Петр I, узнав о приезде Войнаровского в Гамбург, приказал своему резиденту в этом городе Фридриху Бетихгеру выкрасть его. Одновременно государь потребовал от сената свободного города выдать «преступника». На помощь Бетихгеру в осуществлении этих планов отправились несколько российских офицеров. В это время войска Румянцева стояли в Мекленбурге (позже Румянцев приложил руку к «возвращению» царевича Алексея Петровича из Неаполя). Андрея заманили в засаду, схватили прямо на улице и доставили в дом Бетихгера, где его могли держать в качестве пленника благодаря экстерриториальному статусу резидента. Гамбургский магистрат выразил протест, а шведский посол потребовал освободить Войнаровского на том основании, что он является «полковником шведской королевской гвардии». Трудно сказать, чем бы закончилась вся эта история, если бы в дело не вмешалась Аврора Кёнигсмарк. Она убедила племянника Мазепы посетить русский двор в Алтоне — куда он должен был явиться 5 декабря, в день именин императрицы Екатерины, — и сдаться на милость царя. Шведский посол по неизвестным причинам тоже убеждал его сделать это. Войнаровский, к несчастью, согласился, и его немедленно отправили в Петербург, «чтобы его дело было расследовано». Племянника Мазепы бросили в Петропавловскую крепость, где он пробыл до 1723 г., а потом выслали в Якутск, в Восточную Сибирь, где он и умер в 1740 г. В Якутске с ним встречался путешественник Миллер, который писал, что он превратился в моральную и физическую развалину. Эта встреча была описана в поэме Рылеева «Войнаровский», вышедшей в свет в начале XIX в. Поэт являлся участником движения декабристов, многие из которых окончили свои дни в Сибири.
Движение гайдамаков, возникшее в 1730-х гг., достигло угрожающих размеров в 60-х гг., когда Гонта и Железняк взяли Умань. Украинские националисты идеализировали гайдамаков. К этому был склонен даже такой выдающийся историк, как профессор Антонович, который в 1876 г. издал в Киеве книгу «Исследования о гайдамачестве по актам 1700–1768 годов». Кулиш, однако, протестовал против этой идеализации, утверждая, что в движении гайдамаков наиболее ярко проявились анархические черты украинского народа. По мнению Кулиша, гайдамаки продемонстрировали такую же склонность к разрушению и уголовщине, какую проявили чуть позже участники восстания Пугачева. Автор исследования, посвященного Польской Украине XVIII в., Фр. Гавронский писал, что «гайдамацкая идея стала следствием татаро-турецкого, целиком тиранского, образования, полученного русскими людьми». Он был сторонником идеи, выдвинутой польскими политиками XIX в.: «Гуманитарные и культурные элементы среди славян начинали преобладать только там, где они вступали в контакт с католической церковью». Как бы то ни было, дикие, варварские наклонности, присущие населению Южной России, с новой силой проявились в разных условиях уже во время Гражданской войны и в налетах батьки Махно и других атаманов.
После уничтожения Новой Сечи по приказу Екатерины II кошевой атаман Калнышевский, вместе с Павло Головатым и Глобой, был арестован и отвезен в Москву. Хотя против Калнышевского не выдвинули никаких обвинений, он подвергся суровому наказанию — ссылке в Соловецкий монастырь, где и пробыл до 1801 г. Царь Александр I предложил ему свободу, но он отказался покинуть тихую обитель монастыря и скончался в возрасте 112 лет.
После разгона Сечи самые буйные из запорожцев решили «уйти за Дунай». В 1775 г. около 5 тысяч казаков отправились в Турцию. Среди них только половину составляли настоящие запорожцы, остальные являлись беглецами, которым вовсе не улыбалось попасть в руки царских властей. Все казаки, решившие стать турецкими подданными, собрались в Аккермане, откуда они отправили к султану делегацию. Правительство Порты решило принять их на службу и выделило им для поселения остров Святого Георгия, расположенный в Сулинской протоке Дунайской дельты. Им разрешили организовать здесь Новую Сечь. Позже они получили приказ отправиться на реку Буг и нести там пограничную службу, поскольку граница османских владений проходила в то время по этой реке.
Казаки, ушедшие в Турцию, получили свое знамя, на одной стороне которого был изображен золотой крест на белом фоне, а на другой — серебряный полумесяц на черном фоне. В последующие годы к ним присоединилось множество беглых крестьян из России, и их число увеличилось до 8–10 тысяч.