Подобная активная внешняя политика в Средней Азии ставила перед российской наукой целый комплекс целей и задач по изучению региона. Вот что писал по этому поводу академик В.В. Бартольд: «После присоединения к России целого ряда мусульманских областей изучение как современного состояния этих областей, так и их истории, приведение в известность как письменных, так и вещественных памятников их прошлого, принятие мер к сохранению этих памятников — все это составляет обязанность России как перед местным населением, так и перед всемирной наукой» [Бартольд, 1992, с. 57]. И, действительно, в 20-80-е гг. XIX в. были заложены основы отечественной историографии тюркских народов. Освоение письменных востоковедных источников, а также достижения географической науки (вкупе с этнографией) позволили перейти тогда от спорадической интерпретации различных исторических сведений к их критической проверке и первым обобщениям. И хотя до конца XIX столетия в центре внимания большинства исследователей оставался период между XIII–XVIII вв. [Кляшторный, Ромодин, 1970, с. 148], именно в XIX в. была заложена источниковая база изучения древней и раннесредневековой истории тюркских народов.
Особенность источниковедения древней и раннесредневековой истории тюркских народов заключается в том, что тюркские исторические записи почти не сохранились и поэтому исследователям приходиться базироваться на иноязычных нарративных источниках. И, как отметил В.В. Бартольд, «для изучения истории турецких народностей недостаточно быть туркологом; необходимо также, смотря по тому, какой эпохой интересуешься, быть синологом, арабистом или иранистом» [Бартольд, 1992, с. 21]. В первой половине — середине XIX в. ученые-востоковеды указанных специальностей внесли неоценимый вклад в изучение истории тюркских народов.
Яркий тому пример — деятельность выдающегося российского ученого Н.Я. Бичурина — одного из основоположников изучения Центральной Азии в России. Им был осуществлен перевод множества китайских сочинений, относящихся к древней и средневековой истории народов Центральной Азии. Его труды, изданные впервые во второй четверти XIX в., долгое время служили основой изучения истории этого региона. Созданная им в конце своей жизни книга «Собрание сведений о народах, обитавших в Средней Азии в древнейшие времена» намного опередила по охвату материала и качеству перевода современных ему авторов и не уступает аналогичным переводам некоторых позднейших авторов. Интересен тот факт, что задание написать труд на тему «История древних среднеазиатских народов» Бичурин получил накануне 1847 г., когда русские войска начали наступление в Средней Азии, и для Академии наук составление такого труда имело особо актуальное значение [Бернштам, 1950, с. XXVI]. Несмотря на ошибочность некоторых взглядов Бичурина, возникших в результате некритичного восприятия китайских источников и вытекавших из его собственной исторической концепции, опубликованные им китайские летописи открыли блестящую эпоху русского востоковедения [Бернштам, 1950, с. XXV]. Труды Н.Я. Бичурина стали фундаментом исследований таких историков, как В.В. Григорьев, В.В. Радлов, В.В. Бартольд, К.А. Иностранцев, Г.Е. Грум-Гржимайло, А.Н. Бернштам, Л.Н. Гумилев и др.
Перевод и издание другой группы источников по истории тюркских народов — сочинений мусульманских авторов — связаны с Казанским университетом и деятельностью таких выдающихся ученых, как Х.Д. Френ (1782–1851) и И.Н. Березин (1818–1896). Ими были изданы текст рукописи «Родословной тюрок» Абу-л-Гази, осуществлен перевод и издание части «Сборника летописей» Рашид ад-дина — важнейшего источника по истории тюркских и монгольских племен, а также их династий [История отечественного востоковедения, 1987, с. 100]. С открытием в 1807 г. в Казанском университете Восточного разряда Казань становится центром российского востоковедения. Даже после перевода в 1855 г. Восточного разряда в Санкт-Петербургский университет Казань продолжает играть важную роль в развитии отечественного востоковедения.
Событием эпохального значения в истории тюркологии стало открытие и дешифровка тюркских руноподобных памятников. Если попадавшие раньше в руки исследователей тексты оставались нерасшифрованными, то открытие Н.М. Ядринцевым в 1891 г. в Монголии памятников, поставленных в 732 и 735 гг. в честь правителя второго Тюркского каганата Бильге-кагана и его младшего брата Кюль-тегина с текстами на древнетюркском и китайском языках, дало ключ к расшифровке тюркского руноподобного письма. В 1893 г. датский ученый В. Томсен, а вслед за ним в 1894 г. российский академик В.В. Радлов представили свои варианты дешифровок. Эпохальность факта введения в научный обиход текстов тюркских рунических надписей заключалась в том, что впервые был найден собственно тюркский источник по истории государств степной Евразии, о которых ранее были доступны лишь сведения из источников их соседей (китайцев, византийцев и др.).