На Украине к старому коронному гетману Стефану Потоцкому, чей разгром 12 лет назад под Желтыми Водами вызвал Потоп, присоединились 20 тысяч крымских татар. Совместными силами они двинулись на московского воеводу Шереметьева, стоявшего на границах Волыни. Вновь избранный гетман Юрий Хмельницкий бросился на помощь Шереметеву. Однако слухи о разгроме русских на севере воодушевили сторонников Выговского: Петр Дорошенко вступил в переговоры с поляками, а Юрий Хмельницкий не только признал Гадячское соглашение, но и присоединился к Потоцкому. Шереметьев, окруженный поляками, татарами и казаками, переметнувшимися на сторону поляков, решил капитулировать, выдвинув условие, что ему разрешат свободно уйти в Россию со всем своим войском. Но не успел он сдаться, как татары принялись резать беззащитных русских солдат, а сам Шереметьев и его воеводы князь Щербатов и Козловский были уведены в Крым, где эти несчастные бояре провели в неволе 20 лет своей жизни!
Предательство Юрия Хмельницкого не спасло жителей Правобережной Украины, ибо Потоцкий, игнорируя Гадячское соглашение, послал туда свою конницу, велев им жестоко покарать крестьян за все зверства, которые они в течение 12 лет чинили над польской шляхтой.
В Левобережной Украине казаки Черниговского, Нежинского и Переяславского полков решили сбросить Юрия Хмельницкого и избрали временным гетманом переяславского полковника Самко. Царь Алексей вознаградил Самко за его верность, но из-за хаоса, царившего на Украине весь 1662 г., московское правительство не торопилось признавать гетманом никого.
Гражданская война вспыхивала то на левой, то на правой стороне Днепра. Самко был не единственным, кто хотел стать гетманом, этот пост хотели занять многие: нежинский полковник Василий Золотаренко (родственник героя последней войны с Польшей, погибшего в 1665 г.), Петр Дорошенко, Павло Тетеря и Иван Брюховецкий, когда-то верный слуга Хмельницких, а теперь ставший любимцем запорожских казаков. Юрий Хмельницкий с каждый днем терял свои позиции и много раз бывал разгромлен в стычках с войсками Самко и Ромодановского. В конце концов он отказался от гетманства и постригся в Мошнинский монастырь. Поляки признали гетманом сподвижника Хмельницкого Павло Тетерю; Самко продолжал оставаться гетманом Правобережной Украины, а Запорожская Сечь избрала Брюховецкого. Москва отказалась признавать всех троих, но два чиновника, князь Гагин и Кирилл Хлопов, посланные разузнать, кто из них сильнее, сообщили, что Брюховецкий принадлежал к числу тех людей, которые умели собирать урожай там, где ничего не было посеяно, и что он «подходит для роли гетмана, поскольку, хотя и не знает грамоты, умен, а что касается воровства — то за ним этого нет. Если назначить его, то мы в Москве можем спать спокойно».
Московские власти решили, что Брюховецкий, честолюбивый, беспринципный и способный человек, поднявшийся из низов, являлся наиболее подходящим кандидатом для царского правительства именно потому, что он был близок к самым низшим слоям украинского населения. Казацкая верхушка, люди, бывшие когда-то ближайшими сподвижниками Хмельницкого, — Выговский, Павло Тетеря и даже сын гетмана Юрий — все оказались изменниками. Они предали не только царя, но и свой собственный народ, который не хотел возвращения поляков и восстановления прежнего классового режима.
Описание Рады, собравшейся в 1663 г. в Нежине для выборов гетмана, дает представление о том хаосе, который царил в ту пору на Украине. Как писал Маркович: «18 июля грохот барабанов собрал людей у посольского шатра, в котором находились князь Гагин, Хлопов и другие. Никогда еще на Украине не было такой Рады. Брюховецкий, стоявший среди запорожцев, переругивался с Самко и Золотаренко. Переяславский полк орал: „Хотим Самко!“; „Золотаренко!“ — кричали нежинцы. Крики запорожцев „Брюховецкий, Брюховецкий“, — заглушили все звуки. Царские послы пытались установить тишину, но шум и недовольство росли, начались потасовки, сверкнули ножи; разные группы в толпе избивали друг друга, и все завершилось кровопролитием. Самко попытался бежать, прячась за шатром московских послов, но чуть было не погиб под ударами запорожцев. В самом шатре и вокруг него многие были забиты насмерть. Князя Гагина беснующаяся толпа чуть было не разорвала на части. Казаки Самко и Золотаренко, увидев, что сопротивляться запорожцам бесполезно, присоединились к ним; Брюховецкого взгромоздили на стол, покрытый штандартом, и провозгласили гетманом».
Однако он не удовлетворился этим и, став гетманом, арестовал Самко, Золотаренко и нескольких других полковников, очевидно опасаясь, что колесо Фортуны может повернуться еще раз. В сентябре того же года арестованные были казнены безо всякого следствия, хотя никто не мог доказать их измены царю. Современник так описывал казнь Самко (палачом был татарин): «Увидев красоту лица и геркулесова тела Самко, палач был поражен. Он долго не решался поднять топор, но его заставили, и голова храбреца скатилась в пыль».