Все это показывает, что теоретически Трапезундский архиерей занимал на соборе весьма высокое положение. Однако он не стал видным деятелем ни одной из боровшихся партий. После начала переговоров в Ферраре, когда дискуссии зашли в тупик, среди греческих епископов и у самого патриарха было намерение возвратиться в Константинополь, тем более что распространялись слухи о предстоявшем весной походе войск султана на столицу. С целью склонить императора на свою сторону патриарх избрал ряд важнейших митрополитов во главе с Трапезундским. Но Дорофей упорно отказывался принять участие в переговорах с императором, ссылаясь на подагру. После настоятельных просьб он уступил. Эта встреча вызвала гнев императора на «первенствующих архиереев» (κατά των πρώτων άρχιερέων)[2758]
, затем Трапезундский митрополит был участником секретных переговоров греческой и латинской комиссий, обсуждавших догмат об исхождении Св. Духа. Переговоры не дали положительных результатов[2759], и 2 июня 1439 г. Иоанн VIII запросил мнение всех членов делегации о путях преодоления разногласий для скорейшего заключения унии. Дорофей Трапезундский вновь сказался больным и не согласился на письменное голосование, несмотря на многочисленные просьбы императора и патриарха[2760]. Однако в конце концов под их давлением Дорофей присоединился к мнению греческого большинства принять латинский Символ веры[2761], участвовал в диспуте четырех греческих архиереев с папой по различным вопросам вероучения[2762], а также в составе почетного греческого посольства из 10 архиереев присутствовал при подписании акта папой[2763]. Но Трапезундский митрополит был категорически против предания анафеме отвергнувших унию, заявив: «Достаточно того, что свершилось дело, на которое, как я полагаю, не следовало бы нам соглашаться и в мыслях»[2764].Под большим нажимом со стороны императора он принял участие в совместной с латинянами панихиде по патриарху Иосифу II, состоявшейся в Венеции[2765]
. Впрочем, если мы имеем свидетельства явных и тайных подкупов греческих архиереев, зафиксированные в счетах папской Апостольской палаты, то прямых данных, изобличающих лично Дорофея, нигде не обнаружено. Все поведение Трапезундского митрополита на соборе говорило о его нежелании принимать католические догматы при заключении унии. Его позиция ярко проявилась по возвращении греков в Константинополь, когда встал вопрос об избрании нового патриарха. Наиболее вероятным кандидатом после отказа архиепископа Ираклии стал Дорофей. Иоанн VIII обещал ему избрание, если тот заявит об одобрении заключенного союза церквей. С целью склонить Дорофея к этому Иоанн VIII отправил к нему великого протосинкелла и Георгия Дисипата. На их предложение Трапезундский митрополит ответил: «Это соединение, достигнутое ныне, не представляется мне благим делом. Поэтому я не могу его стерпеть (στέργειν)». Он сказал также, что вряд ли принял бы патриаршество, даже если бы византийская церковь находилась в мире, а при ее разделении для него это вовсе невозможно, хотя бы он и одобрил унию[2766]. Такой ответ обеспечил избрание митрополиту Кизика Митрофану. Сиропул даже подозревал, что при акте избрания была применена подтасовка: на алтарь положили два бюллетеня с именем «кир Митрофан» на одном и «(митрополит) Кизика» — на другом. В любом случае избранным оказывался один и тот же человек[2767]. Митрополиты Трапезунда и Ираклии не явились на торжественную нотификацию и инвеституру патриарха[2768]. Если первоначально Трапезундский митрополит занимал уклончивую позицию по вопросу о заключении унии, позже он перешел к ее открытому порицанию — эволюция, характерная для значительной части греков, участников собора.