Главная цель нового свода законов состояла в упорядочении всей социальной структуры Сицилийского королевства, в определении прав и обязанностей различных сословий, а также в четком определении границ самих сословий. В первую очередь значительно сокращались властные полномочия баронов – Фридрих II повел с ними решительную борьбу. Он лишал их власти в своих владениях и передавал всю полноту судебных, административных и фискальных прав чиновникам. Мельфийские конституции значительно усилили королевскую власть и способствовали централизации государства. К тому же по новым законам были урезаны права не только светской, но и духовной знати. Подобно предшественникам Фридрих II стремился найти социальную опору своей политики в рыцарстве, которое составляло основную часть его войска (впрочем, в нем было немало и сицилийских арабов). Рыцарство (milites) рассматривалось в Мельфийских конституциях как замкнутое сословие, принадлежность к нему считалась по норманнской традиции наследственной, запрещались браки рыцарей с выходцами из более низких слоев общества. Понизился в конституциях статус горожан – теперь они сближались со свободным крестьянством. Города теряли права самоуправления и административную независимость, а со временем и право издавать собственные законы. Городская верхушка привлекалась к власти лишь в небольших городах и в общегосударственных структурах веса не имела. Все более заметную роль в системе городской власти начало играть чиновничество, в функции которого стал входить и контроль над деятельностью ремесленников.
Бюрократизация власти, к чему стремился Фридрих II в своей внутренней политике, с одной стороны, усиливала неограниченность его собственной власти, а с другой – делала неповоротливой и малоэффективной всю государственную структуру. К тому же бюрократический аппарат, численность которого возрастала, требовал значительных денежных средств, как и военные походы императора, что вело к росту прямых и косвенных налогов. Фридриху II удалось укрепить армию, создать сильный флот, но это не принесло ему решающих побед в борьбе с городами-республиками Северной и Центральной Италии, которым помогало папство. Папы не только подтверждали вольности многих городов и давали хартии новым коммунам, но и не раз отлучали императора от церкви, что во время военных действий часто лишало его поддержки со стороны местного населения Тосканы и Эмилии, не всегда довольного политикой крупных городских центров. Свою главную задачу во внешней политике Фридрих II решить не смог, города-республики сохранили свою независимость.
В то же время Фридрих II пытался добиться экономического процветания Сицилийского королевства, покровительствовал торговле, сельскому хозяйству (вино, пшеница и оливковое масло были главными экспортными товарами), однако его протекционизм не всегда был последовательным. Нередко преференции в торговле отдавались не сицилийским купцам, а иноземным, а на росте сельскохозяйственного производства отрицательно сказывались высокие налоги. К тому же не все крестьянство Южной Италии обрело личную свободу: сохранялись и сервы, и полусвободные вилланы, которые несли барщину, платили натуральный и денежный оброк. Гораздо более успешной была культурная политика Фридриха II, его покровительство наукам и искусствам, превратившее сицилийский двор в один из ведущих центров европейской культуры XIII в. В Салерно он поддерживал традиционный центр медицины, повысив его статус до университета. В 1224 г. указом Фридриха II был основан университет в Неаполе; главной дисциплиной здесь стало гражданское право, а целью обучения – подготовка государственных служащих. В Палермо при дворе Фридриха II культивировалась сицилийская куртуазная поэзия на местном наречии, испытавшая влияние лирики провансальских трубадуров, уделялось серьезное внимание наукам, осуществлялись переводы сочинений арабских авторов по медицине и естествознанию.
После смерти Фридриха II Сицилийское королевство должно было перейти в руки его сына Конрада IV, который унаследовал также власть в империи и находился в Германии, где при активном вмешательстве папы Иннокентия IV обострилась борьба за власть. В этой ситуации правление в Южной Италии Конрад передал своему сводному брату, незаконнорожденному сыну Фридриха II молодому Манфреду. Смерть Конрада в 1253 г. сделала Манфреда единовластным правителем Сицилийского королевства – в 1258 г. он провозгласил себя королем Сицилии, что вызвало недовольсто папской курии, стремившейся освободить Южную Италию от власти Штауфенов.