Уже при самом начале своей московской преподавательской деятельности братья Лихуды принуждены были принять близкое участие в помянутом споре о времени пресуществления. Патриарх Иоаким воспользовался сими учеными греками, чтобы противопоставлять их латинствующей партии и ее главе Медведеву. Последний, обманувшись в своих расчетах на место блюстителя или ректора академии, очень недружелюбно отнесся к Лихудам и даже завел с ними тяжбу о земле, которая отошла от его монастыря под академию. Почти одновременно (1687 г.) Медведев в защиту своего мнения написал довольно обширное сочинение, озаглавленное «Манна» (собственно: «Книга о манне хлеба животнаго»); а Лихуды в опровержение сего мнения сочинили «Акос, или Врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым». Полемика не замедлила разгореться. Один из сторонников Медведева дьякон Афанасий против «Акоса» выпустил «Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов», а последние в ответ ему «Диалоги Грека учителя к некому Иисуиту». Эта полемика о священном таинстве Евхаристии – полемика письменная, а еще более устная – возбудила живейший интерес в московском обществе, которое своею чуткостью к отвлеченным вероисповедным вопросам напоминало общество византийское первой половины Средних веков. По современному свидетельству (книги «Остена», изданной под руководством Иоакима), не только мужчины, но и женщины принялись обсуждать момент пресуществления, заводить о нем собеседования и словопрения при всяком случае, даже на торжищах и на пирах, кстати и некстати («временно и безвременно»). «И от такого их нелепого любопрения прозябоша свары и распри, вражды и ересь хлебопоклонная». Так как сия последняя пришла в Москву вместе с некоторыми южнорусскими книгами (требник Петра Могилы, екзегезис С. Коссова, известный Литое той же эпохи и пр.), то патриарх Иоаким с вопросами о них обратился к малорусским иерархам, именно к киевскому митрополиту Гедеону Четвертинскому, черниговскому архиепископу Лазарю Барановичу и архимандриту Киево-Печерской лавры Варлааму Ясинскому. Но южнорусские иерархи или отмалчивались, или отвечали уклончиво. Мало того, когда «Манна» Медведева и полемика Лихудов были отосланы в Киев на обсуждение, то ученые киевские, угождая Софье и Голицыну, оправдали «Манну» и осудили ее противников. Возмущенный Иоаким обратился к восточным патриархам и от них получил подтверждение того, что мнение Лихудов о таинстве Причащения согласно с учением православной церкви. Иоаким созвал в 1689 году церковный собор, который предал анафеме хлебопоклонную ересь и осудил Медведева на заточение, хотя сей последний подал собору покаянное отречение от своей ереси. Но это произошло уже после падения Софьи и Голицына. Начавшееся влияние малороссийских иерархов и ученых на Великорусскую церковь и культуру вследствие означенного столкновения на время сократилось и притихло, но только для того, чтобы потом воспрянуть с новой силою51
.Сейчас мы упомянули киевских иерархов, именно митрополита Гедеона и архимандрита Варлаама.
По смерти знаменитого Иннокентия Гизеля преемником ему местное духовенство выбрало игумна Пустынно-Никольского монастыря Варлаама Ясинского (1684 г.). Киево-Печерская лавра как ставропигия считалась в непосредственной зависимости от цареградского патриарха, который обыкновенно и ставил ей архимандрита. Но гетман Самойлович по сему поводу, вместо цареградского, обратился к московскому патриарху за благословением на выборы и за утверждением избранного. Это был первый шаг к церковному подчинению Киева Москве. Теперь предстояло сделать второй, гораздо важнейший, по поводу выборов митрополичьих. Киевская кафедра вдовствовала уже десятый год при номинальном местоблюстительстве престарелого Лазаря Барановича. Усердный к православию, гетман Самойлович указывал на происходившие отсюда церковные нестроения в Малороссии и обращался в Москву с просьбой о разрешении выбрать митрополита, притом искренне преданного московским властям. Патриарх Иоаким начал действовать в согласии с гетманом и известил его о царском разрешении и своем благословении на сии выборы.