Севший на трон престарелый (54-летний) царь Василий Иванович Шуйский был коварным интриганом, вероломным и беспринципным политиком, но довольно никчёмным правителем и никудышным полководцем. Выжив в эпоху опричного террора, он представлял собой яркий пример вырождения боярства, прошедшего через мясорубку репрессий, утратившего доблесть и честь, и сохранившего лишь лисью подлость, приспособленчество и огромный инстинкт выживания при любых условиях. Хотя он, действительно, был знатнейшим человеком страны (род Шуйских происходил от ветви Рюриковичей, более древней и знатной, чем московские Даниловичи, управлявшей в XIII–XV веках Нижегородско-Суздальским княжеством), однако он был избран без положенного согласия всей земли (на Земском Соборе), а лишь «выкрикнут» своими приспешниками на площади, овладев престолом волей случая. Недовольны были дворяне, провинциальная знать и широкие слои населения, видевшие в Шуйском лжеца, узурпатора и убийцу всенародно любимого государя Дмитрия. За новым царём стояли олигархические боярские группировки и назначенный им патриархом Гермоген, ярый приверженец старины и самодержавия, фанатичный враг всего иноземного.
Многие поляки и литовцы, находившиеся в Москве (включая Юрия и Марину Мнишек) были арестованы, но не убиты (во избежание конфликта с Речью Посполитой). Впрочем, властям федеративного Польско-Русско-Литовского государства в это время было не до мести новому московскому государю: Сигизмунд Ваза вёл войну со шведами и подавлял у себя рокош – мятеж собственной литовско-русской шляхты. Причём многие из мятежников как раз поддерживали царя Дмитрия и желали видеть его ещё и правителем Речи Посполитой, способным объединить под своей властью все русские земли. После разгрома восстания они бежали в Московскую Русь и пополнили ряды непримиримых и воинственных врагов Шуйского.
25 мая 1606 года Шуйский венчался на царство, причём дал «крестное целование» не казнить людей без суда и согласия Боярской Думы, не слушать доносов, не конфисковывать имущество осуждённых и их родственников. Данная кресто-целовальная запись (которую, впрочем, лживый Шуйский на деле мало соблюдал) стала первым прообразом конституционного акта, ограничивающего самодержавие в России (подобно Великой Хартии Вольностей или Хабеас Корпусу в Англии). По словам В.О. Ключевского: «Василий Шуйский превращался из государя холопов в правомерного царя подданных, правящего по законам». А В.Б. Кобрин утверждал, что «историческое значение «крестоцеловальной записи» Шуйского не только в ограничении произвола самодержавия, даже не только в том, что впервые был провозглашён принцип наказания только по суду (что, несомненно, тоже важно), а в том, что это был первый договор царя со своими подданными». К тому же, на престоле Московии появляется вновь не «природный» авторитарный государь, но правитель, опирающийся на общественную поддержку (вслед за Годуновым и Первым Лжедмитрием). Однако и этот замечательный шанс выхода из заколдованного круга и изменения рокового вектора русской истории, связанный с именем Шуйского, был упущен, как и шансы, связанные с Годуновым и с Лжедмитрием. Маховик Смуты, подобно поступи Судьбы в эллинской трагедии, уже раскручивался вовсю – к ужасу одних и надежде других.
Чтобы утвердить его власть и окончательно похоронить саму идею самозванчества, по приказу Шуйского объявили святым царевича Димитрия, а царевичем Дмитрием – объявили ребёнка, убитого в 1591 году в Угличе. Причём теперь была отвергнута версия о самоубийстве в припадке падучей и была принята версия о мученической гибели от ножей убийц, – версия, совместимая с канонизацией этого ребёнка. Его мощи привезли в Москву и срочно «организовали» ряд чудес вокруг них (чудесные «исцеления» больных бродяг, подкупленных Шуйским). Царевич был теперь объявлен убитым, а сам главный «эксперт» по данному вопросу Василий Шуйский (как в инокиня Марфа Нагая) в очередной (третий!) раз кардинально поменял свою позицию по поводу его гибели. В первый раз, возглавляя официальную следственную комиссию, он утверждал, что мальчик закололся сам, во второй (в преддверии подходящего в Москве самозванца) он заявил, что тот чудесно спасся от убийц, вместо него сразивших поповича, и теперь, в третий – что царевич-таки был убит в Угличе в 1591 году!