В условиях войны с Турцией правительство приняло свои меры: численность карательных отрядов увеличена до 18 тыс., все брошено на поимку предводителей. Начавшийся во многих волостях в связи с уничтожением скота и припасов продовольствия голод сыграл на руку властям: люди вынуждены были приходить с повинной. Успехи в подавлении движения решили закрепить устрашающей акцией — публично четвертовали или колесовали захваченных вождей восстания. Это не помогло. Весной следующего года непокорные башкиры вновь поднялись на борьбу под прежними лозунгами. Однако усилившийся раскол внутри башкирского общества заметно ослаблял движение. Значительная часть феодальной верхушки не только окончательно отошла от движения, но и все более активно участвовала в карательных операциях против своего народа. Сопротивление разрозненных повстанческих отрядов, то вспыхивая, то затухая, продолжалось до августа — сентября 1740 г., когда на глазах 6 тыс. насильно согнанных башкир была устроена показательная казнь сначала 120 человек, а потом еще 170. Многие из них по‑варварски были посажены на кол, подвешены под ребра или «просто» повешены, обезглавлены. У 301 человека отрезали уши и носы. Всего, по неполным данным, только за 1739–1740 гг. погибло в боях, казнено, сослано на каторжные работы или выслано в другие районы страны свыше 16 тыс. башкир обоего пола. Жестокость одних порождала не меньшую жестокость других, когда повстанцы в ответ на расправы с их семьями начали истреблять всех захваченных карателей, дворян, чиновников царской администрации. Бывало, что некоторых из них буквально резали на куски. Случались нападения на русские села и деревни, с жителями которых восставшие еще совсем недавно находились в мире и согласии. Понесенный русским населением урон несопоставим с уроном повстанцев. Всего с июня по сентябрь 1740 г. в восставших волостях Сибирской и Ногайской дорог каратели сожгли 725 деревень, захватили до 11 тыс. лошадей и коров, уничтожили заготовленные хлеб и сено.
Жертвы оказались не напрасны. Власти отказались от планов ввести в крае подушную подать и лишить башкир вотчинных прав на землю. Однако восстание 1735–1740 гг. не отразилось на курсе правительства в целом — в крае все так же интенсивно продолжалось насильное изъятие башкирских земель под заводы и крепости. К середине 50‑х гг. на территории Башкирии уже были построены 20 новых заводов, каждому из которых отводились земельные угодья по 50 верст в окружности. Кроме того, при поддержке администрации усилился процесс дворянской и крестьянской колонизации края, приводивший к скупке за бесценок или захватам немалой части башкирских земель. Это наносило сильный удар по основному занятию башкир — полукочевому скотоводству.
По‑прежнему сохранялись обременительные феодальные повинности, строительные работы в возводимых крепостях, обязательная служба на укрепленных линиях. В марте 1754 г. масло в огонь подлил указ Сената, по которому башкиры, мишари и служилые татары Оренбургской губернии вместо снятого с них ясака отныне должны были покупать соль из казны по 35 коп. за пуд. Им запрещалось, как было ранее, по праву естественному пользоваться солью из местных источников. Решение вызвало взрыв возмущения, ибо покупка соли обходилась в 6 раз дороже, чем уплачивавшийся ясак. Недовольство подогревалось постоянно циркулировавшими слухами о предстоящем переводе башкир в подушный оклад и о введении рекрутских наборов. Духовенство было возбуждено запрещением строить мечети, закрытием мусульманских школ.
Таким образом, назрело новое восстание. Нужен лидер, и он объявился — один из самых уважаемых людей в Башкирии, мулла Абдулла Алеев (по прозвищу Батырша). Он обратился к населению края с воззванием, содержавшим призыв подниматься на священную войну против неверных, против политики христианизации и русификации мусульман. В воззвании осуждались местные старшины, принявшие сторону правительства, указывался и срок начала восстания — 3 июля 1755 г. Однако, как показал ход событий, народ на «священную войну» не поднялся: в трудовых массах не было темного религиозного фанатизма. В районах совместного проживания и хозяйствования мусульман и православных возникло своеобразное «двоеверие» (или «многоверие»). Этот религиозный синкретизм народных масс обусловливал терпимость в отношении других вероисповеданий. Да и само восстание началось раньше намеченного срока и вне связи с воззванием Батырши, наполненным преимущественно религиозным духом. Действия масс определялись социальными мотивами.