В золотоордынский период отношения Руси с тюркоязычными народами приобретают более тесный и интенсивный характер. В связи с потребностью поддерживать необходимые отношения с Ордой упрочивается практическое знание тюркских языков [Кононов, 1982, с. 33]. Однако в силу ряда причин образование Джучиева Улуса не вызвало на Руси, как в Европе, расширения географического кругозора, и описания Золотой Орды в русских источниках не могут выдержать никакого сравнения со сведениями западноевропейских и мусульманских авторов [Бартольд, 1926, с. 171]. Но, тем не менее, тесное взаимодействие Руси и Орды вылилось в заимствование лексики, обычаев и традиций. Дольше всего татарские традиции отразились на русской внешней политике и посольском церемониале. После ослабления татарских ханств на русского царя отчасти была перенесена татарская государственная идея: его стали называть «великим беком, белым ханом» [Бартольд, 1925, с. 172].
Этот факт означал, что Москва, ставшая к тому времени столицей централизованного русского государства, стала считать себя правопреемником Джучиева Улуса, что и отразилось на ее политике по отношению к татарским ханствам. К XVI в. политические амбиции молодого Русского государства нашли свое отражение в концепции «Москва — Третий Рим». В историко-публицистических сочинениях того времени обосновывалась правомерность претензий России на земли татарских ханств [Измайлов, 1992].
С завоеванием Казани, Астрахани и Сибири, с одной стороны, и оформлением суверенитета Османской империи над Крымским ханством, с другой, внимание русской исторической публицистики переключается на турецко-крымскую тему, что и нашло свое отражение в «Скифской истории» А.И. Лызлова. Это было первое в русской историографии сочинение, посвященное проблемам истории тюркоязычных народов. Под именем скифов автор объединил тюрок-кочевников южнорусских степей, монгол, татар и турок-осман. «Скифская история» отражает уровень развития востоковедения, историографии и источниковедения в конце XVII в. и имеет все атрибуты научной монографии [Чистякова, 1963]. Но все же основы научной тюркологии в полном смысле этого слова были заложены лишь в XVIII в.
Зарождение тюркологии как науки в России неразрывно связано с реформами Петра I. Эти преобразования привели к радикальным изменениям как в сфере внутренней и внешней политики, так и в сфере науки. Во внутренней политике — это колонизация захваченных тюркских территорий в Поволжье, на Урале и в Сибири и попытки христианизации местного населения, а во внешней политике — дальнейшая конфронтация с Османской империей и Крымским ханством, а также попытки экспансии в Среднюю Азию и Закавказье. При Петре I Россия не смогла добиться серьезных успехов в борьбе с Турцией, также безуспешно закончились попытки утвердить русское влияние в Средней Азии. Но, несмотря на провалы во внешней политике, именно в это время было положено начало научно-практическому изучению тюркских народов. Известно, что с посещением Петром I в 1722 г., во время персидского похода, развалин Булгара связано начало изучения тюркской эпиграфики в России [Баскаков, 1969, с. 23].
В петровскую эпоху значительную роль в становлении российской науки и в том числе науки исторической сыграли западные ученые. Это в полной мере относится и к зарождению тюркологии в России. Пленный шведский офицер Филипп Иоган (Юхан) Стралленберг, живший в Сибири в 1713–1722 гг., впервые опубликовал зарисовки тюркских руноподобных надписей, впервые сделал попытку классификации урало-алтайских народов и соответствующих языков. Кроме того, он приобрел и организовал перевод на русский, а с русского на немецкий язык сочинения хивинского правителя Абу-л-Гази (1603–1644) «Шаджара-и тюрк» («Родословная тюрок») [Кононов, 1982, с. 65].
В русской историографии XVIII в. история тюркских народов рассматривается сквозь призму отношений русских княжеств с Великой Степью. В своей «Истории Российской» В.Н. Татищев попытался определить происхождение названий кочевых народов, установить их местопребывание, пути кочевий, обрисовать общественный строй, религию, взаимоотношения между ними и другими народами. Что же касается личностного отношения, то В.Н. Татищев видел в печенегах, торках и половцах прежде всего врагов, представлявших опасность для Руси [Мавродина, 1983, с. 12].