Наполеон покинул Тулон на флагмане «Ориент» 19 мая 1798 года. Прежде всего он направился к Мальте. С 1530 года остров находился во владении рыцарей ордена Святого Иоанна. Они добросовестно оказывали приют страждущим и героически противостояли страшной турецкой осаде в 1565 году, но с тех пор минуло много времени. Их насчитывалось 550 человек, причем более половины были французами, а прочие оказались слишком старыми, чтобы сражаться; после двухдневного символического сопротивления они сдались. Наполеон продолжил свой путь и в ночь на 1 июля прибыл в Александрию, где полуразрушенные стены и крошечный гарнизон не стали для него помехой и не отсрочили неизбежного. То же самое произошло в Каире. Мечи мамелюков, сколь бы искусно те ими ни владели, не годились против французских ружей; так называемая битва у пирамид стала легкой прогулкой.
Нельсон между тем преследовал французские корабли через Средиземное море. Наполеон фактически покинул Мальту 19 июня; введенный в заблуждение сведениями с генуэзского судна, будто французы отплыли тремя днями раньше, Нельсон поспешил в Александрию; затем, не найдя никаких следов французского флота, он вновь вышел в море 29 июня и долго искал врага у побережья Сирии. В результате этой путаницы он вернулся в Египет только 1 августа, чтобы обнаружить тринадцать французских линкоров – у него самого было четырнадцать – и четыре фрегата на якоре, выстроенных в линию две мили длиной в Абукирской бухте, в одном из устьев Нила. Противников разделяло около девяти миль, а уже перевалило за полдень, и потребуется как минимум два часа, чтобы подойти к врагу, и куда больше времени, чтобы поставить собственные корабли в регулярную боевую линию. Ночные сражения в ту пору таили немало опасностей: существовал риск сесть на мель в незнакомых водах, а в сумятице боя было очень просто обстрелять своих вместо чужих. Большинство адмиралов в подобных обстоятельствах предпочли бы дождаться утра; однако Нельсон, заметив, что французы не готовы к битве, а ветер с северо-запада ему благоприятствует, решил атаковать немедленно. Он выслал четыре корабля вдоль берега, с фланга французской линии, а сам на своем флагмане «Вэнгард» повел второй отряд, мористее. Каждый корабль противника таким образом оказывался под прицелом с обеих сторон. Сражение началось примерно в шесть часов и длилось всю ночь. На рассвете все французские корабли, кроме четырех, были уничтожены или захвачены, в том числе флагман «Ориент». Этот корабль по-прежнему лежит на дне бухты, и его трюмы полны сокровищ, награбленных во дворцах и храмах Мальты.
Битва при Абукире – или, как ее иногда называют, Нильская битва – состоялась 1–2 августа 1798 года и стала одной из величайших побед в карьере Нельсона. Своими действиями он не только уничтожил французский флот, но и разорвал коммуникационную линию с Францией, оставив Наполеона без подкреплений, и расстроил все французские планы по завоеванию Ближнего Востока. Благодаря Нельсону великая египетская экспедиция – которая предусматривала краткий (и неудачный) набег на Палестину – сорвалась. Как всегда, Наполеон сделал все возможное, чтобы превратить поражение в победу. Турецких пленных провели парадом, захваченные турецкие стяги с гордостью демонстрировали публике. Но никто, меньше всего египтяне, не был введен в заблуждение. Впервые в своей карьере – но не в последний раз – Наполеон покинул армию и самостоятельно отправился домой; в пять часов утра 22 августа 1799 года он украдкой выбрался из лагеря и отплыл во Францию. Даже его преемник на посту командира, генерал Жан-Батист Клебер, не знал о бегстве Бонапарта.
Весть о победе Нельсона на Ниле была радостно встречена неаполитанским двором. В самом Неаполе ситуация быстро ухудшалась. Французы завладели Римом, где до того был послом брат Наполеона Жозеф Бонапарт. Генерал Луи Бертье привел армию в феврале 1798 года и, не встречая сопротивления, занял город. Храмы, дворцы и виллы подверглись разграблению. На форуме провозгласили республику. Престарелый папа Пий VI удостоился чудовищного обращения – с его пальцев насильно сорвали все кольца – и был отправлен во Францию, где вскоре и умер.
Что было делать Неаполю? Французы стояли буквально на пороге королевства; что может помешать им пересечь границу и кто способен их остановить? С захватом Наполеоном Мальты угроза сделалась еще ощутимее; как однажды обронил сам Нельсон, «Мальта – это прямая дорога к Сицилии». Неудивительно, что неаполитанцы возликовали, услышав о победе в устье Нила. Сэр Уильям Гамильтон писал Нельсону: