Ровно через неделю после соединения войск Мазепы со шведами Меншиков взял Батурин штурмом. К нему явился один из офицеров гетмана и показал, где можно без боя войти в город. За падением Батурина последовала жуткая резня сердюков, которых так холил и лелеял гетман. Солдаты Меншикова не пощадили и мирных жителей. Город Мазепы был разграблен и сожжен, а несчастный комендант Чечель колесован.
Таковы оказались первые последствия измены Мазепы. Петр с присущей ему энергией принялся бороться с последствиями, которые она могла вызвать. Гетман не был популярен в народе, и это облегчило задачу царя. Он издал указ, в котором отменял все налоги, введенные Мазепой: «Бывший гетман в своей низкой хитрости наложил на людей тяжелые поборы безо всякого нашего ведома, заявив, что они пойдут на нужды армии, но в действительности они служили для приращения его собственных богатств». Петр попытался также унять страхи казацкой старшины, возникшие в связи с причинами, которыми Мазепа объяснял свою измену, — что московское правительство якобы собиралось отменить все права и привилегии украинцев.
В конце ноября Петр собрал в Глухове Раду для выбора нового гетмана. Первым кандидатом стал полковник Полуботок, отличный вояка. Петр, однако, отклонил его кандидатуру, заявив не без юмора: «Он слишком умен для меня, как бы не превратился в другого Мазепу». Был избран скромный и преданный царю Скоропадский, полковник из Стародуба. На церемонии возведения его в гетманское достоинство была зачитана грамота царя, в которой подтверждались «все свободы, права и привилегии, дарованные [казакам] его августейшим отцом, и его священный долг — хранить их неизменными и нерушимыми».
Мудрая и энергичная политика Петра принесла свои плоды — со всех сторон посыпались уверения в преданности. Даже самые близкие сподвижники Мазепы, полковники Апостол и Галаган, просили царя помиловать их.
С Мазепой остался десяток старшин и полторы тысячи казаков, многие из которых вовсе не являлись украинцами. Его игра, казалось, была проиграна, но он все еще тешил себя надеждой, что запорожцы и крымские татары придут к нему на помощь. Именно из-за этих надежд шведская армия и двинулась дальше на юг. В начале 1709 г. войска Карла XII заняли Ромны, Гадяч, Прилуки и Лубны на Полтавщине.
Петр сконцентрировал мощные силы под Сумами и Харьковом. На правом берегу Днепра Голицын занял Белую Церковь, и все богатства, которые предусмотрительный Мазепа перевез туда, оказались в руках русских.
Положение шведов сильно ухудшилось из-за сильных морозов 1708/09 г., каких Европа не видела уже целое столетие. Петр ждал весны, чтобы покончить с врагом. В феврале он пробыл некоторое время в Воронеже, а оттуда уехал в Азов.
Морозы закончились в конце февраля, и на три весенних месяца все активные действия обеих армий прервало половодье. Но весна, совершенно неожиданно, принесла Мазепе и Карлу новые надежды.
Петр после избрания нового гетмана сосредоточил все свои усилия на подчинении Запорожской Сечи. Он послал атаману Гордиенко письмо с 50 червонцами для него самого, 2 тысячами червонцев — для раздачи среди старшин и 1200 — среди простых казаков. В то же самое время Мазепа убеждал атамана, непримиримого противника русских воевод, явиться к нему в Киев.
Незадолго до нового, 1709 года Гордиенко прислал русскому командованию нечто вроде ультиматума, в котором потребовал уничтожить все русские крепости на Сечи, выгнать всех русских и украинских помещиков и разделить землю «среди людей». Хорошо зная о тесных связях запорожцев с крестьянством всей Украины, атаман хотел спровоцировать крестьянское восстание, которое он мечтал возглавить, чтобы потом начать с царем и королем Карлом игру по-крупному. Социальная база его политики Гордиенко делала его более опасным врагом, чем богатый старый гетман, которого народ не любил.
На требования мятежного атамана русское правительство не обратило никакого внимания, и он вышел на бой с 6 тысячами запорожцев. Меншиков выслал небольшие отряды по рекам Орель и Ворскла. Однако Гордиенко разбил царских драгун под Цвичанкой и овладел Переволочной на Днепре. На Полтавщине и в Миргородчине стали подниматься крестьяне. Полторы тысячи восставших присоединились к атаману, но у запорожцев не было для них оружия. В апреле Гордиенко встретился с небольшим отрядом Мазепы в Диканьке, фамильном гнезде Кочубеев. После этого произошла его встреча с Карлом XII в Будищах, где запорожский атаман обратился к шведскому монарху на латыни, желая показать гетману, что тоже не лыком шит.
В начале мая король отправил двух казацких вождей взбунтовать Полтаву, которую он намеревался захватить, а сам стал дожидаться подхода к Крассову шведских войск, стоявших вместе с королем Станиславом на Волыни. Наступление русского полка под командованием генерала Ренне создало угрозу запорожцам, но генерал Крузе привел на подмогу Гордиенко 3 тысячи шведских пехотинцев, с которыми тот бил Ренне под Сокольно.