После кончины Патриарха Сергия внутренняя жизнь Русской Церкви нуждалась в дальнейшем устроении. Первостепенной по важности заботой Священноначалия было замещение вдовствующих кафедр, в особенности в освобожденных областях Украины, Белоруссии и Прибалтики. За время местоблюстительства митрополитом Алексием было совершено 16 архиерейских хиротоний. В 1944 году во епископа Симферопольского был рукоположен бывший архимандрит Александро–Невской Лавры Иоасаф (Журманов), на Брестскую кафедру был назначен воронежский протоиерей Алексей Павлович Образцов с пострижением его в монашество и наречением имени Паисий. На кафедру епископов Владимирских был назначен священник Н. Сфестинатов, в постриге нареченный Онисимом. На Смоленскую кафедру Священноначалие поставило вдового протоиерея А. В. Смирнова, постриженного с именем Сергия.
Во всех епархиях продолжали открываться закрытые ранее приходы (с января по ноябрь 1944 года было открыто более 200 церквей); рукополагались пресвитеры и диаконы. Мысль Патриарха Сергия о возобновлении духовного образования в России была наконец осуществлена. В Москве открылись Богословский институт и Богословско–пастырские курсы.
С 21 по 23 ноября 1944 года в здании Московской Патриархии заседал Собор епископов, главной целью которого была подготовка Поместного Собора. С отчетным докладом выступил Патриарший Местоблюститель. В этом докладе он сформулировал основные принципы церковного управления, которыми руководствовался сам во все время своего служения: "Церковное управление твердо дотоле, доколе мы остерегаемся переступать через рубеж правил церковных, коль скоро переступим однажды по какому-нибудь произвольному рассуждению, то уже трудно будет определить, где предел, далее которого нельзя идти". Митрополит Алексий сделал также доклад о патриотической деятельности Русской Православной Церкви. Архиепископ Саратовский Григорий (Чуков) посвятил свой доклад проекту "Положения об управлении Русской Православной Церковью". С сообщением о состоянии подготовки к открытию духовных школ выступил назначенный ректором Православного Богословского Института протоиерей Т. Д. Попов. Отчет о деятельности редакции "Журнала Московской Патриархии" сделал ее ответственный секретарь протоиерей А. П. Смирнов. Собор заслушал также доклад управляющего делами Московской Патриархии протоиерея Н. Ф. Колчицкого о порядке избрания и чине настолования Патриарха. Архиерейский Собор утвердил программу предстоящего Поместного Собора.
24 ноября состоялась встреча между Председателем Совета по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме Г. Г. Карповым и членами Архиерейского Собора. Выступая на этой встрече, Карпов сказал: "Те явления, которые сейчас происходят в жизни Церкви, во взаимоотношениях между Церковью и государством, не представляют чего-то случайного, неожиданного, не носят временного характера, не являются тактическим маневром, как пытаются представить это дело некоторые недоброжелатели, или как это иногда выражается в обывательских рассуждениях. Эти мероприятия вытекают из той тенденции, которая наметилась еще до войны и которая получила свое развитие во время войны. Эти мероприятия… носят характер одобрения той позиции, которую Церковь заняла в отношении Советского государства в последнее десятилетие перед войной и в особенности во время войны". Слова Г. Г. Карпова не были обманом, они выражали основной принцип новой религиозной политики государственной власти, которая продолжалась около 15 лет после войны. Изменение этой политики произошло уже при новом государственном руководстве. 18 лет после кончины Патриарха Тихона Престол Московских Первосвятителей оставался вдовствующим. От кончины его преемника Патриарха Сергия до созыва нового Поместного избирательного Собора прошло всего 8 месяцев.
VII. Русская Православная Церковь в послевоенные годы
Поместный Собор открылся 31 января 1945 года в храме Воскресения в Сокольниках. В деяниях Собора участвовало 47 епископов, и среди них митрополиты: Алексий, Николай, Иоанн, Вениамин (Федченков) - митрополит Северной Америки и Аляски, 87 клириков, 38 мирян.
Собор 1945 года далеко превзошел Собор 1917 — 1918 годов по авторитетности и числу гостей от братских Православных Церквей. На Собор в Москву пожаловали: Александрийский Патриарх Христофор, Антиохийский Патриарх Александр III, Грузинский Католикос–Патриарх Каллистрат, представители Вселенского Патриарха — митрополит Фиатирский Германос, Иерусалимского — митрополит Севастийский Афинагор; делегация Сербской Церкви во главе с митрополитом Скоплянским Иосифом, делегация Румынской Церкви во главе с епископом Аржешским Иосифом.