По мере того, как всё большее число физиков вовлекалось в проект разработки атомной бомбы, Паули попадал во всё более глубокую профессиональную изоляцию. Ближе к 1943 году, вероятно, движимый чувством долга, он спросил Оппенгеймера, не следует ли ему присоединиться к военным разработкам. Оппенгеймер ответил, что предпочитает, чтобы Паули оставался в стороне: «На этот вопрос трудно дать ответ, который не был бы временным, но я чувствую, что в настоящий момент это было бы для вас ошибкой и пустой тратой сил»[126]
. Возможно, с практической точки зрения Оппенгеймер знал Паули лучше, чем тот знал себя сам. Будучи теоретиком, Паули не интересовался прикладной наукой и работой в команде. 11 октября 1945 года в письме своему голландскому коллеге Казимиру Паули сообщает, что тогда он «сидел в тишине и одиночестве в Принстоне, работая над теорией мезонов (а также безумной квантовой электродинамикой Дирака, в которую больше не верю)». В конце письма он прибавляет: «Вам и всем остальным будет достаточно нескольких недель, чтобы узнать обо всём произошедшем за эти «потерянные годы», что представляет хоть какой-то научный интерес»[127]. Однако Исидор Раби из Колумбийского университета не был согласен с такой оценкой; он считал, что деятельность физиков в годы войны поможет сформировать «новое направление физических исследований в Соединённых Штатах»[128]. Раби был физиком-В качестве компенсации за отделение от коллег Паули получил нечто вне физики. Эрвин Панофский, историк искусства, работал вместе с Паули в Институте перспективных исследований. Они познакомились ещё в двадцатых годах в Гамбурге. Панофский был гуманистом, его широкие философские убеждения соответствовали интересу Паули к ранней научной мысли, когда рациональное, количественное мышление начало вытеснять мистическое, качественное воображение.
Эта тема сильно занимала Паули, вплоть до того, что он вновь заинтересовался астрономом-математиком Иоганном Кеплером (1571-1630), который первым использовал качественные методы для определения орбиты Земли вокруг Солнца. Паули был поражён конфликтом, возникшим между Кеплером и розенкрейцером Робертом Фладдом, который воспринимал работу Кеплера как угрозу образу мысли, одушевлявшему космос и природу. Интерес Паули к Кеплеру угас в тот момент, когда наука была смыта волнами войны. Он увидел науку, подчинённую воле к власти, вместо того чтобы продолжать поиск истины в её связи с духом созидания. Он боялся, что наука утратила связь с «замечательным промежуточным этапом» семнадцатого века, в котором сосуществовали «магическо-символический и современный, качественно-математический взгляд на природу»[129]
. Паули сформулировал свои идеи в эссе, которое зачитал небольшой аудитории в гостях у друга. Физик Абрахам Пайс нашёл его сложным для понимания, что неудивительно[130]. Это эссе стало началом исследования влияния бессознательного на научную мысль, предпринятого Паули.Заинтересовавшись связью между атомной физикой и биологией, Паули обнаружил, что задаётся вопросом об адекватности дарвиновской теории эволюции. С этой стороны его вдохновлял и стимулировал друг — Макс Дельбрюк из Калифорнийского университета в Беркли. Паули и Дельбрюк были связаны ещё до того, как последний переехал в США, где сменил область деятельности и основал молекулярную биологию. В письме от 4 января 1944 года Паули сообщал (называя друга «дорогим Максом»), с каким нетерпением ждёт встречи в Нью-Йорке и возможности обсудить «человеческую сторону» и «двадцатый век вообще». Он прибавил: «Кроме того, в порыве научной жажды и тяги к знаниям я купил книгу Т. Хаксли ”Эволюция” и уже жажду обременить тебя некоторыми техническими терминами [спрашивая разъяснения] »[131]
. Хотя Дельбрюк не всегда соглашался с метафизическими предрассудками Паули, он обладал качествами, восхищавшими последнего — в особенности склонностью к изучению взаимодействия дисциплин, например, молекулярной биологии и современной физики.Философ в шутовском колпаке
В 1944 году приближался уход Эйнштейна на пенсию, и кандидатами на постоянную профессорскую должность в области теоретических исследований стали Паули и Оппенгеймер. За Оппенгеймером на тот момент числились и существенный вклад в развитие теоретической физики, и поднятие статуса физики в Соединённых Штатах. Кроме того, Манхэттенский проект явно продемонстрировал его талант руководителя. Паули был известен преимущественно за исключительный вклад в теоретическую физику.