Разразившаяся в 1939 году Вторая мировая война наглядно продемонстрировала, насколько неоднородно и расколото было в тот момент общество в Южно-Африканском Союзе. Если граждане британского происхождения целиком и полностью находились на стороне метрополии, то многие африканеры симпатизировали Германии. Что касается черных африканцев, то для них война была чем-то неактуальным; они совершенно не желали покидать родные места, чтобы воевать за интересы европейцев.
Раскол произошел и в самом правительстве. Ян Смэтс, как и во время Первой мировой войны, занял пробританскую позицию и заявил о необходимости вступить в боевые действия на стороне союзников. Большинство министров выступили за нейтралитет, а Герцог предложил заключить с Германией сепаратный мир. Незначительным большинством – 80 голосов против 67 – парламент поддержал Смэтса. Отношения ЮАС с Германией были разорваны, и 4 сентября Южная Африка вступила в войну. Раздосадованный Герцог подал в отставку, помирился с Маланом и в дальнейшем выступал против Смэтса, который 5 сентября 1939 года занял пост премьер-министра. 28 мая 1941 года британский парламент присвоил Смэтсу воинское звание фельдмаршала.
Смэтс также занял пост советника по стратегическим вопросам при британском командовании. 1 января 1942 года Южная Африка стала одной из 26 стран, подписавших Декларацию о присоединении к Атлантической хартии. В октябре того же года, находясь в Великобритании, Смэтс обратился к членам английского парламента с призывом оказать всестороннюю помощь Советскому Союзу в его борьбе против фашизма. Позднее он был одним из инициаторов создания Организации Объединенных Наций и лично написал преамбулу к ее Уставу.
С самого начала войны многочисленные африканерские партии и организации объединились в желании воспрепятствовать втягиванию ЮАС в войну на стороне Великобритании. Раздавались голоса, требовавшие восстания и свержения правительства «ренегата» Смэтса. Особенно активными были группы, находившиеся под контролем «Брудербонда». Руководство последнего связало «противоестественное участие» ЮАС в войне с «деятельностью франкмасонов». В решениях XIX ежегодной сессии исполнительного комитета «Брудербонда» (4–5 октября 1940 года) отмечалось враждебное отношение организации к «франкмасонству, особенно к империалистическому характеру его политики в Южной Африке… Исполнительный комитет выражает свое негативное отношение к тем членам союза, которые являются одновременно масонами, и объявляет, что такие лица будут подвергаться преследованиям. Исполнительный комитет далее отмечает настоятельную необходимость проведения тщательного расследования этого движения». Поскольку «Брудербонд» к этому времени установил жесткий контроль над реформатскими церквами страны, к этим требованиям присоединились и многочисленные голоса священников.
Активную антибританскую позицию заняли и члены созданной «Брудербондом» 4 февраля 1939 года организации, которая называлась «Оссева Брандваг» (
«Оссева Брандваг» возглавил полковник Дж. Лаас, а затем Йоханнес ван Ренсбург. Он преобразовал организацию в радикальную военизированную группу. В рамках ОБ было создано подразделение так называемых штормегерей, которое вызывало прямые ассоциации с отрядами гитлеровских коричневорубашечников (генералом штормегерей в округе Порт-Элизабет был Балтазар Форстер, будущий президент ЮАР). К 1941 году в ОБ состояло более 350 тыс. членов, а Ренсбург начал открыто говорить о том, что африканеры в скором времени возьмут власть в свои руки, вышвырнут «клику Смэтса» вон из Южной Африки и выступят на стороне Германии. Целью движения он назвал саботаж военной политики правительства.