Пока Хмельницкий и его друзья претворяли в жизнь свои мечты о создании новых династий, московское правительство постепенно начало понимать, что его теоретическая концепция о новом порядке на Украине не соответствует действительности. В городах и селах Украины быстро рос новый класс чиновников, однако среди этих чиновников казаков оказалось очень мало, поскольку из Польши и Белоруссии явилось множество людей, желавших воспользоваться открывшимися возможностями для обогащения. Это были «поповичи» и «люди разных призваний», чья относительная образованность помогала им обрести некоторое положение среди казаков. Тем не менее основная политическая и административная власть оставалась в руках казацкой старшины, и из собранных налогов в царскую казну не попадало ни копейки. «Эти налоги, — писал Одинец, — должны были собираться среди местного населения от имени царских воевод, посланных управлять городским и сельским населением (за исключением, разумеется, казаков, которые обладали правом самоуправления). На практике скоро выяснилось, что число московских воевод на Украине было явно избыточным. Крестьянами во время восстания и после объединения с Россией управляли есаулы, которых контролировали полковники. Все они подчинялись гетману. Казацкие старшины, даже в городах, управляемых по законам Магдебургского права, занимали в местных органах власти и судах примерно такое же положение, что и воеводы, которых присылали из Москвы. В результате этого управление перешло в руки чиновников местного происхождения, и налоги до царской казны не доходили. После нескольких неудачных попыток царское правительство перестало посылать на Украину воевод».
Таким образом, вскоре стало очевидно, что реальное положение дел на Украине не соответствует идеям соглашения, заключенного в марте 1654 г. Согласно последнему, Украина должна была стать провинцией Московского государства, имевшей определенные льготы и широкую автономию в связи с ее приграничным положением и, по необходимости, военным характером ее социальной структуры. На самом же деле Украина при гетмане Хмельницком постепенно превращалась в самостоятельное государство, объединенное с Москвой только «внешним союзом», но на самом деле совершенно независимое. Все органы власти на Украине находились в руках казаков, во главе которых стоял гетман, свободно ими избиравшийся. Налоги из городов и сел, которые платили тем, кто предпочитал крестьянскую жизнь военным обязанностям казаков, шли в казну гетмана, а вовсе не царя. Только после смерти Хмельницкого московские чиновники поняли, что Малая Россия социально и политически очень сильно отличается от той страны, которую описывал им гетман. Однако человек, спасший Украину от польского гнета, сам не понимал характера великого мятежа, который он возглавил, и его социальных последствий.
Первая русско-польская война. Мятеж Выговского
Во время переговоров в Переяславе Хмельницкий, хорошо понимавший, что ни поляки, ни крымские татары не смирятся с союзом Украины и России, попросил Москву начать войну с поляками под Смоленском и в Белоруссии.
Эта война началась весной 1654 г. Сам гетман с войском из 30 тысяч казаков встал на границах Волыни, а Бутурлин с московским отрядом занял позицию у впадения в Днепр реки Ворсклы, желая преградить путь татарам, если они вздумали бы совершить набег. В крепости Кодак для поддержки Бутурлина был размещен гарнизон из 3 тысяч запорожцев. Еще 25 тысяч казаков под командованием гетманского шурина, полковника Золотаренко, присоединились к московской армии, осадившей Смоленск; сюда же приехал и царь Алексей Михайлович.
Эта мощная крепость, которую Владислав IV в свое время отобрал у Романовых и обладание которой давала одной славянской монархии преимущество над другой, сдалась русским войскам 10 сентября 1654 г. Обрадованный царь — в целом гораздо более удачливый в военных делах, чем его воинственные предки и потомки, — возвел всех неотесанных сотников Золотаренко в дворянское достоинство.
После освобождения Смоленска войска князя Хованского двинулись к Витебску и Полоцку, а казаки, воевавшие южнее, захватили Гомель.
В это время события на Украине приняли непредвиденный оборот. Все внимание поляков было приковано к Белоруссии, а татары раздумывали, не пора ли им вмешаться. Но только после смерти Ибрагим-Гирея его преемник Мухаммад-Гирей, получив богатые подарки от Яна-Казимира, неожиданно двинулся на запорожцев и нанес им сокрушительное поражение. Были убиты атаман Томило и запорожский герой Морозенко, подвигам которого кобзари посвятили одну из самых лучших своих песен.
Зимой, избегая встречи с войсками Бутурлина, которые расположились на левом берегу Днепра, татары пошли на Умань, а польские отряды, пройдя Молдавию, соединились с ними и отбросили казаков полковника Богуна на север, к Белой Церкви. Казаки в этих боях понесли огромные потери.