По грустной иронии судьбы этот самый проарабский из всех императоров провел почти все годы своего царствования в войне с исламом. В течение шестнадцати лет на восточной границе все было спокойно: халифат, занятый внутренними проблемами, прекратил ежегодные вторжения. Затем, в 829 году, столкновения вспыхнули снова. В первых кампаниях удача была на стороне Феофила. Он провел успешный поход на территорию врага в 830 году, а в 831 году взял инициативу в свои руки и вторгся в находившуюся в руках мусульман Киликию. По возвращении в Константинополь Феофил устроил торжественный въезд победной армии в город, но, увы, празднование оказалось преждевременным, а успех недолговечным: осенью того же года императорская армия потерпела сокрушительное поражение. Смерть аль-Мамуна в августе 833 года дала византийцам небольшую передышку, пока его младший брат и преемник аль-Мутасим пытался разрешить обычные трудности с подтверждением собственной власти; но в 837 году война возобновилась. Феофил, который за это время многое успел сделать для укрепления армии, предпринял достаточно успешные (по крайней мере, в его глазах) походы в Месопотамию и Западную Армению, чтобы стать поводом еще для одного триумфального празднества. Однако он снова праздновал слишком рано. В апреле 838 года аль-Мутасим выехал из дворца в Самарре во главе армии, численность которой составляла около 50 000 человек, столько же верблюдов и 20 000 мулов. На его знамени было написано одно-единственное слово –
Вскоре за Анкарой последовал и Аморий. Многие его обитатели укрылись в большом храме, где завоеватели сожгли их заживо; других взяли в плен и увели в рабство. По пути, когда запасы воды у арабов уменьшались, пленных убивали или оставляли умирать от жажды в пустыне. Лишь 42 человека выжили в этом походе обратно в Самарру. В течение семи лет плена они упорно отказывались отречься от своей религии, и в конце концов им предложили выбор: обращение в ислам или смерть. Все они без колебаний выбрали смерть, и 6 марта 845 года их обезглавили на берегу Тигра; они вошли в историю Греческой православной церкви как 42 мученика из Амория.
В Константинополе это трагическое событие расценили как личное оскорбление, нанесенное императору и его семье. Серьезно встревоженный Феофил немедленно отправил личное послание западному императору Людовику Благочестивому, в котором обращался со страстной мольбой о помощи и предлагал совместную атаку на арабов. Союз между двумя императорами предлагалось скрепить браком между одной из его дочерей и внуком Людовика I, будущим Людовиком II. Византийских послов тепло приняли при дворе Людовика в Ингельхайме в июне 839 года, и переговоры продолжались с перерывами следующие четыре года, несмотря на то что оба императора за это время умерли. Если бы переговоры были плодотворными, то эпоха крестоносцев настала бы примерно на 250 лет раньше; однако они так ни к чему и не привели. Халиф не стал доводить свою победу до конца, и только в 842 году огромный флот отплыл из сирийских портов в Константинополь. Флот пал жертвой внезапного шторма, и из всех кораблей уцелело лишь семь; однако аль-Мутасим так и не узнал об этом несчастье: 5 января он умер в Самарре, а всего через пятнадцать дней Феофил последовал за ним.
Поскольку Феофил восхищался арабским искусством и образованностью, нет ничего удивительного в том, что он разделял иконоборческие убеждения своих непосредственных предшественников; однако он не был фанатиком. Лазаря, выдающегося иконописца того времени, высекли кнутом и выжгли клеймо на ладонях (надо признать, сделано это было после многочисленных предупреждений), однако известно, что после освобождения он выполнил по меньшей мере два важных заказа, в том числе и гигантскую фигуру Христа вместо той, которую убрал с ворот Халке Лев V, так что нанесенные ему увечья не могли быть слишком тяжелыми.