Северные города, доселе наименее разорённые Смутой, стали главными объектами грабежей со стороны «тушинцев» – а это оттолкнуло их в сторону царя Василия Шуйского. По словам С.Ф. Платонова: «Воеводы Шуйского были охранителями порядка в том смысле, как тогда понимали порядок, а Вор, много обещая, ничего не исполнял и не поддерживал порядок. От него исходили только требования денег, его люди грабили и бесчинствовали, к тому же они были поляки». Нескончаемые насилия, поборы и грабежи со стороны казаков и поляков вызвали на севере сильное недовольство Самозванцем и разочарование в нём. Одновременно в 1609 году верный Шуйскому боярин Фёдор Шереметев, двигавшийся с войском из Астрахани, огнём и мечом подавил восстание народов Поволжья против русского гнёта и разорил Касимов – один из главных оплотов «тушинцев».
В стране наступило шаткое равновесие сил. Как отмечают С.Г. Жуковский и И.Г. Жуковская: «Распались все общественные связи, рухнули все законы, знать перебегала от одного «царя» к другому, получая от обоих в награду почётные должности и звания; бывшие холопы грабили и убивали своих и чужих господ; все подряд грабили крестьян и посадских людей». Естественно, в этой ситуации все сословия реагировали по-своему: крестьяне и холопы разбегались и становились вольными казаками, города создавали отряды самообороны, а дворяне и церковь образовали реакционную «партию порядка», мечтающую о восстановлении самодержавия, стабильности и сыска беглых людей.
Чувствуя свою внутреннюю слабость и непопулярность в народе, Шуйский решился на крайнюю и рискованную меру – стал искать опоры во внешней силе. Через своего талантливого племянника князя Михаила Скопина-Шуйского он вступил в переговоры со шведским королём Карлом IX, прося военной помощи. Шведы заключили с Москвой союз, предоставив ей двенадцать тысяч отборных воинов во главе о непобедимым полководцем Якобом Понтусом Делагарди в обмен на огромную сумму денег и некоторые территории (они хотели получить город Карелу с уездом).
Однако ситуация усугублялась двумя факторами. Во-первых, в опустевшей казне не было обещанных шведам средств (что делало их солдат ненадёжными), а с передачей территорий Шуйский всячески тянул, надеясь перехитрить союзников (и этим нечестным поведением побуждая их самим забрать обещанные земли). А, во-вторых, военный союз Московии со Швецией резко менял все политические расклады на востоке Европы и означал немедленное вступление в войну против Шуйского Речи Посполитой. Ибо бушевавшая тогда в Европе религиозная война, вызванная Реформацией и Контрреформацией, обернулась на востоке Европы смертельным столкновением католической Речи Посполитой Сигизмунда III (бывшего Шведского принца и фанатичного католика) и протестантской Швеции Карла IX (его дяди). Обе страны, господствовавшие тогда в регионе и беспощадно противостоявшие друг другу, ревниво следили за усилением влияния другой из сторон в Московии. Началось польское вторжение в Россию: протестанты и католики столкнулись между собой на полях сражений в Московской Руси, оказавшейся тем самым втянутой в общеевропейский конфликт. Армия Сигизмунда III осадила Смоленск… и на полтора года застряла под стенами этой первоклассной крепости.
В это время в течение 1609 года молодой и талантливый воевода князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский, соединив ополчение северных городов со шведским войском Делагарди, начал постепенное наступление на «тушинцев», неторопливо, но неуклонно уничтожая их отряды и освобождая Москву от блокады. Он отбил Тверь, Калязин, одержал пару значительных побед и с триумфом вступил в столицу, где его приветствовали жители в качестве победителя и вероятного будущего царя (поскольку у его непопулярного дяди – престарелого Василия Шуйского не было детей). Однако в разгар торжеств Скопин-Шуйский был отравлен братом царя Дмитрием Шуйским – завистливым человеком и бездарным полководцем, ослеплённым злобой и метившим на престол. Это убийство окончательно подорвало в обществе всякое уважение и доверие к династии Шуйских и предопределило её падение.
В 1609 году рассыпается тушинский лагерь под Москвой. Поляки из него уходят под Смоленск к Сигизмунду III, а Лжедмитрий II бежит с казаками и касимовскими татарами в Калугу. Финальным аккордом неудачного правления Василия Шуйского явилось грандиозное и сокрушительное поражение в самой великой из всех битв Смутного времени – сражении под селом Клушино 24 июня 1610 года, где шестидесятитысячная русско-шведская армия Дмитрия Шуйского на рассвете была рассеяна и уничтожена пятитысячным отрядом польского гетмана Жолкевского. Русское войско при первом натиске противника позорно бежало; шведы же дрались стойко, но, не получая ни жалования, ни помощи, тоже прекратили сопротивление и отступили на север.