Но организованную немцами оборону Киева и других больших городов, а также крупных железнодорожных узлов население расценило как поддержку гетмана. Распространяя пропагандистские материалы против Скоропадского, Директория настраивала народ и против немцев; опираясь на ненависть украинцев к гетману и оккупантам, Петлюра заполучил максимальное количество сторонников. Крестьяне хотели свести счеты с немцами — их материальные претензии были весьма красноречивы. Прошел слух, что покидавшие Украину оккупанты увозили с собой огромное количество награбленного. Всех украинцев охватило желание не позволить им сделать этого и отобрать все, что те успели награбить. Логическим развитием этих настроений стало решение обезоружить немцев: отнять артиллерию, пулеметы, винтовки, грузовики, телеги, лошадей — даже теплую одежду и деньги.
Во многих районах были совершены нападения на железнодорожные станции с целью помешать эвакуации немецких войск. Германское командование вскоре осознало, что в таких условиях совершенно невозможно организовать эвакуацию даже по тем направлениям, которые были еще доступны после событий в Польше, а именно: Киев — Ковель — Брест-Литовск (для XX армейского и XXII и XXVII резервных корпусов); Бахмач — Пинск — Брест-Литовск (для I армейского и IV резервного корпусов). Возникла настоятельная необходимость достичь соглашения с Петлюрой, и 2 декабря в Киеве такое соглашение было подписано. Объявлялось «перемирие», во время которого Директория брала на себя ответственность за решение транспортных вопросов. Но, несмотря на все свои благие намерения, Петлюра и члены Директории почти ничего не смогли сделать в этом направлении. То немногое, что им удалось, касалось лишь окрестностей Киева. В других частях Украины борьба против уходивших войск принимала все более жестокий характер. В Харькове пришлось даже арестовать атамана Барбашева и его штаб, чтобы немцы смогли сесть в обещанный поезд. На крупных железнодорожных узлах — в Бахмаче и Казатине — банды отказывались пропускать поезда, следовавшие на Ковель и Гомель. «Это просто чудо, что до 12 декабря мы смогли отправить 126 поездов». К этому времени по всей Украине вспыхивали стычки между немецкими отрядами и местными жителями.
Настоящей проблемой для немцев стали многочисленные украинские банды на Волыни. В Бердичеве «с переменным успехом» шли бои; здесь Баварская бригада отбивалась от сильных петлюровских отрядов. На станции Жмеринка петлюровцы разбили два кавалерийских полка ландвера (200 человек убитыми и ранеными). Дезорганизованные немцы были обезоружены и отброшены от железнодорожной ветки к границе Галиции. 7–8 декабря жестокие стычки происходили на станциях Сарны, Искорость и Бирзула. Немцы захватили несколько тысяч пленных, но никто не знал, что с ними делать: если их отпустить, то через несколько дней они присоединятся к новым бандам и опять появятся здесь.
6 декабря возобновились переговоры с Петлюрой, а 11 декабря на станции Казатин было достигнуто соглашение. Петлюра, не без основания, настаивал, что, если немцы хотят, чтобы войска подчинились, Директория должна вернуться в Киев. Безопасную эвакуацию немецких войск можно было обеспечить только немедленной сдачей Киева украинцам.
Первым следствием Казатинского соглашения стала отставка гетмана и его правительства. 14 декабря, после короткой стычки с остатками гетманских войск, в Киев вошли оборванные банды Директории под командованием полковника Коновальца. Вслед за ними 19 декабря прибыла Директория с Петлюрой и Винниченко во главе.
Во время переговоров в Казатине немецкое командование посчитало делом чести добиться того, чтобы русские офицеры и солдаты, служившие гетману, сдав оружие, были отпущены на свободу. Это условие выполнили лишь частично. Нескольких офицеров (среди них находился генерал граф Келлер), попытавшихся организовать сопротивление в самом городе, расстреляли на месте. Еще 500 офицеров были арестованы и содержались в качестве пленников в Киевском музее. Затем их разделили на группы и вывезли в разные тюрьмы; многих из них под предлогом попытки к бегству тоже расстреляли; после 29 декабря оставшихся в живых отправили в Германию.
Сдача Киева изменила к лучшему условия немецкой эвакуации. Германцам пришлось принять определенные ограничения, касавшиеся вывоза оружия: войскам разрешили взять с собой только пулеметы для одной роты в полку, пушки на три батареи в каждом артиллерийском полку и т. д. Оставшееся вооружение должно было быть «передано Украинской армии».