Действительно, англичане сдали Мерса-Матрух 28 июня, после того как город был полностью окружен итало-немецкими войсками. Победители взяли 5 тыс. пленных. Вновь прибывшая английская дивизия не смогла остановить преследования. Правда, 30 июня Роммель не стоял перед Каиром или Александрией, но стоял перед британскими оборонительными позициями у Эль-Аламейна, в 70 км от самого западного рукава дельты Нила и в 100 км от Каира. В результате немедленно начатого наступления немецкие войска глубоко вклинились в оборону противника, но прорвать ее не сумели. Через три дня англичане почувствовали, что натиск наступающих начал ослабевать. В немецких танковых дивизиях осталось по 50 машин вместо положенных 370, а у итальянцев – лишь немногим больше. Наступление, предпринятое еще раз 10 июля, было сорвано контратакой англичан, которые разбили действовавшую на побережье итальянскую дивизию. Итальянские войска были обескровлены еще больше, чем немецкие. Когда англичане поняли тяжесть своего поражения в районе между Эль-Газалой и Тобруком, то немедленно отправили в Египет подкрепления. В середине июля они были достаточно сильными, чтобы начать интенсивные контратаки. 15 июля английские войска в ряде мест глубоко вклинились в расположение итальянцев и разбили несколько батальонов. Даже немецкая танковая дивизия не сумела полностью восстановить утраченное положение, так что на этом участке потребовался отвод войск. Итальянцы неоднократно оказывались в очень затруднительном положении и несли тяжелые потери. Немецким танкам приходилось все время предпринимать контратаки, чтобы воспрепятствовать прорыву фронта английскими войсками. Haконец 27 июля наступательная сила англичан тоже иссякла и фронт стабилизировался.
Итальянское верховное командование решило в самое ближайшее время укрепить позиции у Эль-Аламейна и подготовить наступление с выходом к дельте Нила. Нельзя было терять ни минуты, чтобы противник не перехватил инициативы. Итальянцы стремились использовать даже немецкую авиацию для пополнения запасов и переброски подкреплений. Потери судов оставались значительными, так как английские бомбардировщики дальнего действия и подводные лодки вели интенсивные действия. Правда, часть перевозок в Северную Африку шла теперь из Греции в Тобрук, что несколько облегчило снабжение войск. Но в целом вопрос материального обеспечения немецких войск по-прежнему стоял очень остро, так как итальянцы, несмотря на многократные возражения, прежде всего пополняли запасы своих соединений и не обращали должного внимания на нужды немцев.
От захвата Мальты итальянский генеральный штаб отказался в начале июля. Чтобы снизить воздействие этой базы на итальянское судоходство, велась борьба с конвоями, которые англичане периодически направляли через западную часть Средиземного моря для снабжения Мальты. Так как в июне слишком слабо охраняемый конвой понес значительные потери, то следующий караван судов, посланный в августе, охранялся особенно сильно. Его сопровождали два линкора, четыре авианосца, семь крейсеров и двадцать пять эскадренных миноносцев. С такими силами итальянский флот бороться не мог. Лишь западнее Сицилии перед англичанами появилось несколько крейсеров и эскадренных миноносцев, но и они быстро ушли, потеряв один крейсер. Атаки немецких подводных лодок, торпедных катеров и самолетов, продолжавшиеся несколько ночей, были гораздо успешнее. Севернее Алжира немецкая подводная лодка 11 августа потопила авианосец «Игл». В одну из последующих ночей торпедные катера причинили большие потери кораблям охранения, потопив два крейсера и один эскадренный миноносец. В целом был потоплен двадцать один транспорт, и только пять судов, в том числе один поврежденный танкер, достигли острова Мальта. Несколько военных кораблей, получив тяжелые повреждения, вынуждены были вернуться в Гибралтар.
Итальянский генеральный штаб вновь задался целью захватить Тунис и приказал вести подготовку к этой операции на том основании, что армия в Египте должна быть обеспечена с тыла.
Между тем Роммель пришел к убеждению, что соотношение сил становится все более благоприятным для англичан. Поэтому он решил в конце августа начать новое наступление, чтобы все же захватить Александрию и Каир. Проведение этой операции, не говоря уже о соотношении сил, представляло трудности также и в тактическом отношении.