Мнение Екатерины по поводу особых интересов в империи вскоре было изложено в написанных ею собственноручно инструкциях князю Вяземскому, генеральному прокурору Сената: «Малороссия, Лифляндия и Финляндия — это провинции, обладающие особыми привилегиями, которые были им дарованы. Резко урезать их или отменять полностью не следует. С другой стороны, рассматривать эти провинции как иноземные территории было бы не только ошибочно, но и глупо. С ними надо обращаться как со Смоленской провинцией. Их надо постепенно, самым осторожным способом переводить в положение русских областей, чтобы они перестали быть волками, смотрящими в лес. Достичь этой цели будет нетрудно, если только во главе этих провинций поставить умных людей. Что касается Малороссии, то, когда здесь больше не будет гетманов, необходимо сделать так, чтобы она забыла само слово „гетман“ и весь период гетманства. Это будет лучше, чем постоянно следить за людьми, которые займут это место».
Первым шагом, направленным на выполнение намеченного Екатериной, стал вызов Кирилла Разумовского в Петербург. Приезд гетмана был предварен появлением его верного слуги Теплова, рассказ которого о существующем положении дел на Украине полностью соответствовал мнению Екатерины. Когда Разумовский прибыл во дворец, Теплов бросился его обнимать, и Григорий Орлов, присутствовавший при этой сцене, громко процитировал Писание: «Он выдал его своим поцелуем». Граф Разумовский покинул свой пост — и стал «последним гетманом» Украины. В полноправное владение ему были дарованы Гадяч, часть меншиковских поместий и Батурин, где он жил до самой своей смерти, последовавшей 40 лет спустя.
Малороссию снова передали из Министерства иностранных дел в Сенат. Ею стала управлять коллегия, состоявшая из четырех представителей местной знати и четырех петербургских чиновников, призванных помогать генерал-губернатору, резиденция которого должна была находиться в Киеве. На этот пост назначили Румянцева. У него была репутация строгого администратора и прекрасного солдата.
Эти перемены не вызвали никаких протестов. Когда в 1767 г. казацким старшинам и помещикам предложили избрать депутатов в комиссию, которая должна была разработать новый свод законов, поступила лишь одна жалоба — от некоего Григория Полетики. Он указывал, по словам Нольде, на опасность «введения в Малороссии порядка, который не соответствует ее правам и привилегиям и нарушает тем самым святость соглашений». Дворяне Глуховской области велели своим депутатам «просить императрицу относиться к нам как к остальному российскому дворянству, разрешив нам поступать на службу, где захотим, и пользоваться полной властью над поместьями, которые были нам пожалованы или приобретены нами». В 1769–1774 гг., когда Россия воевала с Турцией, о комиссии как-то позабыли, но после заключения мира казацкая старшина и малороссийские дворяне снова обратились к Румянцеву с просьбой «представить наши самые насущные и жизненные нужды» на рассмотрение императрицы. Эти нужды сводились к вопросам равенства в правах с российскими помещиками и подтверждения звания владельцев своих поместий.
В то время как под влиянием централистской политики Екатерины «права и привилегии» Украины постепенно урезались, смерть Августа III, последнего короля Польши из Саксонской династии, породила кризис, который вскоре перерос в длительную агонию и финальный раздел этой католической страны. Екатерина посадила в Варшаве своего бывшего фаворита, послушного ей и довольно либерального Станислава Понятовского. Возмущенная шляхта сформировала в 1768 г. Конфедерацию в городе Баре, попытавшуюся вывести свою страну из-под опеки России, но было уже слишком поздно.
В программу конфедератов, которая имела девиз «Pro religione et libertate» («За религию и свободу». —
Впрочем, в Польской Украине крестьянские бунты продолжались и после разгрома гайдамаков, и восставшее крестьянство нашло себе сильного лидера в лице игумена Чигиринского монастыря Мелхиседека Значко-Яворского. В мае 1768 г. многочисленный отряд гайдамаков собрался в глубокой, поросшей лесом долине Холодный Яр, расположенной неподалеку от Чигирина. Их вождем стал казак Максим Зализняк (Железняк), который жил на Сечи и провел некоторое время в монастыре кровожадного Мелхиседека. Последний считал Максима своим учеником. В этом диком месте игумен благословил гайдамаков на борьбу и передал им документ, «написанный золотыми буквами».