Последовавший за ним митрополит Алексий (из рода бояр Плещеевых, близких к московскому княжескому дому), ценой огромных усилий (и колоссальных взяток в Константинополе, при дворе патриарха и императора – за счёт денег, позаимствованных из недоданной в Орду дани с Руси), посаженный на митрополичью кафедру Иваном Калитой, и вовсе отождествил интересы церкви с интересами Москвы. Он фактически (во время малолетства и юности княжича Дмитрия: в 1359–1378 годы) сосредоточил в своих руках управление как церковью, так и московским княжеством. Алексий более всего опасался, что завершится процесс объединения русских земель вокруг Вильно (что означало крах Москвы как регионального лидера и неопределённые перспективы для доминирующей роли православия на Руси) и употребил все силы на борьбу с Ольгердом, опираясь на помощь Орды и решительно взяв курс на раскол Руси и русской церкви.
Так Москва стала резиденцией русского митрополита и религиозным центром всей Северо-Восточной Руси, что, вместе с монгольской поддержкой, резко повысило её шансы на победу в борьбе за региональное лидерство. По словам В.О. Ключевского: «богатые материальные средства, которыми располагала тогда русская церковь, стали стекаться в Москву, содействуя её обогащению… Это сочувствие церковного общества, может быть, всего более помогло московскому князю упрочить за собою национальное и нравственное значение в Северной Руси».
XIV век, век пика ордынского ига, был одновременно и «звёздным часом» в истории русской церкви, надолго связавшей свою судьбу с Ордой и её послушным орудием – Москвой. Сохранившая единство, поддерживаемая ханами и князьями, укрепившая духовное влияние на население, проводившая монастырскую колонизацию севера Руси, церковь активно вмешивается в борьбу между княжествами. Именно православная вера, наряду с позаимствованным у татар самовластным деспотизмом, составила основу новой социо-культурной идентичности – великоросского этноса. В это время основывались десятки монастырей, церковью осваивались новые земли, под защиту церкви отдавались сотни крестьян. На Руси распространился исихазм – византийский мистицизм (приверженцами его были великий святой, основатель Троицкой обители, Сергий Радонежский и великий иконописец Андрей Рублев). Именно в эту эпоху православие начинает распространяться за Волгой, и возникает устойчивое словосочетание-самоназвание «святая Русь». Усиливается ксенофобская тенденция и крайняя нетерпимость в отношении «латинства» (католичества).
Как отмечал С.Ф. Платонов: «Руководимое св. Алексием русское духовенство держалось его направления и всегда поддерживало московских князей в их стремлении установить на Руси сильную власть и твердый порядок… Духовенство изначала вело на Руси проповедь благодетельности власти и необходимости правильного государственного порядка. С большой чуткостью передовые представители духовенства увидели в Москве возможный государственный центр и стали содействовать именно ей». Чуткость, и в самом деле, была выдающейся.
Последовательный и жёсткий курс митрополита Алексия усиливал власть московского князя, всемерно опекаемого митрополитом. Он использовал в борьбе любые средства, включая клятвопреступления или отлучения от церкви целых княжеств и городов, противостоящих Москве. Константинопольский патриарх так беспристрастно и проницательно оценивал последствия деятельности митрополита Алексия для церкви и единства Руси: «Призванный учить миру и согласию, увлекся в войны, брани и раздоры». Однако его действия, во многом ослабляя влияние церкви, дискредитируя её и разрушая общерусское единство, неуклонно способствовали возвышению Москвы в 1360-ые годы. Алексий легко устранил опасного конкурента Москвы – суздальско-ниже-городского князя – породнив его с московским княжеским домом и включив в фарватер московской политики. Порой этого энергичного, беспринципного, ловкого и талантливого церковного и политического деятеля (позднее канонизированного), сделавшего столь много для создания самодержавного Московского государства, называют «русским кардиналом Ришелье», уподобляя его знаменитому французскому церковному иерарху и первому министру короля, создателю системы абсолютизма во Франции XVII века. Митрополит Алексий, тесно связанный с двором ордынского хана, добился (за огромную взятку) вручения ордынскими владыками грамоты, передающей Великое княжение в наследственное владение роду Ивана Калиты – роду, столь ярко показавшему себя верным проводником монгольской политики на Руси. Так Московское княжество, вновь увеличиваясь в размерах, превращается а Московско-Владимирское. А вымирание от чумы большей части княжеского рода также судьбоносным образом усилило власть московского князя, сконцентрировав её в руках одного человека и устранив большинство его родственников, способных претендовать на неё.