В обращении к христианам всего мира Поместный Собор призвал к единству в достижении победы над фашизмом. Война еще продолжается, но "исход войны уже решен, и никто и ничто изменить его не может". Всем стало ясно, "чьи молитвы, подобно Авелевой жертве, вознеслись ко Господу, и чьи кощунственные призывы стелются по земле, как дым от костра братоубийцы Каина…" "Православная Русская Церковь, Церковь великой страны, принявшей основной удар кровавого фашизма и в схватке с ним нанесшей ему смертельную рану… обращается к вам, братья христиане, чтобы вместе с нами напрягли свои усилия к завершению священной борьбы". В заключении "Послания" говорится: "Поместный Собор шлет благословение трудящимся всего мира и вождям народов, которые пекутся о благосостоянии и улучшении жизни меньших братьев", — в такой форме Собор выразил свою озабоченность социальными проблемами.
Интронизация Патриарха состоялась 4 февраля 1945 года в кафедральном соборе Москвы. Митрополит Киевский Иоанн, вручая Патриарху куколь, произнес слово: "Быть кормчим Русской Церкви в переживаемое нами время, в период великих мировых событий — это подвиг исключительного значения. На твои рамена возлагается величайшее бремя. Дай Бог, чтобы дух Святейшего Сергия, витающий в этом святом храме, почил на тебе обильно и помогал бы тебе быть истинным хранителем апостольских преданий и вести неуклонно корабль нашей Церкви по избранному почившим пути во славу Божию и во благо нашей дорогой Родины".
Вручая Патриарху жезл, митрополит Крутицкий Николай тоже напомнил о преемственности Первосвятительского служения: "Русский верующий народ видит на тебе сияние света незабвенного старца Патриарха Сергия, благословившего тебя замещать его после кончины до избрания нового Патриарха: ведь ты в течение 18 лет разделял с ним бремя высшего управления Церковью, как любящий и любимый им, его старший по хиротонии в ряду других епископов сын. И мы верим, что Святейший Патриарх Сергий и ныне незримо благословляет тебя на твой высокий, ответственный путь служения Церкви".
На Божественной литургии, во время запричастного стиха, было оглашено первое послание Патриарха к чадам Русской Церкви: "Что есть Патриарх для паствы своей и какое бремя на него возлагается? — Патриарх есть живой и одушевленный образ Христа, делом и словом в себе самом наглядно выражающий Истину. Задачею его является сохранение в благочестии и святости тех, кого он принял от Бога. Цель его — спасать вверенные ему души. Подвиг его — жить во Христе и для мира быть распятым. Долг Патриарха — хранить неизменность и неприкосновенность церковного учения, священных канонов и преданий церковных; охранять вверенную ему поместную Церковь от разделений и расколов; насаждать доброе житие в своей пастве; иных "страхом спасать", иных, по Апостолу, "обличать", "запрещать", "да всяко некий спасутся". Архипастырей Патриарх призвал быть истинными молитвенниками. "Если архипастыри имеют долг наблюдать за тем, чтобы порученные их попечению пастыри делали свое пастырское дело не как наемники, не радеющие о стаде, а как истинные пастыри, "готовые душу свою положить за овцы своя…", то и пастыри… молитвенным настроением, неленостным исполнением своего долга, исканием "не гнусной корысти" (1 Пет. 5, 2–3), а спасения своих пасомых, должны подавать верующим добрый пример служения Христу и Его Церкви". Обращаясь к мирянам, Первосвятитель призвал их словами Апостола "поступать достойно звания, в которое вы призваны" (Еф. 4, 1)… "Вы — утешение наше,… если жизнь свою направляете по пути христианскому, если честно и совестливо несете свои обязанности — семейные, общественные, гражданские".
10 апреля 1945 года состоялась встреча Патриарха Алексия, которого сопровождали митрополит Николай и протопресвитер Н. Ф. Колчицкий, с главой Правительства И. В. Сталиным. На встрече обсуждались вопросы, связанные с патриотической деятельностью Церкви на завершающем этапе Великой Отечественной войны, расширением сети духовно–учебных заведений и церковно–издательской деятельностью.
9 мая, получив первое известие о капитуляции Германии, Патриарх Алексий обратился к пастве со словами радости о победе русского оружия: "Мы уверенно и терпеливо ждали этого радостного дня Господня, дня, в который изрек Господь праведный суд Свой над злейшими врагами человечества, и православная Русь после беспримерных бранных подвигов… ныне предстоит Господу сил в молитве, благодарно взывая к самому источнику побед и мира за Его небесную помощь в годину брани, за радость победы и за дарование мира всему миру".