Его стали привлекать одиночество, уединенные места за городом. Молодой человек испытывал жалость к заброшенным церквям и часовням. Желая поддержать деньгами церковь Святого Дамиана, он тайком от отца продал его лучшие товары. Вырученные деньги он хотел отдать настоятелю, а когда тот, опасаясь гнева Бернардоне, отказался принять взнос, бросил кошелек на подоконник и долго скрывался в окрестных пещерах. Когда Франческо вернулся домой, отец избил его и запер, но мать в отсутствие супруга отпустила сына. Бернардоне потребовал от властей возврата сына и похищенных денег. Но Франческо заявил, что стал слугой Господа и неподсуден светскому суду. На суде епископа он не только возвратил отцу деньги, но и полученную от родителей одежду, объявив, что отныне будет считать своим родителем Отца Небесного, и тут же отправился в ближайший лес (1207).
С 1212 г. действует женская община бедных сестер, которую потом назовут орденом клариссок (по имени 18летней Кларе Сцефи, покинувшей родной дом и первой из женщин принявшей правила францисканского устава). Со временем у Франциска возникли осложнение с руководством Церкви. По просьбе самого Франциска орденом стал управлять кардинал Уголино, будущий папа Григорий IX. Сам же Франциск отправляется с проповедями в Египет (где пытался обратить в христианство тамошнего султана), потом перебирается в Сирию, где его застает весть о противоречиях, раздирающих орден. Франциск немедленно поспешил в Италию и добился от понтифика отмены новшеств, принятых в его отсутствие.
Однако других изменений устава, принятых римской курией, Франциску не удалось перечеркнуть. Свободная община добровольных последователей Христа превратилась в замкнутый монашеский орден. Кроме того, францисканцы получили привилегию служить в собственных церквях ордена, если таковые будут. Распространение ордена по Европе вынудило изменить правило обладания только одной одеждой. По возвращении из Сирии Франциск отказался быть главой ордена (министром). Официальным руководителем стал Петр Катанский, сопровождавший Франциска в его путешествии на Восток, а когда тот умер (1223) – Илия Кортонский, противник Франциска. Основатель ордена, как и прежде, пользовался среди братии уважением, но влияние на руководство ордена в последние три года своей жизни не имел. Франциск не одобрял господствовавшего в ордене направления, но он был связан обетом послушания, а поэтому не восставал против нового порядка.
Освобожденный от забот об ордене, Франциск решил снова предаться странствиям и одинокой молитве. Он устраивает в лесу под Греччо «живую картину Рождества Христова»: ясли, вол, осел, а вокруг – молящиеся пастухи и пахари. С тех пор устройство рождественских яслей в итальянских церквях стало обязательным атрибутом этого праздника. В 1224 г. Франциск отправляется с ближайшими товарищами на высокую гору Алверно (в верховьях Арно). Здесь он проводит время в уединении, молитве и посте.