Царь Петр с симпатией относился к Скоропадскому и, когда тот в 1718 и 1722 гг. приезжал в Москву, принимал его со всеми почестями, которые полагались гетману, а сам уже планировал ввести совершенно новую систему управления на Украине. В 1722 г. была создана Малороссийская коллегия, которую возглавил генерал-майор Вельяминов, имевший в подчинении шесть офицеров. Эта коллегия должна была помогать гетману «следить за судебной процедурой и справедливо расследовать все дела; контролировать сбор налогов в императорскую казну и наблюдать за деятельностью гетманской канцелярии». Все дела, касавшиеся Малороссии, передали из Посольского приказа в Сенат.
В июле 1722 г. Скоропадский умер, и российский император под предлогом занятости в Персидской кампании отложил избрание нового гетмана на неопределенный срок. На следующий год Полуботок набрался смелости и подал царю прошение об избрании нового гетмана в соответствии с условиями соглашения 1654 г. Он обратился к Екатерине, умоляя ее помочь в этом деле. Ответ Петра уничтожил все иллюзии у тех, кто еще их сохранил. 23 мая 1723 г. он писал: «Принимая во внимание, что кроме первого гетмана Богдана Хмельницкого и последнего гетмана Скоропадского все гетманы были изменниками и нанесли нашей стране большой урон, особенно в Малороссии, где Мазепу еще хорошо помнят, и, принимая также во внимание, что для избрания гетмана надо найти совершенно надежного и честного человека и что сейчас необходимо сильное управление, чтобы дела не застопорились, я думаю, что не следует больше беспокоить меня этим вопросом».
А тем временем отношения Полуботка и казацкой старшины, с одной стороны, и членов коллегии — с другой, стремительно ухудшались. Генерал-майор Вельяминов был человеком очень грубым и славился своим дурным характером. Во время заседаний коллегии он часто кричал на Полуботка: «Что твоя служба по сравнению с моей? Да ты никто рядом со мной!» Он любил говорить казацким полковникам: «Я вас так прижму, что у вас кости затрещат! Приказано отменить все ваши старые обычаи и относиться к вам совершенно по-новому!»
Узнав о разногласиях в коллегии, Петр велел Полуботку и другим казацким полковникам явиться в Петербург. Они обратились с прошениями к императору, императрице, канцлеру Головкину и в Сенат, но в результате оказались в Петропавловской крепости. Вскоре к ним присоединились полковники Апостол и Милорадович, которых Петр I раньше уважал. Проведя год в заключении, некоторые из них умерли, а Полуботок серьезно заболел. Петр по-своему был привязан к этому старому казаку и, согласно легенде, прислал к нему в крепость своего врача. Но Полуботок отказался от его услуг, тогда император явился сам и пообещал забыть прошлое. Полуботок, понимая, что его дни сочтены, заверил государя, что не держит на него зла, и воскликнул: «Вскоре Петр и Павел предстанут на одной доске перед Всевышним!» Павло Полуботок не ошибся — царь Петр пережил его всего лишь на несколько месяцев.
Вскоре Россией стали управлять вдова Петра Екатерина I, бывшая литовская крестьянка, и всемогущий Меншиков. Когда молодой царь обратил на нее внимание, она была служанкой Меншикова.
Украинцев, сидевших в Петропавловской крепости, выпустили на свободу. Им повезло, потому что у «полудержавного властелина» были свои счеты с Малороссийской коллегией.
Верховный тайный совет, созданный Екатериной I, в начале 1726 г. склонялся к тому, чтобы восстановить на Украине гетманство. После смерти Екатерины и падения Меншикова в июне 1727 г. указ об этом издал малолетний царь Петр II. По этому случаю одного из главных чиновников императорского правительства Наумов назначили «министром-резидентом при гетмане», а украинские дела были возвращены из Сената в Посольский приказ.
В октябре 1727 г. Наумов приехал в Глухов. Рада (на которую собрались, по словам Наумова, «все, кто хотел прийти») избрала гетманом миргородского полковника Данилу Апостола. Хотя кандидатуру уважаемого всеми казака, которому было уже под семьдесят, указал его величество, народ его избрание полностью одобрил. Сын Апостола Петр, прекрасно образованный юноша, получил Лубенский полк, а сын несчастного Кочубея, женатый на дочери Апостола, Полтавский.
Во время церемонии утверждения гетмана по старой традиции были подтверждены «права и привилегии» казаков, хотя, как отмечает барон Нольде, в текст этой церемонии добавили фразу: «Его величество милостиво дозволяет Малороссии иметь своего гетмана».