Однако народ благоразумно не верил и продолжал страстно ждать нового явления «подлинного царевича», скептически воспринимая все эти трюки с поспешной канонизацией и очередным переписыванием истории. Убитый царевич оказывался страшнее, могущественнее и неуязвимее любого из живых. А Шуйского, не избранного Земским Собором, многократно предававшего предыдущих государей и беспринципного, считали самозванцем, утратившим всякий авторитет и поддержку в обществе. Многие видели в нём лишь лживого и коварного узурпатора, притеснителя народа, ставленника бояр, убийцу «царя Дмитрия». Служилые люди ждали новый реинкарнации Дмитрия, чтобы расправиться с боярской олигархией и конституционализмом, укрепить самодержавие и крепостничество, а народ мечтал о народном царе, отменяющем крепостничество, близким простолюдинам и имеющем помазание от Бога и избрание от «всей земли».
Волновались низы, казаки, дворяне, провинция, приближённые первого Самозванца. По словам С.Ф. Платонова: «В… интриге, результатом которой явился Самозванец… участвовали народные массы, но направлялась и руководились они, как неразумные силы, из той же дворцовой и боярской среды… Но далее дело пошло иначе… Олигархи с Шуйским во главе вдруг очутились лицом к лицу с народной массой. Они не раз для своих целей поднимали эту массу; теперь, как будто приучаясь к движению, эта масса заколыхалась, и уже не в качестве просто орудия, а как стихийная сила, преследуя какие-то свои цели. Таким образом, воцарение Шуйского может считаться поворотным пунктом в истории нашей Смуты: с этого момента из Смуты в высшем классе она окончательно принимает характер Смуты народной, которая побеждает и Шуйского, и олигархию».
Вновь, как и полтора года назад, первой восстала «Украина» Руси. Летом 1606 года южные окраины поднялись под лозунгом поддержки «царя Дмитрия». Путивль, Чернигов, Курск, Елец, а за ними и Тула, и Рязань, и другие города прогоняли наместников и воевод Василия Шуйского. Приближённый первого Самозванца дворянин Михаил Молчанов, унёсший в суматохе московских событий государственную печать и сбежавший в Сандомир, в резиденцию Мнишков, рассылал от имени «царя Дмитрия» грамоты с призывом к восстанию. Внушив дворянину, служилому холопу князя Андрея Телятевского, Ивану Исаевичу Болотникову, что царь Дмитрий жив (и выдав для этого случая себя за него), Молчанов щедро передал ему полномочия возглавить в качестве «старшего воеводы» армию «спасшегося царя». Вторично убитый, Дмитрий вновь стремительно материализовывался – на радость народу и погибель Шуйскому. Также, как некогда «призрак» Дмитрия был использован боярами против Годуновых, теперь «призрак» Дмитрия использовался различными силами в борьбе против Шуйского.
Иван Исаевич Болотников, ставший «большим воеводой царя Дмитрия», был опытным бывалым воином и пережившим многое человеком. В его жизни были и войны с татарами (в качестве боевого холопа), и плен, и рабство на турецких галерах, и странствие по Италии, Карпатам, Германии и Польше. Болотников свято верил в то, что он действует от имени царя Дмитрия и проявил выдающиеся способности полководца и организатора. За ним стояли недовольные режимом Шуйского дворяне: Молчанов, Шаховской и его бывший хозяин, теперь подчинявшийся своему же холопу, князь Телятевский. Объявившись в мятежном и бурлящем Путивле, Иван Исаевич обещал всем своим сторонникам царскую милость, волю, богатство и прощение всех старых прегрешений.
В восстании Болотникова заметны многие признаки последующих крестьянских войн в России (XVII–XVIII веков): пестрота движения, сочетание различных (порой несовместимых) сил и лозунгов, самозванчество как объединяющая идея, решающая роль казаков как зачинателей движения и его главной военной силы, наступление с периферии к центру – Москве… Подобно последующим крестьянским войнам, армия повстанцев напоминает стремительно проносящуюся комету: небольшое организованное постоянное «ядро» и изменчивый обширный «хвост» из множества местных отрядов, стремительно возникающих и исчезающих.
Болотников призвал восставших избивать бояр – сторонников Шуйского и занимать их места, обещал своим соратникам щедрые земельные и денежные раздачи, пожалование их холопами и боярскими чинами. В «прелестных письмах» (воззваниях) Болотникова холопам предлагалось убивать бояр и дворян, насиловать их жён и дочерей и захватывать их имущество. По мнению В.Б. Кобрина: «Мы не находим здесь призыва к изменению феодального строя, а только намерение истребить нынешних бояр и самим занять их места».