Это было 13-го августа, в среду по полудни, когда собор православных архиереев и архимандритов открыл уже свои заседания. Лишь только Смотрицкий расположился в Михайловском монастыре, к нему явилось от собора посольство с грозным вопросом: остаётся ли он при том оскорбительном взгляде на православие, который высказан в его «Апологии»? Из объяснений с посольством Смотрицкий понял своё положение. Видя себя в казацкой земле, и зная короткий казацкий суд над заподозренными в папизме православниками, он разыграл роль человека ни в чём неповинного. С изумлением и негодованием, в известном смысле искренним, Смотрицкий объявил, что Сакович, без его ведома, поделал в его книге антиправославные приписки. Он просил допустить его для оправдания на соборе, зная, что там его жизнь всё-таки будет ограждена от грубых ревнителей православия, которые, по-видимому, готовы были вторгнуться даже и в обитель своего митрополита. Депутаты собора не получили инструкции взять его с собой в Печерский монастырь. Смотрицкий провёл остаток дня, ночь и следующее утро в мучительной неизвестности о своей участи. Рассказы монахов и собственных слуг его о казацких угрозах заставляли трепетать его сердце, дерзновенное в одних случаях и трусливое в других.
На следующий день пришёл к нему киевский казак Соляник со своим товарищем и прочёл ему, как описывал потом сам Смотрицкий, «по-казацки» длинную речь, которую заключил следующими словами: «Мы приобрели эту святыню (то есть православие) нашей кровью, хотим и запечатлеть её или собственной кровью, или кровью тех, которые бы стали пренебрегать ею или отступать от неё». В качестве богослова и человека цивилизованного, Смотрицкий отзывался с презрением о тех, которые отличались в благочестии ревностью не по разуму. Этот народ (говорил он) не знает ни «Отче наш», ни «Верую», ни «десяти Заповедей» и живет по-скотски, но заставляет попов плясать под свою дудку. Однако ж, при всём своём презрении к казацкой теофании, он должен был выслушать проповедь смиренно. Довольный произведённым на него впечатлением, проповедник удалился, без дальнейших оскорблений учёному архиепископу. Вслед за тем, Смотрицкому, к величайшей его радости, сказали, что приехал в монастырь митрополит с тремя епископами и пошёл в церковь. Смотрицкий поспешил к ним — скорее под защиту, чем для оправдания.
Борецкий обошёлся с ним холодно, но тот час же выслал из церкви всех мирян. Два человека не вдруг подчинились приказанию митрополита и вышли нехотя. Это был Соляник и его товарищ. Оставшись в кругу своих, Борецкий сказал Смотрицкому, что в его «Апологии» говорит дух нечистый и гордый, и что он в церковь хочет ввести папскую манихейскую и сабеллианскую ересь. Смотрицкий оправдывался, как умел; но ему ни в чём не верили. Он был человек потерянный в общественном мнении. Только из политики, в избежание соблазна, предложили ему отречься публично от «Апологии» и навсегда остаться в Киеве. Он должен был и на это согласиться, спасая жизнь ценой унижения. Тогда повезли его в Печерский монастырь.
Лишь только Смотрицкий появился в «великой церкви», его повели в алтарь и предложили к подписанию так называемую ревокацию, или отречение. Смотрицкий подписал, скрепил подпись приложением своей печати и поклялся не выезжать из Киева в Дермань. После этого, для успокоения православной паствы, Иов пригласил Смотрицкого принять участие в божественной литургии. По прочтении Евангелия, Смотрицкий взошёл на амвон и прочёл в слух народа подписанный им в алтаре документ, который гласил следующее:
«Я, Мелетий Смотрицкий, Божией милостию Архиепископ Полотский, будучи подозреваем всей нашей Русскою Церковию в отступничевстве от православной веры Греческой Восточной Церкви, а по случаю издания под моим именем Апологии, ещё сильнее заподозренный в этом, торжественно объявляю всей Русской Церкви, в лице присутствующих теперь в Печерском монастыре и в церкви Успения Божией Матери, что отчасти сам виноват в таком заблуждении против православных догматов; но большую часть этих заблуждений я считаю произвольным вымыслом того лица, которому я поручил издание Апологии, на польском языке; именно они внесены с злым умыслом начальником Дубенского Преображенского монастыря, Кассианом Саковичем. Сознаваясь в этих заблуждениях против догматов Православной Церкви, молю Господа Бога быть милостивым к моим грехам, а всей Русской Церкви добровольно обещаюсь и на будущее время всеми силами остерегаться этого. Во свидетельство моего раскаяния перед Св. Церковию, я торжественно высказываю моё презрение к Апологии, раздираю и попираю её ногами, под опасением клятвы, которую я дал Господу Богу в тот час, когда, в присутствии святейшего моего Господина и других Архиереев нашей Русской Церкви, был посвящён в Архиепископа святейшим Иерусалимским Патриархом, Господином и Отцом Феофаном, под власть святейшего Константинопольского Патрираха. 1628 г. 14 августа».