Победа в Великой Отечественной войне, освобождение порабощенных народов Балкан от немецкой оккупации открывала возможность для упрочения братских сношений с Сербской, Румынской, Болгарской и Греческой Церквами. Благодаря посредничеству Патриарха Алексия пало средостение, разделявшее Болгарскую Церковь и Константинопольскую Патриархию. 21 февраля 1945 года Вселенский Патриарх Вениамин вместе с Синодом рассмотрел просьбу новоизбранного главы Болгарской Церкви — митрополита Софийского Стефана о снятии отлучения с болгарского клира и народа и признании болгарской автокефалии и уважил эту просьбу. С этих пор возобновилось каноническое общение Болгарской Церкви со Вселенским Православием.
В апреле 1945 года в Болгарию отправилась делегация Русской Церкви во главе с архиепископом Псковским Григорием; визит содействовал укреплению братских уз между единоверными и единокровными славянскими народами.
Одновременно в Югославию отправлена была другая церковная делегация во главе с епископом Кировоградским Сергием (Лариным). Во время пребывания в Югославии епископа Сергия с Патриаршей Церковью воссоединилась большая группа русских священников–эмигрантов, находившихся ранее в юрисдикции Карловацкого Синода.
Встреча епископа Сергия с сербскими иерархами проложила путь к передаче Мукачевско–Пряшевской епархии (без Пряшева) Русской Православной Церкви. Это событие состоялось 22 октября 1945 года. Оно было обусловлено как историей Закарпатья, которое в древности входило в состав Киевской Руси, так и тем обстоятельством, что по договору с Чехословакией, освобожденной Советской Армией, Карпатская Русь была возвращена нашему государству. На Мукачевскую кафедру был поставлен епископ Уманский Нестор (Сидорук).
Вскоре после окончания Великой Отечественной войны в октябре 1945 года в Чехословакию для восстановления там православных приходов был командирован архиепископ Орловский Фотий (Тапиро). Начались переговоры между Сербской и Московской Патриархией о передаче Чешской епархии в юрисдикцию Русской Церкви. В марте 1946 года Архиерейский Собор Сербской Церкви дал согласие на то, чтобы Московская Патриархия направила в Прагу епископа для возглавления Чешской епархии.
5 апреля 1946 года в Пряшеве состоялся Собор представителей униатского духовенства и мирян, на котором решено было воссоединиться с Православной Церковью. После этого Экзархат Русской Православной Церкви в Чехословакии имел уже 4 епархии. Осенью 1951 года в Праге состоялся церковный Собор под председательством Экзарха митрополита Елевферия, на котором было решено ходатайствовать перед Патриархией о даровании Чехословацкой Церкви автокефалии. Ходатайство было удовлетворено. Первоиерархом новой Поместной Церкви стал митрополит Елевферий (Воронцов).
В июне 1948 года в Москву прибыла делегация Польской Православной Церкви во главе с архиепископом Белостокским и Вельским Тимофеем (Шретером). Делегация просила Патриарха Алексия принять Польскую Церковь в молитвенно–каноническое общение, которое прекратилось четверть века назад из-за самочинного отделения епископов Польши от Матери–Церкви. 22 июня Священный Синод издал акт, по которому Польская Церковь принималась в общение и одновременно ей была дарована автокефалия. Митрополит Варшавский Дионисий (Валединский), восстановив общение с Московской Патриархией, ушел на покой. Первым главой автокефальной Польской Православной Церкви стал митрополит Макарий (Оксиюк).
30 апреля 1957 года Священный Синод признал автономию Финляндской Православной Церкви — дочери Русской Церкви — и ее принадлежность Константинопольскому Патриархату.
12 мая 1945 года в Румынию отправилась делегация Русской Церкви во главе с епископом Кишиневским Иеронимом. Эта поездка была особенно необходима потому, что румынский народ вовлечен был в братоубийственную войну против единоверного русского народа.