Понимая, что в недавней войне казаки оказали России огромную услугу, московские послы проявили к умиравшему гетману снисхождение. Чувствуя, что приближался последний день его жизни, Хмельницкий велел вызвать в Чигирин всех своих полковников и всю старшину. Когда они собрались у его постели, он назвал преемником своего сына Юрия, весьма недалекого юношу, который к тому же не умел обращаться с людьми. Советниками будущего гетмана избрали Ивана Выговского и полковника Мартына Пушкаря, а Павло Тетеря должен был стать его представителем в Москве.
15 августа 1657 г. Богдан Хмельницкий умер. Его смерть стала огромной потерей для Украины, поскольку лишь он обладал настоящим авторитетом у казаков. Его уважало и ему доверяло московское правительство, а поляки, турки, татары и шведы высоко ценили его военный талант. Однако Хмельницкий, которому по капризу судьбы суждено было сыграть огромную роль в истории своей страны, плохо разбирался в политике, оказался простодушен, как обыкновенный солдат или сельский помещик. Его амбиции были наивны, как у подростка, и, несмотря на свои тесные связи с соседями Украины, он не являлся интриганом по натуре. Он не обладал конечно же талантами государственного деятеля, и тонкое политическое чутье, отличавшее Сагайдачного, было ему совершенно чуждо. Хмельницкий возглавил восстание, которое изменило всю его жизнь, а также судьбу Восточной Европы, не в силу своих личных качеств, а только потому, что так сложились обстоятельства. Он не сумел направить судьбу своей страны в определенное русло, даже после заключения союза с Москвой, хотя это стало делом всей его жизни, и остался верен этому союзу до конца.
Невзирая на контакты Хмельницкого с другими странами, Москва не находила серьезных причин сомневаться в его преданности. Тем не менее общее положение дел на Украине после его смерти не могло не вызывать серьезного недовольства царских чиновников, посланных туда для проверки. Они обнаружили, что казаков оказалось не 60 тысяч, а все триста, что повсюду крестьянами управляли полковники и есаулы; что в царскую казну не поступало ни копейки. Ни идея гетмана о его праве поддерживать отношения с иноземными государями, ни общая внутренняя структура Украины не соответствовали духу соглашения, заключенного в марте 1654 г. Тем не менее московское правительство решило, что, прежде чем предпринимать какие-либо решительные меры, надо было понаблюдать и попытаться понять, что происходило на Украине. Чиновник Чириков, посланный в Полтаву, получил приказ: «Тайно, чтобы никто не заметил, разведать, какие суммы собираются в Полтаве и других городах и кому они передаются — гетману, полковникам или кому-нибудь другому; идут ли эти деньги на нужды войска или куда-нибудь еще». Предложено было также выяснить, «как все это делалось во времена короля, и что людям нравится, а что — нет, и каковы их обычаи, придерживаются ли они старых или полковники ввели новые, и довольны ли люди или нет, и по какой причине?»
Эти инструкции, присланные людям, явившимся на Украину по приказу царя, свидетельствовали о том, что московское правительство, утратившее уже веру в то, что условия соглашения 1654 г. выполнялись, решило действовать с большой осторожностью. События, однако, развивались с такой скоростью и так быстро приняли столь непредвиденный оборот, что от этих серьезных и продуманных мер пришлось отказаться.
Первым сюрпризом для Москвы стала весть о том, что Выговский объявил себя гетманом, причем сделал это через несколько дней после того, как совершенно «законно» гетманом был избран Юрий Хмельницкий. Объяснялось это тем, что Юрий еще слишком «молод» и ему надо еще три года учиться в Киеве, поэтому на этот срок гетманом будет он, Выговский.