Слоны, атаковавшие правый фланг Цезаря, ударились в паническое бегство под градом метательных снарядов и затоптали многих воинов в рядах собственной армии. Весь левый фланг помпеянцев вскоре рухнул, и попытки организовать хотя бы какое-то подобие сопротивления не имели успеха из-за жестокого и неустанного преследования. Легионеры Цезаря были крайне озлоблены и убивали без разбора, чего не делали даже в битве при Фарсале. Они стремились покончить с войной и не хотели видеть, как недавних противников отпускают на свободу, чтобы вскоре снова сражаться с ними. Цезарь лично приказал казнить одного сторонника Помпея, которого он помиловал после капитуляции в Испании в 49 году до н. э., но который теперь снова оказался в плену. Он обычно поступал иначе: прощал человека один раз, но казнил его, если тот продолжат сражаться, несмотря на помилование. В битве при Taпce его солдаты не прибегали к таким тонкостям, и многие помпеянцы погибли, пытаясь сдаться на милость победителя. Легионеры даже зарубили нескольких командиров Цезаря, пытавшихся прекратить резню. К концу дня 10 000 помпеянцев были убиты, а потери со стороны Цезаря составили немногим более 50 человек.
Главные вражеские полководцы бежали, но им предстояло умереть в ближайшие несколько недель. Афраний и Фаустин, сын Суллы, были захвачены Ситтием и переданы Цезарю, который казнил их в ответ на требование своих воинов. Он казнил и нескольких других пленников, но в некоторых случаях — к примеру, с Луцием Цезарем, сыном его легата и двоюродного брата, — остается неясным, отдал ли он личный приказ или решение было принято его подчиненными. Петрей и царь Юба заключили друг с другом довольно эксцентричный пакт о самоубийстве и устроили смертельный поединок. Наши источники приводят разные версии этого события, но, судя по всему, римлянин убил нумидийца, а потом пронзил себя мечом с помощью раба. Метелл Сципион попытался спастись по морю, но покончил с собой, когда его корабли были перехвачены флотилией Цезаря, устремившейся в погоню. В числе немногих уцелевших Лабиэн смог добраться до Испании, где присоединился к Гнею и Сексту, сыновьям Помпея [21].
Катон все это время занимал пост командующего в городе Утика и поэтому не присутствовал при поражении. С учетом предшествующих обстоятельств, нельзя не поражаться, насколько незначительную роль он сыграл в боевых действиях гражданской войны. Вскоре беглецы принесли весть о катастрофе и сообщили о приближении войск Цезаря. Катон посоветовался с другими римлянами из числа трехсот человек, составлявших городской совет, но он понимал, что независимо от их решения дальнейшее сопротивление бессмысленно. Оставалось три возможности: спасаться бегством, сдаться или совершить самоубийство. После обеда, который он съел, сидя за столом, так как после битвы при Фарсале Катон отказался принимать пищу полулежа, на традиционный римский манер, он удалился в свои покои. Демонстративный отказ от римских традиций в период гражданской войны стал образом жизни Катона — он якобы отказался от бритья и стрижки волос. Когда он заметил, что слуги по настоянию сына убрали его меч, то потребовал вернуть оружие, но потом занялся чтением. Интересно отметить, что он читал труд Платона «Федон», посвященный дискуссии о бессмертии души. Затем он внезапно отложил книгу, схватил меч и вспорол себе живот. Рана была тяжелой, но не грозила мгновенной смертью, и рабы вбежали в комнату, как только услышали шум. Лекарь промыл и перевязал рану Катона. Впрочем, сорокавосьмилетний республиканец никогда не страдал от недостатка мужества или решимости. Как только спасители ушли, он вскрыл швы и принялся вываливать собственные внутренности наружу. Он умер, прежде чем его успели остановить. Когда Цезарь услышал об этом, он высказал сожаление, что лишился возможности простить своего самого непримиримого противника. Но, с другой стороны, поступок Катона как раз был вызван желанием избежать подобного милосердия.