Начиная с IX века происходит становление Русской православной церкви по форме национальной. В период Древней Руси русские предпринимали неоднократные попытки посадить на киевский метрополичий престол не присылаемого из Константинополя грека, а своего русского священника. Однако эти попытки долго заканчивались безрезультатно. Ситуация изменилась в конце XV столетия, когда Византия оказалась втянутой в смертельную схватку с турками-сельджуками. Византийским императорам и церковным иерархам было не до Руси. Посланный в Москву из Константинополя митрополит Исидор – известный сторонник соединения церквей, католической и православной, неоднократно писал доносы в Константинополь на неуважительное отношение к нему со стороны московских властей и церковного клира. В 1437 году он под видом поездки на духовный собор во Флоренцию отбыл из Москвы. Митрополичий престол фактически остался бесхозным, и он был замещен русским иерархом.
С этого времени на Русскую православную церковь свалилась огромная ответственность. Теперь она отвечала не только за души своих мирян, но и за судьбу православия во всем мире. Особенно после того, как в середине XV века Византия пала и сельджуки взяли Константинополь. Собор Святой Софии был осквернен. Византийское православное духовенство оказалось в притеснении, дело доходило до его физического уничтожения. Именно в этот-то период и появилась знаменитая идея игумена псковского монастыря Филофея о Москве – третьем Риме. Вот как эту идею излагает сам Филофей в письме к Ивану III: «Церковь старого Рима пала неверием аполлинариевой ереси, второго же Рима – константинопольскую церковь иссекли секирами агаряне, Сия же ныне третьего, нового Рима – державного твоего царствия – святая соборная апостольская церковь во всей поднебесной паче солнца светится. И да ведает твоя держава, благочестивый царь, что все царства православной христианской веры сошлись в твое единое царство: один ты во всей поднебесной христианам царь… Блюди же и внемли, благочестивый царь, что все христианские царства сошлись в твое единое, что два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не быть; твое христианское царство уже иным не достанется». Таким образом, русский царь должен был соблюсти единственный, сохранившийся в мире остаток истинного православия – нерушимым до второго пришествия Христова.
Становясь национальной, Русская православная церковь одновременно становилась и государственной. Она признавала над собой верховенство государства, входила в рамки московских правительственных учреждений. В обосновании идеи национальной государственной церкви особую роль сыграли три православных иерарха XVI столетия: игумен Волоколамского монастыря Иосиф Санин и два митрополита – Даниил и Макарий. Представители трех поколений, сменивших друг друга в промежуток от конца XV до конца XVI столетий, эти три церковных деятеля поочередно передавали друг другу идею защиты государственной церкви.
Будучи типичными представителями русской образованности и русского благочестия XVI века, Иосиф, Даниил и Макарий выступали за сохранение старины и преданность форме, букве, обряду. Не было для этого направления РПЦ большего врага, чем критическое отношение к установившейся традиции. «Всем страстям мати – мнение; мнение – второе падение», – таким был основной взгляд Иосифа. Этим страхом перед проклятым мнением, боязнью сказать что-нибудь от себя была проникнута вся литературная деятельность Иосифа, Даниила и Макария. Все, что писатель говорит, он должен говорить «от книг», то есть писать не свои литературные тексты, а составлять их путем выписок из божественных писаний.
В произведениях Иосифа эти выписки нанизывались на одну общую мысль и перемежались довольно искусными рассуждениями. В поучениях и посланиях Даниила собственные рассуждения уже свелись к нескольким вступительным замечаниям, нередко сливавшимся с простым оглавлением, и заканчивались заключительной моралью, часто не связанной с темой того или иного послания. Остальные тексты Даниила представляли собой груду опять-таки порой плохо связанных между собой тематической нитью выписок и цитат. Наконец Макарий задумывает и выполняет свои знаменитые Четьи-Минеи, долженствовавшие, по мысли их составителя, представлять собой своеобразную энциклопедию древнерусской письменности или, по выражению их автора, «вся святые книги, которые обретаются в русской земле».