В 1496 г. в городе начались смуты – их подогревали стремления некоторых знатных фамилий держать в своих руках власть в республике и контролировать выборы в Синьорию (теперь ее избирали члены Большого совета). К этому добавилось недовольство многих граждан конфликтом Савонаролы с папской курией. За его проповеди, в которых он клеймил позором роскошь и безнравственность духовенства, призывал к восстановлению раннехристианских порядков, папа отлучил Савонаролу от церкви и требовал передачи еретика в руки римской инквизиции. Савонарола отказался ехать в Рим и выполнить приказ папы, но был арестован во Флоренции и заключен в тюрьму. Суд вынес вердикт о сожжении Савонаролы как нераскаявшегося еретика. В 1498 г. его сожгли на помосте, сооруженном перед входом в палаццо Синьории. Казнь доминиканского проповедника лишь усилила партийную борьбу его сторонников, желавших укрепления демократических порядков в республике, и их противников, мечтавших о возвращении власти олигархии во главе с Медичи. Начавшиеся в 1494 г. Итальянские войны внесли серьезные коррективы в судьбу Флорентийской республики.
Папская область
Папство уже в ХI–XII вв. значительно расширило свои владения – Папскую область, присоединив к Патримонию св. Петра часть Тосканы, Сполето и Беневенто, а в XIII в. власть папы распространилась еще на ряд областей Центральной Италии – Романью, Марке и Умбрию. Церковная и светская знать прочно держала в своих руках подвластные территории феодов, включая города, которым не спешила предоставлять права самоуправления. Попытки установить в Риме систему коммунального управления успехом не увенчались. Так, в 1143 г. торгово-ремесленные слои Рима, опираясь на поддержку местного рыцарства, захватили здания главных магистратур на Капитолии и провозгласили республику, подчеркнув этим преемственность создаваемой коммуны с республиканскими традициями Древнего Рима.
В этих событиях активное участие принимал известный проповедник Арнольд Брешанский (ранее он излагал свои «еретические» идеи на севере Италии, в городе Бреша), противник светской власти пап, резко осуждавший обогащение церковного клира. Под влиянием его проповедей горожане стали разрушать замки феодальной знати (их в Риме было более 200) и дома высшего духовенства. Папе Адриану IV удалось подавить движение за коммуну лишь спустя десять лет при военной поддержке императора Фридриха I Барбароссы. В 1155 г. Римская республика была ликвидирована и власть папы в городе восстановлена.
В условиях отсутствия централизации власти в папских владениях некоторым городам все же удалось добиться коммунальных прав – их обрели Перуджа, Болонья, Римини и ряд других. Небольшие города приобретали частичную самостоятельность по договору с местными сеньорами, будь то светский феодал или представитель церковного клира. Однако столь широких прав самоуправления, какими пользовались с конца XII в. многие городские коммуны Северной Италии и Тосканы, города Папской области не имели. Правда, Болонья, с середины VIII в. входившая в состав папских владений, всегда пользовалась достаточно большой самостоятельностью – в 1114 г. здесь утвердила свои права коммуна, последовательно отстаивавшая свою независимость в течение нескольких столетий, хотя формальная зависимость от Римской курии сохранялась. Болонья, Перуджа, Римини в XIII–XIV вв. были наиболее развитыми центрами ремесла и торговли в Папской области. Рим во многом уступал им, развитие его экономики стимулировало прежде всего обслуживание паломников-христиан, особенно многочисленных в юбилейные годы Вечного города.
К началу XIV в. папы значительно расширили свои владения в Романье, Кампании, Умбрии, Анконской марке, из крупных городов под их властью оказались Феррара и Урбино. Однако в целом экономическое развитие Папской области заметно отставало от других областей Италии, особенно от Тосканы и Ломбардии. В сельском хозяйстве преобладали традиционные формы феодального землевладения, свободная аренда не получила широкого распространения, сохранялась и личная зависимость крестьянства. Пример Болоньи, освободившей в 1256 г. сервов своей округи, не оказал заметного влияния на политику других городов.