В течение II в. из старейшин-пресвитеров выделяются руководители нескольких общин города или округа — епископы, должность которых теперь уже отличается от должности пресвитера. Выделению епископата предшествовало особое положение старшего пресвитера (который затем и стал называться епископом), имевшего право совершать обряд причащения, рукополагать остальных пресвитеров и диаконов, представлять свою общину в сношениях с другими общинами. Основная масса христиан поддерживала епископов, олицетворявших единство христиан данной округи, а благодаря переговорам с другими епископами — и единства более широкого. Важным источником, по которому можно судить о становлении власти епископа, являются послания епископа Антиохии Сирийской первой половины II в. Игнатия. По церковному преданию, он был осужден при императоре Траяне (за что точно — остается неясным) и был в оковах отправлен в Рим. По дороге, когда его везли через Малую Азию, к нему приходили группы христиан и вели с ним беседы. Сопровождавший его помощник записал послания Игнатия, адресованные разным христианским общинам, а также епископу Смирны Поликарпу (по-видимому, охрана была не слишком сурова). Всего посланий Игнатия — семь (цифра в известной степени символическая), эти послания как бы перекликаются с посланиями, приведенными в начале новозаветного Откровения. Все ли они принадлежат Игнатию — или часть представляют собой обработанные беседы, — неясно, но идеи епископа отражены в них достаточно последовательно. Главная мысль посланий — утверждение авторитета клира и епископа, что соответствовало ситуации начала второго века, когда власть епископов понемногу укреплялась. Игнатий утверждает, что власть епископов восходит к апостолам Иисуса Христа и что именно к епископам от них перешла благодать. Он призывает следовать епископу так же покорно, как Иисус Христос следовал Отцу (в представлениях Игнатия, как и Павла, Иисус и Бог Отец еще разделены). Причащение в общинах должно производиться епископом или лицом, им поставленным. В Послании к филоадельфийцам дано теологическое обоснование власти епископов: «Одно тело наше Господь Иисус Христос и одна чаша с Его кровью и один единственный алтарь, как и один епископ с его клиром». Верующие должны следовать за епископами подобно овцам. Тем самым автор посланий выступает за монархическую власть епископа. Но не везде такая власть осуществлялась на деле: Игнатий упоминает тех христиан, которые на словах признают епископа, а делают все без него.
В ряде провинций христианами продолжали руководить группы влиятельных пресвитеров. Неясно также, был ли епископ у римских христиан: возможно, одного епископа еще не существовало, а все проблемы многочисленных христиан Рима решались группой руководителей. В письме Игнатия к римлянам епископы вообще не упомянуты. Церковная традиция возводит руководство римскими христианами к апостолу Петру, но даже если Петр действительно погиб в Риме при Нероне, он не выступал в роли постоянного руководителя, а был странствующим апостолом, пользовавшимся влиянием благодаря тому, что был учеником Иисуса. Не упомянуты епископы и в послании Поликарпа христианам города Филиппы. Филиппийская община, если судить по этому письму, еще управлялась пресвитерами. В Александрии епископы существовали, но вплоть до III в. епископов рукополагали не другие епископы, как в большинстве мест, а пресвитеры. Но в течение II–III вв. епископы встали во главе большинства христианских общин, руководство которыми взяли на себя люди состоятельные и образованные. Они занимались организацией богослужения, рекомендацией священных книг, накладывали дисциплинарные взыскания сами или с помощью назначенных судей. В период гонений со стороны властей важное значение придавалось отношению к «падшим», т. е. отрекшимся, но затем захотевшим вернуться в лоно Церкви. Епископы и клир взяли на себя право прощать таких людей, накладывая определенные временные наказания. Таким образом, уже не собрание всех христиан общины, как во времена Дидахе, но клир мог отпускать самые тяжкие грехи, даже совершенные после крещения. Рядовые верующие, по существу, перестали ощущать себя избранными, святыми (как они названы в Дидахе); избранными становились лишь церковнослужители. Совместные трапезы в большинстве христианских общин практиковаться перестали. С конца II в. епископатом было выработано учение о таинствах — обрядах, во время которых верующие через посредство клира получали божественную благодать; главными обрядами были крещение и причащение. По существу, это отделило клир от остальных верующих уже не организационно, а духовно.