклась этими зрелищами, что пробовала сочинять драмы и сама разыгрывала их в кругу близких. А чтение хронографов познакомило ее с судьбой некоторых византийских царевен и цариц, которые умели забрать в свои руки правительственную власть, и ее мечты направились в ту же сторону. Окружая больного брата своими попечениями, Софья искусно старалась возбуждать его против мачехи и всей нарышкинской родни. Ей в этом отношении своими наговорами усердно помогала бывшая мамка царя боярыня Анна Петровна Хитрово, большая ханжа и сплетница, которая к деятельному участию в интригах привлекла и своего сродника, влиятельного боярина, дворецкого и оружничего Б.М. Хитрово; а он, как известно, был одним из главных недоброжелателей Матвеева и противников Алексеева брака с Нарышкиной. Соучастником их был также дядька царя, князь Ф.Ф. Куракин; а из семьи Милославских наиболее ревностным врагом Нарышкина и Матвеева явился боярин Иван Михайлович, который при Федоре занял влиятельное положение и получил в свое ведение Иноземский приказ.
Хотя молодой государь продолжал оказывать уважение вдовствующей царице, однако враги умели причинить ей столько всяких неприятностей, что Наталья Кирилловна покинула столицу и удалилась со своими детьми (сын и две дочери) в подмосковное село Преображенское. Но Милославским этого было недостаточно: им нужно было свалить главную опору семьи Нарышкиных, боярина Матвеева, который все еще занимал важный государственный пост и, по-видимому, пользовался милостью и расположением молодого государя. Между прочим, враги против него пустили в ход сплетню о каком-то духовном завещании, которым будто бы Алексей Михайлович, под влиянием Матвеева, назначил своим наследником царевича Петра, а до его совершеннолетия государственное управление предоставил самому Матвееву.