После торжественного молебна Собор открыл его Председатель -Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Алексий. "По величию собрания и по составу собравшихся, — сказал он, — это поистине Вселенский Собор, ибо здесь, можно сказать, вся Православная Святая Соборная Апостольская Церковь. Но мы смиренно ограничиваем свои полномочия и будем обсуждать и решать дела лишь своей Русской Православной Церкви".
Главными задачами Собора Местоблюститель назвал утверждение "Положения об управлении Русской Православной Церковью" и избрание Патриарха. С приветствиями к членам Собора обратились Патриарх–Католикос Каллистрат, почетные гости из-за рубежа. С докладом о патриотической деятельности Церкви во время Великой Отечественной войны выступил митрополит Алексий. Доклад архиепископа Псковского Григория (Чукова) был посвящен проекту "Положения об управлении Русской Православной Церковью", основные идеи которого сформулировал блаженнопочивший Патриарх Сергий. В прениях по докладу выступили епископ Кировоградский Сергий (Ларин), ректор Богословского Института — профессор протоиерей Т. Д. Попов, профессор Г. П. Георгиевский.
Краткое "Положение", единогласно утвержденное Собором, заменило развернутые определения Собора 1917/18 годов, касавшиеся отдельных инстанций церковной власти. Новое "Положение" резко подчеркивало иерархический строй церковного управления, возвышая в сравнении с "Определениями" предыдущего Собора полномочия Патриарха, епархиальных архиереев и настоятелей приходов. Сроки созыва Поместных и Архиерейских Соборов "Положением" не регламентировались. Созыв Поместного и Архиерейского Соборов предоставлялся Патриарху или Синоду под председательством Местоблюстителя. По Положению Собора 1945 года Местоблюститель Патриаршего Престола не избирался, а им становился после кончины Патриарха старший по хиротонии постоянный член Синода. По 24 статье "Положения" епархиальный архиерей назначался указом Патриарха, само же избрание, о котором "Положение" умалчивает, совершалось на практике Синодом. Вместо епархиального собрания и епархиального совета, предусмотренных "Определениями" Поместного Собора 1917–1918 годов, по "Положению" при епархиальном архиерее мог состоять епархиальный совет "там, где таковой будет архиереем образован", — иными словами, учреждение его предоставлялось усмотрению архиерея. В "Положении" ничего не говорится о благочиннических собраниях и о благочиннических советах, упразднялась и введенная на предыдущем Поместном Соборе выборность благочинных. Настоятель прихода, по "Положению", должен был стоять во главе приходского собрания, являясь председателем и приходского собрания, и приходского совета. Назначался он архиереем и был ответственным перед ним. На настоятеля возлагалось попечение не только о религиозно–нравственной жизни общины, но и о ее хозяйственной деятельности, ответственность за правомерный расход приходских средств.
Второе и последнее заседание Поместного Собора состоялось 2 февраля. На нем управляющий делами Московской Патриархии протоиерей Н. Ф. Колчицкий огласил телеграмму от Патриарха Константинопольского Вениамина: "Радостно приветствую начало деяний Священного Избирательного Собора. Великая Церковь Христова благословляет, желает полного успеха. Да совершит Господь Бог святое дело Собора для блага и славы сестры — Российской Церкви". Протоиерей А. К. Станиславский выступил с приветствием от лица членов предыдущего Поместного Собора.
Важнейшим деянием второго заседания Собора явилось избрание Патриарха. Архиереи, облачившись в мантии, один за другим, начиная от младшего по хиротонии, подавали от себя и от лица клириков и мирян своих епархий голос за кандидата на Патриарший Престол. Митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий единогласно был избран Патриархом Московским и всея Руси. После пения "Тебе Бога хвалим" и возглашения многолетия избраннику Собора старший по хиротонии архиерей — архиепископ Астраханский Филипп (Ставицкий) сказал: "Теперь по древнерусскому православному обычаю прими от нас, дорогой избранник, наш земной поклон с горячим молитвенным пожеланием долгие годы украшать Христову Церковь, нести великий и ответственный подвиг свой бодро, мужественно, с верой в воздаяние…"
Поместный Собор обратился с посланием к архипастырям, пастырям и верным чадам Русской Православной Церкви, в котором, наряду с радостными явлениями в церковной жизни, обратил внимание и на омрачающие ее недуги: нарушения богослужебного устава, вступление христиан в гражданский брак без церковного благословения, нехранение постов, причем не только мирянами, но и клириками, пренебрежение освященным традицией говением перед причастием, падение церковной дисциплины.