Неудачное назначение губернатора предопределило последний значительный эпизод гражданской войны. Квинт Кассий Лонгин служил квестором в Испании и остался управлять провинцией Дальняя Испания после поражения Афрания и Петрея. Из-за своей алчности и буйного нрава он навлек на себя ненависть не только местных жителей, но и собственных солдат. Это привело к мятежу, причем многие из его подчиненных открыто заявили о своем переходе в стан Помпея. Кассий пережил одну попытку покушения, но потом решил бежать и в концов концов утонул вместе с кораблем, перевозившим награбленную добычу. Цезарь еще раньше узнал о его проступках и назначил замену, но ущерб уже был причинен. Гней и Секст, сыновья Помпея, вскоре прибыли в Испанию, чтобы заручиться поддержкой в этом регионе, где их отец имел многочисленные связи. После битвы при Taпce к ним присоединился Лабиэн и другие изгнанники. Сначала Цезарь считал эту проблему незначительной и надеялся, что его легаты справятся с помпеянцами без необходимости его личного присутствия в Испании. В конце 46 года до н. э. он понял, что этого недостаточно, и решил возглавить командование. Как упоминалось ранее, старшие магистраты на этот год не избирались, поэтому он оставил Рим под формальным руководством Лепида в должности «мастера конюшни» с восемью назначенными префектами. На самом деле большинство повседневных решений принимали Оппий и Бальб. Менее чем через четыре недели он появился на сцене военных действий в Дальней Испании. В пути Цезарь не только занимался своими обычными делами, но также сочинил поэму под названием «Путешествие»
Гнею Помпею недоставало отцовского военного таланта, но он был весьма решительным человеком и теперь оказался во главе армии из тринадцати легионов и большого количества вспомогательных войск. После отъезда Цезаря в Испанию возникли опасения, что, несмотря на все свои победы, он может оказаться разгромленным, так как в его распоряжении имелось только восемь легионов, лишь два из которых (Пятый и Десятый, сильно поредевшие после сражений в Африке) могли считаться ветеранскими. Среди бывших помпеянцев, помилованных Цезарем, тоже началось брожение, потому что Гней Помпей имел репутацию непримиримого, вспыльчивого и грубого человека. В январе 45 года Кассий (шурин Брута и будущий заговорщик) выразил свои опасения в письме Цицерону: