Почитатель Патриарха Сергия В. Н. Лосский писал о нем после его кончины: "До конца времен Церковь сохранит память великого святителя, наряду с другими именами, которые знает каждый христианин. Когда умер Василий Великий, его друг и сотрудник святитель Григорий Богослов мог сказать: "Все было велико в тебе, великий Василий, одно лишь было мало: всего только 8 лет ты был епископом Кесарии". То же можно сказать о почившем возглавителе Русской Церкви. Все было велико в жизни великого Сергия, который всего лишь несколько последних месяцев своего епископского служения носил сан Патриарха Московского и всея Руси. Но как Патриарший Местоблюститель он почти 18 лет управлял Русской Церковью. Старый мир, мир византийских традиций, восходивших к Константину Великому, тот мир, который казался многим миром самого христианства, внезапно распался до основания, и на его месте возникал новый мир, вне христианства, но не вне Божией воли, определяющей исторические судьбы. Чтобы руководить церковной жизнью в столь исключительных условиях, в Москве — столице нового государства, в центре строящегося нового мира, надо было обладать непоколебимой верой в богоустановленность Церкви".
"Путь святителя Сергия на протяжении почти 20–летнего управления им Русской Церковью был неизмеримо труден, — писал через два года после кончины Патриарха М. Каллаш, — но он все трудности преодолел, вынес все испытания. В его личности сочеталось богатство самых разнообразных дарований, обычно взаимно исключающих друг друга, и таких же душевных качеств. Он был и отвлеченный мыслитель–богослов, духом устремленный к вечности Царствия Божия, и большой ученый с широкой и разнообразной эрудицией, с редкостным пониманием поворотных моментов человеческой истории. При пленительной доброте и мягкости души обладал он несокрушимой волей. Он не испытывал растерянности там, где многие и многие видели ужас последнего крушения. И потому оказался он на высоте в труднейшей роли не только руководителя, но и воссоздателя Русской Церкви…"
В день кончины Патриарха Сергия было вскрыто его завещание, составленное в начале Великой Отечественной войны. В согласии с волей почившего Первосвятителя Священный Синод утвердил Местоблюсти телем Патриаршего Престола митрополита Ленинградского Алексия.
20 мая Местоблюститель направил письмо Председателю Совнаркома. "Нашу Православную Церковь, — говорится в этом письме, — постигло тяжелое испытание: скончался Патриарх Сергий, 18 лет управляющий Русской Церковью. Вам хорошо известно, с какой мудростью он нес это трудное послушание; Вам известна и его любовь к Родине, его патриотизм… С его кончиной Церковь наша осиротела. По завещанию почившего Патриарха мне судил Бог принять на себя должность Патриаршего Местоблюстителя… В предстоящей мне деятельности я буду неизменно и неуклонно руководиться теми принципами, которыми отмечена была церковная деятельность почившего Патриарха: следование канонам и установлениям церковным, с одной стороны, и неизменная верность Родине и возглавляемому Вами Правительству нашему — с другой".
Продолжалась Великая Отечественная война, и в своем первом послании к пастве новый глава Церкви призвал верующих усилить молитвы о победе: "Мы переживаем время, когда Господь дарует нам утешение видеть близость победы нашего оружия над врагом. Усилим, братие, нашу молитву о небесной помощи нашему воинству; усилим нашу, хотя малую, как капля в море, но если она дается от искреннего сердца, — действенную помощь на нужды военные".
В послании, с которым митрополит Алексий обратился к Церкви 22 июня 1944 года, он писал: "Три года тому назад разбойничий натиск немецкого племени на наши священные пределы открыл новую эпоху славы нашего доблестного воинства и нашего исстари победоносного оружия…" В конце послания говорится: "Мы же по–прежнему будем молиться, да падет пред силой нашего воинства "тысяща и тьма" сопротивных, и да сокрушится неправда, дерзнувшая посягнуть на свободу и честь нашей Родины. Пусть наших доблестных и победоносных вождей и воинов, освобождающих нашу русскую землю, осеняет в их победном шествии на Запад, на полное разрушение лукавых козней врага, на разгром фашизма эта молитва и это благословение Церкви". "Господь крепость людям Своим даст и во время, Им представленное, благословит люди Своя победою и миром. Аминь". По призыву Местоблюстителя в епархиях и приходах Русской Церкви начат был сбор пожертвований в фонд помощи детям и семьям воинов.