Наведение порядка в Папской области было возложено на кардинала Альборноза, перед которым папа поставил задачу сломить власть фактически независимых областей и отдельных городов. Кардиналу сравнительно легко удалось подавить сопротивление Римини, Ассизи, Орвьето, Витербо и ряда других городов, где сложились фактически независимые небольшие государства-синьории во главе с выходцами из феодальной знати или удачливыми кондотьерами. Упорно отстаивала свою независимость Болонья, самый крупный и развитой город Папской области, но и она была покорена Альборнозом в 1361 г.
Вернувшись в Рим, кардинал начал решительную борьбу с вновь поднявшей голову знатью, которая ввергала город в хаос постоянной борьбой за власть. В 1362 г. Альборноз издал указ об изгнании из Рима всех дворян, включая мелких рыцарей, что вызвало одобрение народа. Однако коммуна не получила от него широких властных полномочий для коренного изменения ситуации, особенно тяжелой в сфере экономики. Начал разгораться конфликт с коммуной, которую поддержал новый папа Урбан V (1362–1370). Альборнозу было поручено навести порядок в Папской области, где бесчинствовали отряды кондотьеров. Административная реформа, осуществленная им в 1357 г., оказалась не слишком успешной. В целях создания правовой опоры для дальнейших действий Альборноз в 1357 г. созвал собрание представителей знати и высшего духовенства, на котором была принята предложенная им новая конституция. Папская область разделялась на семь провинций, во главе которых должны были стоять назначаемые папой ректоры и другие чиновники. Знать, духовенство и представители городских коммун каждой провинции получили право издавать законы и распределять налоги. Однако в полной мере упрочить намеченную новой конституцией централизацию папского государства не удалось. Уже во второй половине XIV в. власть папы как светского государя все более откровенно держалась в провинциях не столько на ректорах, сколько на военной поддержке отрядов кондотьеров, которым нередко приходилось силой подавлять восстания в городах, стремившихся получить независимость. В 1370-е годы около 80 городов Папской области обрели фактическую независимость, но в XV в. почти все они вновь оказались под властью папы. Не прекращались и конфликты среди феодальной знати, в которые вмешивались кондотьеры. Смутам в Папской области способствовала «Великая схизма» (1378–1417) – раскол в католической церкви, когда на папском престоле оказывались два и даже три папы одновременно.
Ситуация начала улучшаться во время понтификата Мартина V (1417–1431), с избранием которого завершилась схизма. Папа восстановил в Риме коммуну, предоставил некоторые права патрициату городов Папской области в обмен на отчисления в курию значительных средств, сумел положить предел произволу феодалов и разбойничеству, процветавшему в Риме и его окрестностях. Его преемники, особенно Николай V (1447–1455) и Пий II (1458–1464), много внимания уделяли украшению архитектурного облика Рима, восстановлению старых церквей и строительству новых храмов и дворцов, улучшению его инфраструктуры. Папы привлекали в курию в качестве секретарей известных гуманистов, были щедрыми меценатами, собирателями произведений античного искусства и древних рукописей, положивших начало Ватиканской библиотеки. Однако проводить последовательную политику централизации на подвластной им территории, сделать Папскую область сильным и процветающим государством, подобно Флорентийской республике или Миланскому герцогству, не удалось по ряду причин ни одному из понтификов XV в. Произвол чиновников, не всегда подчинявшихся воле папы, краткие сроки правления понтификов, власть которых не была наследственной, а также связанные с этим интересы их личного обогащения, предоставление доходных мест непотам (племянникам) и другим родственникам, наконец, широкие траты на содержание Римской курии и строительство дворцов (к концу XV в. они преобразили облик Вечного города) – все это не способствовало наведению порядка в Папской области и ее процветанию.
Особенно пагубной была политика непотизма – возвышение действующим папой своих родственников и оттеснение от власти, а порой и разорение ставленников предшественника. Так, понтификат Александра VI Борджа (1492–1503) был богат событиями, связанными с борьбой его семьи за власть не только в Папской области, но и во всей Италии. Его старший сын Чезаре Борджа, захватив Римини, Фаэнцу, Урбино, создал в Романье собственное государство – синьорию, где самыми решительными мерами проводил политику централизации, с особой жестокостью подавляя направленные против него заговоры. Впрочем, после смерти отца, оказывавшего Чезаре серьезную поддержку, он утратил свои владения. В XV в. внешняя политика пап была куда более успешной, чем их попытки навести порядок в своих владениях, – она была отмечена постоянным стремлением сталкивать друг с другом итальянские государства, чтобы помешать их объединению, извлекая при этом выгоду из миссии «примирителя».
Сицилийское королевство