Вскоре после уклончивого ответа канцлера к Скоропадскому отправили посланника царя Измайлова. Ему были даны инструкции проследить, чтобы «во всей Малой России воцарился покой, закон и порядок, путем подавления всех крикунов и мятежников». Гетмана предупредили, что он не может увольнять казацких старшин без приказа царя, а их избрание должно проходить с одобрения последнего. Петр ни на минуту не доверял украинцам. Измена Мазепы произвела на подозрительного царя неизгладимое впечатление. И не только Мазепа, но и все гетманы: Выговский, Юрий Хмельницкий и Брюховецкий — оказались предателями, а Многогрешный и Самойлович лишились своих постов по обвинению в измене. «Измена среди гетманов стала чем-то вроде обычая», — писал Нольде.
Зимой 1708/09 г. в городе Лебедине продолжила работу комиссия, расследовавшая дело Мазепы и Гордиенко. Подозреваемые подвергались пыткам, судилищам и казням. По местным преданиям, на кладбище Лебедина похоронили более 900 человек, которых казнили по подозрению в том, что они были связаны с Мазепой.
В конце 1709 г. Мазепы уже не было в живых, но Петра страшно раздражало, что в Турции укрываются секретарь покойного гетмана, чех Филипп Орлик, и запорожский атаман Гордиенко. В мае 1710 г. прошел слух, что украинские беглецы, поселившиеся в Бендерах, избрали Орлика своим «законным гетманом».
Остатки запорожцев, которые последовали за Гордиенко, тем временем стали просить гетмана Скоропадского помочь им добиться у царя помилования, но, узнав о том, что тысячи украинцев сгоняют на строительство новой столицы Санкт-Петербурга или Ладожского канала, эти отважные сыновья свободы испугались и уехали в Крым, где стали подданными крымского хана.
В марте 1711 г. между Россией и Турцией вспыхнула новая война — частично из-за ловких интриг Карла XII, жившего в Бендерах, и частично из-за желания Петра повторить на берегах Черного моря свой триумф на Балтике.
С началом войны крымские татары возобновили свои набеги на Украину. Во главе запорожцев, осевших в Крыму, встал Гордиенко, к которому присоединился и «гетман» Орлик.
Поначалу население Правобережной Украины встретило захватчиков с сочувствием, и туркам удалось захватить Умань и Корсунь. Однако в Белой Церкви русский гарнизон оказал им упорное сопротивление, а крестьянский энтузиазм быстро охладили зверства татарских отрядов.
Позорное поражение Петра на реке Прут в 1711 г. вполне могло вернуть те дни, когда гетманом был Дорошенко, если бы у казаков оказался такой же талантливый руководитель, а недовольство московской политикой сумело бы набрать нужную силу.
Тем временем Прутский мир лишил Россию всех ее завоеваний, закрепленных в Карловицком договоре: Азов возвращался Порте, вновь построенная крепость Таганрог должна была быть снесена, а турки снова получили в свое владение ничейные земли в нижнем течении Днепра. Титанические усилия Петра возродить «меридиональный» путь «из варяг в греки», столь удачные на севере, оказались напрасными. В следующее десятилетие он перенес поле своей деятельности с Черного моря на Каспийское, но и здесь ему не повезло. Поражение на реке Прут отложило продвижение России на юго-восток на целых полвека; кроме того, было потеряно драгоценное время, и, когда на рубеже XVIII–XIX вв. русские армии снова появились на Дунае, нововизантийским мечтам панславистов и континентальному капитализму, который стремился возродить Варяжский путь, преградила дорогу Британия, впервые вмешавшаяся в политику черноморских и средиземноморских стран в эпоху Наполеоновских войн.
Эпилог легендарной истории запорожцев (так долго служивших бичом ислама) был очень грустным — они превратились в нежеланных гостей крымского хана. Он поселил их в городе Алешки, в устье Днепра, напротив современного Херсона, и они тут же принялись жаловаться на всяческие притеснения. Сторонники Гордиенко лишились почвы под ногами и решили «вернуться к царю». Но русское правительство не желало их принимать; оно не могло предоставить им убежище, не нарушив условий недавнего Прутского договора. Около 1500 казаков остались в Алешках, где вели нищенскую жизнь, остальные же постепенно рассеялись по степи.