Однако автор Евангелия от Филиппа не просто раскрывает гностический подход к космосу, он еще и считает себя христианином. Поэтому он стремится объяснить некоторые христианские догматы, принять одни и отвергнуть другие. Один из кардинальных вопросов, стоявших перед ним, — это вопрос о соотношении существования зла и всемогущества абсолютного божества. Автор Евангелия от Филиппа отвечает на этот вопрос, признавая относительность зла: в конечном счете и злые силы подчиняются Святому Духу. Как сказано в этом евангелии: «Архонты думали, что они делали то, что они делали, своей силой и своей волей. Но Дух Святой втайне совершал все через их посредство, как он желал» (16). Но люди могут одолеть силы зла только если они познали истину, он призывает уничтожить зло в своем сердце (общехристианская идея), но оно будет уничтожено, если человек познает его. Только знание (гносис) делает людей свободными. Истина, свобода и как противоположность — незнание и рабство — ключевые понятия у Филиппа. Свобода и рабство в его учении не имеют ни малейшего социального оттенка. Эта свобода — духовная, достигнутая познанием истины, в то время как рабство — это незнание: «Тот, кто обладает знанием истины, свободен. Свободный не творит греха, ибо тот, кто творит грех — раб греха» (110). В одном из поучений приводятся слова, которые приписываются Логосу (Слову Божиему): «Логос сказал: если вы познаете истину, истина сделает вас свободными» (123). Но познать истину не просто, ибо она «не пришла в мир обнаженной, но она пришла в символах и образах» (67). И это евангелие переполнено символами и образами, которые должны быть расшифрованы, прочувствованны и тем самым поняты и познаны.
Важное место в этом произведении занимают рассуждения о людях, способных обладать истинным знанием. В самом начале автор проводит одну из основных своих идей: люди, обладающие внутренним знанием, «таковы, каковы они с самого начала» (1), именно эти избранные люди создают других истинных людей. Другими словами, только особые люди, в которых заложен свет, могут познать истину. Дальше он приводит образный пример: «Осел, ходя вокруг жернова, сделал сто миль, шагая. Когда его отвязали, он находился на том же месте. Есть люди, которые много ходят и никуда не продвигаются. Когда вечер настал для них, они не увидели ни города, ни села, ни творения, ни природы, ни силы, ни ангела. Они напрасно трудились» (52).
Каким же образом сочетается с этим учением то, что автор причисляет себя к христианам? Уже в начале Евангелия от Филиппа сказано: «Когда мы были евреями, мы были сиротами, у нас была только мать, но когда мы стали христианами, у нас появились Отец и Мать» (6). Но христианство создателя Евангелия от Филиппа своеобразно. Ему чужда вера в телесное воскресение; с некоторой долей иронии он пишет, что есть люди, которые боятся воскреснуть обнаженными (наивные опасения, действительно существовавшие среди христианских низов). Это потому, сказано в Евангелии от Филиппа, что они хотят воскреснуть во плоти. Но ни плоть ни кровь не могут наследовать Царство Божие (по существу, эта фраза перекликается с аналогичным высказыванием апостола Павла). Воскреснут те, кто имеет плоть и кровь Иисуса, Его плоть — Логос, Его кровь — Дух Святой (23). Отношение к плоти здесь отрицательное: еще в одном речении плоть прямо названа презренной. Духовное воскресение нужно обрести при жизни: «Если не получат сначала воскресения, будучи еще живыми, (то) когда умирают, не получают ничего» (90). Так же воспринимается и обряд крещения; сам обряд по себе не может дать ничего; только если человек обрел Духа святого, он может называться христианином.