После недолгого правления сына Фридриха I Барбароссы Генриха VI (1190–1197), который получил Сицилийское королевство в результате женитьбы на наследнице престола Констанции, власть перешла к его малолетнему сыну Фридриху II (он родился в 1194 г.), находившемуся сначала под опекой матери. В 1198 г. Фридрих II был коронован в Палермо как король Сицилии; в том же году умерла Констанция, завещав опеку над сыном папе Иннокентию III, который занимался его воспитанием до 1208 г. За помощь папы Констанции пришлось заплатить высокую цену: она принесла ему клятву вассальной верности (это отказывался исполнить ее муж Генрих VI) и признала отмену приоритета королевского права над сицилийской церковью, что ограничило суверенитет Сицилийского королевства, завоеванный норманнскими правителями в XII в.
Папа Иннокентий III (1198–1216) стал регентом Сицилии, за что получал немалую часть доходов королевства. Иннокентий III особенно рьяно проводил политику, направленную на утверждение всевластия Церкви в христианском мире, рассматривая свой сан римского епископа как представителя Бога на земле. Амбициозные притязания папы на мировое господство, принижавшие роль императорской власти, серьезно отразились и на его политике по отношению к Сицилийскому королевству и в еще большей мере на взаимоотношениях с Фридрихом Штауфеном. К тому же папа опасался за судьбу своих владений – Папской области, расположенной, как в тисках, между Сицилийским королевством и имперской частью Италии. Отчасти этими опасениями можно объяснить судьбоносный для молодого короля факт – при поддержке папы в 1211 г. Фридрих II был избран императором (его дважды короновали, в 1212 и 1215 гг., но официально признали императором лишь в 1219 г.). Сицилийскую корону Фридрих II в 1212 г. передал своему малолетнему сыну Генриху, что должно было подчеркнуть независимость Сицилии от Германии. Реально Фридрих II правил Сицилийским королевством с 1215 по 1250 г., будучи с 1220 г. императором Священной Римской империи.
Основной задачей внутренней политики Фридриха II стало создание в Южной Италии сильного централизованного государства при опоре на чиновничество, которое должно было вытеснить власть титулованной знати – графов и баронов. Свою внешнюю политику как император он направил на подчинение реально независимых, но входивших в состав Священной Римской империи городских республик Северной и Центральной Италии. Фридриху II приходилось бороться с ними с оружием в руках, лично предводительствуя войском, и изыскивать огромные средства на ведение войн в 1236–1239 и 1241–1245 гг.
Все это сказывалось и на его внутренней политике. Чтобы обеспечить поступление в казну должных налоговых сумм, он стал расширять полномочия двух юстициариев, своих главных наместников в Сицилийском королевстве, предоставив им всю полноту судебной и административной власти. Неизбежным следствием стали злоупотребления властью со стороны чиновничества, что вызвало в королевстве недовольство политикой правительства. В то же время Фридрих II принимал серьезные меры для укрепления правового порядка в государстве, издав в 1220 г. Капуанские ассизы, которые послужили основой для Мельфийских конституций 1231 г. – нового свода законов, многие нормы которого были взяты из предшествующего норманнского законодательства, в частности из Арианских ассиз Рожера II. В Мельфийские конституции вошли также некоторые нормы византийского и лангобардского права, бытовавшие в тот период, когда Южная Италия принадлежала Византии, а часть ее территорий еще оставалась под властью лангобардских герцогов.