Панкратова, после смерти Сталина, организовывала дискуссии по проблемам истории. Важной задачей журнала считала пересмотр многих положений подготовленного под руководством И. В. Сталина учебника:
Скончалась Анна Михайловна от сердечного приступа 25 мая 1957 года. Муж – историк Григорий Яковлевич Яковин (настоящая фамилия Мительман, 1899—1938), исключён из ВКП(б) по требованию жены
в 1927 году, арестован в 1928 году по обвинению в троцкизме, после десяти лет заключения, за организацию голодовки в знак отвратительного содержания вместе со 173 другими заключенными расстрелян из пулемета.Панкратова автор около 200 научных работ по истории рабочего класса, революционного движения, руководитель многотомных документальных публикаций по рабочему классу, революции 1905—1907 годов. Её труд по рабочему контролю в революционной России длительное время был основным источником для западных исследователей. Также изучала историю русского рабочего движения и историю советского общества, историю западноевропейского пролетариата.
Анна Михайловна участвовала в создании «Истории дипломатии» (Сталинская премия первой степени, 1946). Главный редактор и соавтор учебника по истории СССР для средней школы.
Представляла советскую историческую науку на международных конгрессах историков: в 1933—1934 в Варшаве, в 1953 году в Будапеште, в 1955 году в Риме. Возглавляла Национальный комитет историков СССР (1955—1957), была председателем Ассоциации содействия ООН в СССР.
Некоторые труды Панкратовой были переизданы в 1963 и в 1983 годах:
1) Фабзавкомы России в борьбе за социалистическую фабрику. М., 1923;
2) Фабзавкомы и профсоюзы (Россия, Германия, Италия и Франция). 1924;
3) Фабзавкомы в германской революции. М., 1924;
4) История развития фабрично-заводского представительства. М., 1924;
5) Фабзавкомы и профсоюзы в революции 1917 г. М., 1927;
6) Политическая борьба в российском профдвижении 1917—1918 гг. М., 1927;
7) Очерки истории пролетариата СССР. Пролетариат царской России. М., 1931 (ред. и соавт.)
8) Петербургский «Союз борьбы за освобождение рабочего класса». Саратов, 1939 (2-е изд. Саратов, 1940);
9) Первая русская революция 1905—1907 гг. М., 1940 (2-е изд., доп. М., 1951);
10) История Казахской ССР (с древнейших времен до наших дней) / под ред. М. Абдыкалыкова и А. Панкратовой. Алма-Ата, 1943;
11) Основные вопросы истории Казахской ССР (к выходу в свет книги «История Казахской ССР: (с древнейших времен до наших дней)» // Большевик Казахстана. 1943, № 10-12;
12) Великий русский народ – выдающаяся нация и руководящая сила Советского Союза. Стенограмма публичной лекции, прочитанной 10 января 1947 года в Конференц-зале Министерства высшего образования СССР. М.: Правда, 1947;
13) Развитие капитализма в России и возникновение рабочего движения. М., 1947;
14) Великий русский народ. М.: Госполитиздат, 1948 (2-е изд. М., 1952);
15) Великое прошлое советского народа. М., 1949;
16) Героическое прошлое нашей Родины. Талин, 1949;
17) Союз рабочего класса и крестьянства – незыблемая основа Советского общества. М., 1954;
18) Первая буржуазно-демократическая революция в России. М., 1955;
В конце концов, итоги конкурса по учебнику СССР были озвучены. Итоги оказались неожиданными для всех участников, так как первой премии жюри решило не присуждать. Вторую же премию получила группа профессора Андрея Васильевича Шестакова. Это был не самый известный историк в то время, но его учебник понравился лично Сталину. Нужно отдать должное профессору Шестакову. Потрудился он на славу. В каждом предложении, в каждом абзаце использовались сталинские словечки и выражения: «двурушничество», «фашистские наймиты», «шпионы», «презренные агенты» и т.д. Учебник был на 100% выдержан в подаче информации и оценки событий в сталинском духе. Учебник Шестакова был одобрен правительством и рекомендован для школ. Однако и после всего этого его продолжали перечитывать и править.