2 сентября двор из Коломенского переехал в село Воробьеве, потом из Воробьева в Павловское, далее в монастырь Саввы Сторожевского и на несколько дней остановился в селе Воздвиженском. По поводу приезда гетманского сына Семена Самойловича и других правительственных дел в Москву от имени государей послан указ всем боярам и думным людям, в том числе Хованским, а также стольникам, жильцам и дворянам московским спешить в Воздвиженское. 17-го числа Софья праздновала здесь свои именины. После обедни и поздравления открылось заседание Боярской думы в присутствии царей и царевны. Тут сделан был доклад о беззакониях, чинимых князем Иваном Хованским и его сыном Андреем в их приказах, Стрелецком и Судном; а затем представлено найденное в Коломенском селе подметное письмо, которое извещало, будто бы Хованские отец с сыном призывали к себе некоторых стрельцов и посадских и уговаривали их возмутить свою братию, чтобы истребить царский дом, на престол посадить князя Ивана, а сына его Андрея женить на одной из царевен, патриарха и противных бояр перебить и так далее. Одним словом, излагались помянутые выше замыслы. Дума не стала разбирать подлинность или справедливость сего известия. Государи указали, а бояре приговорили: казнить Хованских смертью. Последние в это время, по вышепомянутому царскому призыву, разными дорогами ехали в Воздвиженское. Навстречу им выслан князь Лыков с дворянским отрядом. Старика Хованского он захватил подле села Пушкино, а Андрея неподалеку отсюда в деревне на р. Клязьме, и обоих доставил в Воздвиженское. Здесь в присутствии бояр и думных людей дьяк Шакловитый прочел им смертный приговор с изложением их вин и помянутое подметное письмо. Хованские пытались оправдываться, взывали к правосудию, требовали очных ставок – все напрасно; Софья велела поспешить казнью. Заплечного мастера под рукой не оказалось, и стремянной стрелец отрубил голову отцу, а потом и сыну.
Эта казнь произвела быстрый поворот в положении стрелецкого войска.
Оно сильно всполошилось, когда младший сын князя Хованского, Иван, убежавший из Воздвиженского, привез известие о казни отца, учиненной боярами будто бы без царского указу. Стрельцы вооружились, захватили пушечный наряд, расставили везде караулы, грозили убить патриарха и тому подобное. Но угрозы сменились страхом и унынием, когда они узнали, что двор переехал в укрепленную Троицкую лавру, куда по царским призывным грамотам уже со всех сторон шли вооруженные отряды служилых людей. А когда в столицу приехал боярин М.П. Головин, чтобы ведать ею в отсутствие государей, и пришел указ прислать к Троице по два десятка выборных от каждого стрелецкого полку, стрельцы повиновались и упросили патриарха послать с ними архиерея (Илариона Суздальского) ради спасения их от казни. 27 сентября, дрожа от страха, явились они в лавру. Тут вышла к ним Софья и осыпала упреками за их неистовства и возмущения против царского дома. Выборные пали ниц, каялись и обещали впредь служить верой и правдой. Царевна отпустила их с приказом, чтобы все полки смирились и подали общую челобитную о прощении. Меж тем по четырем главным дорогам, ведущим в столицу (по Тверской, Владимирской, Коломенской и Можайской), уже расположились многочисленные ратные силы дворян и детей боярских, готовые ударить на мятежное стрелецкое войско. Последнее теперь не помышляло о сопротивлении и поспешило исполнить требование царевны, то есть послало ей общее челобитье о прощении. По просьбе челобитчиков патриарх опять отправил с ними от себя ходатая, на сей раз чудовского архимандрита Адриана, своего будущего преемника.
Софья велела вручить челобитчикам статьи, на которых все стрельцы должны были присягнуть, а именно: не заводить казацких бунтовщичьих кругов, не приставать к раскольникам, о злых умыслах, словах и письмах немедля доносить, бояр, воевод и полковников почитать и слушать, самовольно под караул никого не брать, боярских холопов, записавшихся в стрельцы, возвратить господам и так далее. На исполнении этих статей стрельцы торжественно присягнули в Успенском соборе в присутствии патриарха. Выданный стрельцами младший сын Хованского был приговорен к смертной казни, но помилован и отправлен в ссылку. Однако и после того двор не спешил возвращением в столицу. Софья желала, чтобы уничтожен был вещественный памятник мятежа, то есть каменный столб, стоявший на Красной площади. Узнав об этом желании, стрелецкие полки испросили разрешение сломать столб и поспешили его исполнить.