Основные усилия авиации концентрировались, однако, на поддержке сухопутных войск. "Штуки" бомбили скопления британских танков, колонны грузовиков, пехотные части на марше, позиции артиллерии. При этом приходилось довольствоваться сравнительно небольшими силами — численность Ju-87 в Северной Африке не превышала 70 единиц, причем далеко не все из них находились в боеготовом состоянии. В апреле 1941 года, когда немецкое наступление фактически остановилось в районе прохода Хальфайя, на аэродроме Дерна базировалось лишь четыре десятка пикировщиков. "Штуки" несли не слишком большие, но постоянные потери от действий британских истребителей. К примеру, 18 февраля из дюжины пикировщиков, вылетевших на штурмовку позиций английских войск, восемь были сбиты или получили серьезные повреждения.
Эксплуатация "Юнкерсов" в условиях пустыни создавала новые проблемы. Экстремально высокие температуры, массы пыли и песка в короткий срок выводили из строя агрегаты самолетов, не приспособленных к местным условиям. В срочном порядке пришлось переходить на использование специальных фильтров или смазочных материалов. Модификации, специально подготовленные для действий в пустыне, получали обозначение "Trop" — "тропический".
К июню 1941 года силы Роммеля в основном перешли к обороне. Все внимание вермахта было сконцентрировано на Восточном фронте, и питать одновременно операции в Северной Африке было невозможно. Воспользовавшись ситуацией, британцы нанесли ряд контрударов, которые в основном были отражены. Немалую роль в этом сыграли пикировщики, которые существенно затрудняли концентрацию и снабжение британских частей. В июле на театре военных действий находилось около 90 пикирующих бомбардировщиков, из них 40 в Ливии, остальные — в Греции и на Крите. В середине лета война фактически перешла в позиционную стадию. Тобрук оставался в осаде, будучи сильно укреплен.
Только с апреля по июнь пикировщики совершили 46 налетов на Тобрук. Их основными целями были корабли в гавани, укрепления, скопления войск, а также позиции зенитной артиллерии. Британские зенитчики постепенно приобрели большой опыт борьбы с пикировщиками. Необходимо сказать, что, хотя Ju-87 был не самой сложной целью для зенитных орудий, редкий расчет был способен спокойно вести огонь по самолету, который, казалось, летел прямо на тебя. События 27 апреля, когда пикировщики без потерь уничтожили зенитную батарею, показали, что огонь по атакующим самолетам пыталось вести только одно орудие, а после взрыва первой же бомбы весь личный состав бросился в укрытия. После этого британское командование всерьез озаботилось моральной подготовкой зенитчиков к борьбе со "Штуками". "Во время атаки пикировщиков на позицию тяжелой зенитной батареи наступает критический момент, когда артиллеристы должны решить: бежать ли им в укрытие или нет. Первый пикировщик появляется над ними на высоте 4000 футов. Частая стрельба из орудия в этот момент может заставить самолет сбросить бомбы преждевременно, а следующие за ним — задержать атаку. Полное молчание в такой момент, если расчет падает на землю, позволяет каждому пикировщику спокойно выбрать цель и атаковать с высоты 500 футов. Тогда и только тогда будут уничтожены орудия и командные посты, а люди погибнут", — значилось в одном из наставлений.
В Восточном Средиземноморье летом и осенью 1941 года действовал X авиакорпус, сил которого явно не хватало для того, чтобы нанести англичанам хоть сколько-нибудь существенный ущерб. Всего на театре военных действий находилось к концу июня немногим более 300 самолетов Люфтваффе — в 11 раз меньше, чем было сконцентрировано на Восточном фронте. Итальянская авиация не оказывала существенного влияния на эту картину. Число современных боеспособных самолетов в Реджиа Аэронаутика было откровенно небольшим.
Ситуация изменилась только в конце ноября 1941 года, когда на театр военных действий прибыло управление 2-го воздушного флота под командованием фельдмаршала Кессельринга и 2-й авиакорпус генерала Бруно Лерцера. Его основной задачей стала борьба с Мальтой, которая к этому моменту превратилась в основную помеху германо-итальянскому судоходству в Средиземном море. В декабре на Сицилии было сконцентрировано более 400 самолетов, в том числе почти 100 пикирующих бомбардировщиков.