Подписывая Гадячское соглашение, Выговский и его друзья хотели обеспечить себе поддержку польской короны в процессе превращения казацкой старшины в правящий класс землевладельцев на Украине; фактически они хотели создать класс шляхты по польскому образцу. Они были плоть от плоти этого класса и чувствовали себя в нем увереннее всего. Они поссорились с поляками из-за того, что правящая элита Польши не хотела считать их равными себе, теперь же они возвращались к полякам «как свободные люди к свободным, равные к равным». Казацкие полковники не принимали московскую систему управления, поскольку феодальная олигархия ненавидела имперскую бюрократию, которая сама нуждалась в поддержке народных масс, чтобы добиться подчинения местного класса землевладельцев. Выговский хорошо понимал, что чернь будет поддерживать царя, так как понимала, что свои новые права, завоеванные в ходе восстания, она сможет сохранить лишь будучи верной Москве.
Московское правительство долго не могло поверить в измену Выговского, поскольку нынешнего гетмана поддержали все основные соратники Хмельницкого — полковники Богун, Тетеря и Гуляницкий, а также верховные иерархи украинской церкви. Московские чиновники отказались поддержать восстание казаков Полтавского полка и Запорожской Сечи, поскольку они взбунтовались против «законной власти» гетмана. А между тем этот бунт выражал настроения, царившие в нижнем слое казаков и крестьянства. Тем не менее Алексей Михайлович отозвал из Варшавы свое посольство, а на Украину отправил 30-тысячное войско; при этом Выговского проинформировали, что оно было послано для того, чтобы «помочь ему подавить восстание».
Мятеж Выговского мог сильно ослабить Россию в очень сложный для нее момент, подобно тому как восстание Хмельницкого 10 лет назад привело Польшу на грань гибели.
Понимая, что откладывать дальше нечего, гетман в сентябре 1658 г., собрав 15 тысяч казаков и заручившись поддержкой татар, напал на полк несчастного полковника Пушкаря, сохранившего верность царю, и уничтожил его.
Запорожская Сечь и некоторые полки, стоявшие на левом берегу Днепра, подняли против гетмана мятеж, но отсутствие опытного лидера не позволило ему перерасти в мощное движение низших классов. Московские полки, рассеянные по всей стране, тоже не имели решительных командиров. Сторонники Выговского при поддержке татар взяли несколько «мятежных» городов, расположенных между Полтавой и Днепром, но овладеть Киевом им не удалось. Князь Ромодановский, возглавлявший русские войска на левой стороне Днепра, заставил Выговского отступить и с помощью запорожских и казацких отрядов овладел Ромнами, Лубнами и Пирятином. Эти города предали огню и разграбили. «Бог рассудит, кто прав и кто виноват, — заметил князь, — а войско между тем должно развеяться и получить награду за тяготы войны». Но московитам не удалось навязать гетману решающую битву, и в течение 1659 г. вся левая сторона Днепра была опустошена гражданской войной. Летом того же года Выговский, усилив свою армию 30 тысячами казаков, 15 тысячами татар и 3 тысячами поляков, разбил армию Трубецкого и Пожарского около Конотопа. Было уничтожено семь московских полков; князь Пожарский попал в плен, а татары бросились опустошать приграничные русские земли. Польский сейм 1659 г. торжественно утвердил Гадячское соглашение, а братья Выговского вместе с Юрием Немиричем от имени гетмана поклялись в верности Яну-Казимиру.
Положение русских на Украине было спасено благодаря не усилиям русских полководцев, а общему восстанию низших слоев населения на обоих берегах Днепра. Нельзя сказать, чтобы казаки сильно любили «царских солдат», но и особой вражды к ним не испытывали, а вот поляков и татар запорожцы и православные крестьяне люто ненавидели. Обстоятельства порой вынуждали украинцев сражаться вместе с поляками против татар, а иногда — вместе с татарами против поляков, но теперь гетман потребовал, чтобы они поднялись вместе с поляками и татарами против православных московитов! Наивная простота крестьян вошла в противоречие с обыкновенным здравым смыслом, и крестьяне решили действовать в соответствии с ним. У запорожцев имелся решительный лидер — атаман Сирко. Он появился на правой стороне Днепра, где к нему присоединились полковники, обиженные Выговским. Гетманом был провозглашен Юрий Хмельницкий, чьи интересы защищал Иван Брюховецкий, простой казак, верно служивший семье Хмельницких. Выговский перешел на правую сторону Днепра, и эта часть страны, которую гражданская война еще не затронула, превратилась в арену кровавых партизанских стычек. Вскоре стало ясно, что на этом берегу все население ненавидит поляков и что игру Выговский проиграл еще до начала решающей битвы; его войско было рассеяно; его самых ярых сторонников, включая Юрия Немирича, убили, а сам гетман бежал в Польшу, отдав все знаки своего достоинства Юрию Хмельницкому.