Потемкин, решив превратить остатки запорожского войска в черноморских казаков, отправил к ним послов с заданием уговорить их вернуться назад. Кое-кто поддался этим уговорам, поскольку жизнь в дельте Дуная оказалась весьма опасной. Здесь они вступили в конфликт с другими русскими беглецами, которые пришли раньше и захватили лучшие места для поселений и рыбной ловли. Это были донские казаки, которых по имени их первого атамана называли «некрасовцами». Последние ушли с Дона во времена Петра I после подавления восстания Булавина. Между ними и запорожцами начались ссоры, которые вскоре вылились в вооруженные столкновения, а позже и в самые настоящие битвы за обладание пастбищами, озерами и речками.
Часть запорожцев вернулась в Россию, но гораздо большее число приняло приглашение австрийского правительства и поселилось на берегах реки Тисы. Впрочем, поток беглых крестьян с Украины был так велик, что число «султанских казаков» не уменьшалось. Люди из украинских сел уходили на Дунай чуть ли не каждый день.
Во времена второй турецкой войны, которую вела Россия при Екатерине II, сложилась странная ситуация, когда старые запорожцы, поступившие по призыву Потемкина в русскую армию, воевали против своих бывших товарищей, ушедших на Дунай и пополнивших армию турок. Обе стороны старались, как могли, избегать стычек, объясняя это тем, что «брат не должен воевать против брата», но это им не всегда удавалось, особенно в 1790–1791 гг., когда Дунай стал главным театром войны. В конце концов Чапыга, атаман только что созданных Потемкиным черноморских казаков, отдал приказ не считать больше «султанских казаков» христианами и поступать с ними как с турками.
После смерти Потемкина, когда из Петербурга пришло распоряжение черноморским казакам переселиться на Кубань, около 8 тысяч человек подчинились, а остальные, примерно 4 тысячи, решили присоединиться к «султанским казакам» за Дунаем. Во время Русско-турецкой войны 1806–1811 гг. значительное число этих казаков перешло на сторону русских. В конце войны к России была присоединена Бессарабия, а турецкую границу проложили по реке Прут и дельте Дуная.
Запорожцы, оставшиеся на турецкой территории, вынуждены были начать против «некрасовцев» войну за места рыбной ловли. Фактически это оказалась война на уничтожение. Турки были сначала изумлены тем, что среди казаков началась гражданская война, но решили не вмешиваться в нее и говорили воюющим сторонам: «Если вы сильны, убейте и прогоните ваших врагов!» В конце концов украинские казаки победили «некрасовцев», и турки переселили тех, кто остался в живых, в Малую Азию. Еще в 20-х гг. XIX в., неподалеку от азиатского побережья Мраморного моря, можно было увидеть одну или две деревни донских казаков, пришедших сюда с Дуная; их жители сохранили костюмы своих предков и многие их обычаи.
В XIX в. бывших запорожцев почти не осталось, и дельта Дуная превратилась в убежище крестьян, бежавших из России. К 1820 г. здесь собралось 15–20 тысяч этих беглецов. Русско-турецкая война 1828–1829 гг. положила конец этому бегству. Когда русская армия перешла Дунай, последний атаман дунайских казаков Гладкий явился в Измаил, где в то время находился император Николай I, и стал умолять его о прощении и милосердии. Гладкого произвели в полковники, а позже — в генералы. Дунайские казаки вернулись в Россию; большинство из них уехало на Кубань и присоединилось к потомкам запорожцев.
У декабристов было много последователей из числа молодых офицеров, которые служили в полках, стоявших на Украине. Это движение не имело практически никакой поддержки у народа, но многие помещики на Украине, поляки, русские и украинцы, сочувствовали идеям создания конституционной монархии в России, либерализации власти и отмены крепостного права. Полковник Пестель, вероятно самый одаренный и настойчивый из руководителей декабристов, служил в полку, расквартированном на Украине. Во время восстания в Петербурге в небольшом городке Тульчин в Подолии вспыхнул мятеж офицеров.