Остальные положения проекта московское правительство приняло практически без изменений. Самым важным пунктом Переяславского договора стало признание широкой автономии казаков. После смерти гетмана они имели право избрать ему преемника, только должны были сообщить его имя царю, «чтобы их выбор не огорчил его величество». Поместья казацкой старшины становились наследственными. Казаки получали право держать своих собственных судей, а бояре с воеводами, присланные из Москвы, не имели права вмешиваться в их работу. Городская администрация, составленная из местных жителей, несла ответственность за отправление правосудия и сбор налогов в царскую казну (православная знать сохранила все свои привилегии и могла выбирать чиновников из своей среды). Все привилегии и права, дарованные польским королем, царь обещал сохранить.
В договоре специально не оговаривалось, что царь являлся господином и верховным владыкой Украины, но тогдашняя концепция его роли была разъяснена казакам еще во время предварительных переговоров. «Гетман и казацкая старшина, — уточнял Мякотин, — передали царю земли, принадлежавшие польским королям, а также поместья польских землевладельцев и католических монастырей». Царь мог распоряжаться этим огромным земельным фондом по своему усмотрению. Вместе с проектом соглашения Богданов и Тетеря привезли в Москву многочисленные прошения о земельных пожалованиях, ибо казацкие вожди очень беспокоились, сохранятся ли за ними их владения.
Серьезные исследования подтверждают заключение о том, что главной целью договора с царем, по мнению его авторов, было подтверждение прав привилегированных казацких классов, которые они имели или считали себя достойными иметь при польской власти. Царя Алексея Михайловича считали наследником польских королей, и он подтвердил «права и привилегии, которые были дарованы королями Польши и великими князьями Литовскими». Человек типа Богдана Хмельницкого, выросшего в атмосфере либеральной иерархии Речи Посполитой, не мог бы исповедовать иную идею, а московские государственные мужи, чья собственная система была совершенно чуждой этому замыслу, не могли позволить себе в условиях проходивших тогда переговоров вести диспуты о концепциях верховной власти.
Особые распоряжения были сделаны относительно определения прав казацких сообществ, православной знати и духовенства Малороссии. Магдебургское право и другие права и привилегии, дарованные польскими королями городам, тоже подтверждались.
Число реестровых казаков должно было равняться 60 тысячам, и Хмельницкий, на случай войны, обязался выставить такое же количество бойцов. Одновременно гетману дали понять, что если ему удастся собрать больше, то царское правительство не будет против. Так получил оправдание начавшийся процесс увеличения числа казаков в мирное время, и этому никто не собирался препятствовать.
Хмельницкий так представлял себе жизнь на Украине при новой власти: основой государства будет стратифицированная классовая иерархия, одобренная царем, но основанная на польских традициях; класс казацких и церковных землевладельцев будет пополняться за счет казацких офицеров, заменив собой прежнюю польскую католическую шляхту. Русскому правительству положение дел виделось таким: царь, как верховный владыка всех земель, специальными указами подтверждал права на монастырские и церковные владения, а также на владения знати и казаков и уже существовавшие имущественные права городов. В обязанности казацкого сообщества должно было входить выставление войска по первому требованию царя, горожане обязывались платить налоги. Их в царскую казну обязаны были платить и крестьяне, которые сидели на землях, не принадлежавших православной знати, казакам или церкви, иными словами, те, кто жил на царской земле. Для управления крестьянскими землями и городами Москва присылала воевод, которые должны были отвечать за назначение чиновников из числа местных жителей. Казаки по-прежнему распределялись по полкам, сосредоточенным в военных округах. Полк возглавлял полковник, командовавший не только этим подразделением, но и осуществлявший управление казацким населением, жившим на территории полка. Полки делились на сотни, во главе которых в военное и мирное время стоял капитан (сотник).
Достижением историков Украины (главным образом Мякотина) является то, что они показали, в чем состояла разница между теоретическими концепциями Хмельницкого и московского правительства (реальными социальными условиями). Эта разница проявилась уже в 1654 г.
Православная знать, которая получила особый статус, оказалась совсем немногочисленной (всего 200–300 семей). Ее нельзя было отделить от командного состава казацких войск, поскольку именно в их рядах эти люди и достигли власти и могущества, главным образом за счет своего образования.