Избранная Рада также провела ряд мер по ограничению местничества (сократив число лиц, на которых распространялись местнические споры). Была организована система приказов: центральных органов управления государством, с продуманной специализацией. Челобитный приказ (во главе с А. Адашевым) рассматривал жалобы, поступавшие на имя царя и, фактически, отвечал за кадровую политику, назначение на должности. Посольский приказ ведал иностранными делами (его умело возглавлял дьяк Иван Висковатый). Поместный приказ занимался распределением земель (поместий и вотчин) между служилыми людьми. Разрядный приказ выполнял функции штаба вооружённых сил в призывал дворян на службу. Разбойный приказ боролся с «лихими людьми». А Земский приказ ведал порядком в Москве.
Правительство Избранной Рады также предприняло масштабную реформу местного управления (в 1556 году).
Были отменены «кормления» и введён единый общегосударственный налог на содержание местной администрации. Кроме того были введены даже элементы местного самоуправления (поскольку у государства ещё не было возможностей и кадров для создания мощного бюрократического аппарата управления на местах). Отправление власти в регионах было частично возложено на выборных представителей населения (которые должны были делать это бесплатно, «на общественных началах»): дворяне выбирали губных старост, а крестьяне и горожане – земских старост из своей среды. Им в помощь также выбирали целовальников (тех, кто давал присягу, «целуя крест») и губных или земских дьячков – своего рода секретарей. Правда, нашлось немного желающих безвозмездно выполнять все эти функции. Поэтому, по словам В.Б. Кобрина: «новоявленных администраторов приходилось ловить, сажать в тюрьму (на время, чтобы не начинать снова поисков нового губного старосты) и насильно отправлять в свои уезды», чтобы ловить разбойников и решать вопросы местной жизни. Таким образом, насаждение урезанного и куцего местного самоуправления «сверху» проходило туго и противоречиво.
Ещё одним важнейшим делом правительства Избранной Рады стала военная реформа. Новое «Уложение о службе» (1555–1556), чётко регламентировало порядок прохождения и обязанности служилых людей (сколько воинов надо было выставлять с какого количестве земли и какими были сроки их службы). Избранная Рада упорядочила подбор кадров: составив «Дворовую тетрадь» – полный список дворян, царскую номенклатуру. В 1550 году было начато и формирование стрелецкого войска, дополнившего собой дворянское конное ополчение. Стрелецкое войско было постоянным, полупрофессиональным; им ведал Стрелецкий приказ. В начале стрельцов было три тысячи человек, а затем их число выросло аж до двадцати тысяч. Стрельцов вооружали ружьями, саблями, бердышами, выдавали им форму за казённый счёт, но кормили себя они сами. Главным источником существования стрельцов было не денежное жалование, а земельные пожалования и возможность свободно заниматься ремёслами, огородничеством, промыслами и торговлей. Стрелецкий полк селился особой слободой в городах, и стрельцы вели свои хозяйства. Дворяне и бояре отныне являлись служилыми людьми «по отечеству» (происхождению), а стрельцы, пушкари и городские стражники – «по прибору» (призыву). Порой, в случае необходимости, собиралось также и ополчение посадских людей и черносошных крестьян.
В 1550-е – 1560-е годы в Москве (через сто лет после Европы) – начинается книгопечатание. Впрочем, вскоре первопечатники сбежали из Московии в Литовскую Русь.
Не прошло правительство реформаторов и мимо церковных дел. В 1551 году был созван церковный собор, получивший название Стоглавого (поскольку его решения состояли из ста глав). Целью собора было наведение порядка в церкви, усиление контроля за духовенством, запрет симонии (продажи церковных должностей), унификация обрядов, ограничение церковного землевладения, принятие общего пантеона русских святых. Стоглавый собор, сделав «местночтимых» святых общерусскими и упорядочив церковные ритуалы (в частности, окончательно утвердив двуперстное крещение) и приняв каноны иконописания (взяв за образец Андрея Рублёва), стал важной эпохой на пути окончательного оформления концепции «Москва – третий Рим», складывания общерусской церковной системы и полного подчинения церкви государству. Собор запретил языческие праздники, скоморошество, шахматы, кости, карты, гусли, женские пляски и театральные зрелища. Стоглавый собор выступил против разврата и невежества, царящих среди духовенства и монахов; он констатировал, что священники – малограмотны, много пьют и часто дерутся между собой, сквернословят в храмах. Духовенству было запрещено сквернословить и напиваться во время церковной службы, а также не рекомендовалось совместное проживание монахов и монахинь (что тогда было широко принято).